分析背景
FASTQ: Fastq是Solexa测序技术中一种反映测序序列的碱基质量的文件格式。每条read包含4 行信息。第一行以“@”开头，随后是序列标示和相关的描述信息，第三行以“+” 开头，随后是序列描述信息或者什么都不加；第二行为碱基序列，第四行是质量信息，与第二行中的碱基序列一一对应，如下图所示：
FASTA：第一行是由大于号">"开头的任意文字说明，用于序列标记，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须具有唯一性。；从第二行开始为序列本身，只允许使用既定的核苷酸或氨基酸编码符号。通常核苷酸符号大小写均可，而氨基酸常用大写字母。使用时应注意有些程序对大小写有明确要求。文件每行的字母一般不应超过80个字符。如下图所示：
Fastq与Fasta是生信分析最基础的格式之一，数据质量的好坏对后面的下游分析起着至关重要的作用，且二者可以相互转化，今天小编就分享一个由python编写的小工具Fastaq，能够直接将fasta文件和质量值文件转化为fastq文件，话不多说，直接上教程。
安装工具
1.下载工具Github网站下载：原始文件，如下图所示；
2.将下载下来的文件拷贝服务器上并用unzip命令解压，如下图所示；
3.安装程序
3.1 查看安装帮助信息
python setup.py --help
3.2 检测安装环境
python setup.py test
3.3 安装小程序
python setup.py install
3.4 查看是否安装成功
实战演练
1.测试数据格式如下图所示
注意：fasta文件与质量值文件中的序列标号要相同，且要一样对应
2.运行程序
fastaq fasta_to_fastq --help
说明：这个小程序需要输入一个fasta文件，一个质量值文件，以及输出的fastq文件名称，程序很简单，但是功能强大。
说明：这个小程序需要输入一个fasta文件，一个质量值文件，以及输出的fastq文件名称，程序很简单，但是功能强大。说明
1.fastaq是一个工具集，主要功能是操作fastq文件与fasta文件，将fasta文件与对应的质量值文件转化为fastq文件只是其中的一个功能，还包括对fastq文件进行切分，过滤，提取序列的ID等功能，小编会在以后的推文中给大家介绍，感兴趣的小伙伴可以阅读官方帮助文档。
2.感谢维康桑格研究所提供的源代码文件。
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