上周小编给大家分享了根据NCBI的登录号能够批量的从GenBank网站上下载物种的gbk文件和基因组fasta文件。今天小编接着给小伙伴们分享很实用的脚本，当我们下载大量的gbk文件时，我们可以从gbk文件中提取蛋白质序列，CDS序列，tRNA以及rRNA序列，以便于下载对这些序列做进一步的分析，如进行找同源单拷贝基因，基于16SrRNA构建进化树等等。
这次小编分享的脚本是从gbk文件中，提取蛋白质以及蛋白质质对应的注释信息。
脚本运行环境
安装python解释器：安装教程
安装biopython模块
# 使用pip安装
pip install biopython
# 使用conda安装
conda install -c bioconda biopython查看脚本参数
python gbk_extea_protein.py -h 
实战演练
# 只提取蛋白质序列和蛋白质ID
python gbk_extea_protein.py -g AE009952.gbk -a F -o AE009952.fna
# 提取蛋白质序列以及序列的注释信息
python gbk_extea_protein.py -g AE009952.gbk -a T -o AE009952.faa
结果展示
注意事项
01脚本需要依赖于Biopython模块，请提前安装，否则脚本无法运行。
02对于基因组较大的真核生物，如人基因组，gbk文件有多个染色体组成，不包含蛋白序列文件，这样的gbk文件无法使用脚本提取蛋白质序列。
03有些gbk文件，作者在上传gbk文件时，没有公开蛋白质序列以及蛋白质注释信息，这样的gbk文件无法使用脚本提取蛋白质序列。
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