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细菌基因组扫描图云平台支持从组装结果开始，共计13个模块多达30余项的分析统计内容。平台支持客户自主上传数据进行分析，用户可在云平台结果展示页面查看各个模块分析结果，并对结果进行筛选、比对等分析，也可以对相应结果进行下载。平台支持三种种类型的数据上传：方式一：上传二代测序原始数据文件基于原始数据，从组装唯那生物 2025-07-20 22:42:03 345 点赞 收藏
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背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKp）是一种严重的公共卫生威胁。据报道唯那生物 2023-01-06 15:17:15 5079 点赞 收藏
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一、什么是多序列比对？多序列比对（MultipleSequenceAlignment,MSA）是一种将多个生物学序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）进行比对排列，以识别它们之间相似性和差异性的生物信息学方法。在比对过程中，多个序列中相同或相似的部分会尽可能被对齐到同一列，而插入或缺失的区域则以“-”进行表示。二、多序列比对与BLAST比对看不见的线 2025-08-14 09:53:26 41 点赞 收藏
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文章题目：BacterialsocialinteractionsinsyntheticBacillusconsortiaenhanceplantgrowth文章链接：https://doi.org/10.1002/imt2.70053发表时间：2025-06-08期刊：iMeta影响因子：23.8研究背景植物根际促生细菌（PGPR）代表了一种可持续提高作物生产力的手段。合成微生物群落已成为工程化根际微生物组的有力工具。然而，由看不见的线 2025-08-13 09:29:29 49 点赞 收藏
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今天我们来聊聊Linux世界里一个看似简单，却无处不在、超级实用的命令——cat。什么是cat？“cat”其实是concatenate连接）的缩写。不过别担心，它的功能远不止“连接”这么简单，堪称命令行里的“文件查看&操作小能手”。cat的核心功能大盘点：1.查看文件内容(最常用!)$catfilename敲下回车，文件里的内容就会显示在你看不见的线 2025-08-12 14:05:51 64 点赞 收藏
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在Linux系统中，重定向是命令行操作中一项强大且常用的功能，它允许用户灵活地控制命令的输入和输出流。通过重定向，命令的输出可以保存到文件中，错误信息可以单独处理，或者从文件中读取输入。本文将详细介绍Linux中的常见重定向操作符。什么是重定向？在Linux中，命令通常通过标准输入（stdin）接收数据，产生标准输出（看不见的线 2025-08-08 13:46:28 92 点赞 收藏
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随着基因组学与组学研究的快速发展，研究人员面临着海量数据的处理和存储挑战。高通量测序技术（如二代测序、三代测序等）所产生的数据量巨大，常常达到数百GB甚至TB级别，如何高效、快速地存储和传输这些数据成为了一个关键问题。Pigz（ParallelImplementationofGZip）作为一种并行化的压缩工具，能够帮助基因组学和组学研看不见的线 2025-08-07 09:16:46 86 点赞 收藏
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在日常的编程和系统管理工作中，我们常常需要处理大量的文本数据，如何高效地从中筛选出有用的信息呢？今天，我要介绍一个非常强大、又简单易用的命令行工具——Grep。什么是Grep？Grep（GlobalRegularExpressionPrint）是一个基于正则表达式的文本搜索工具，广泛应用于Linux和Unix操作系统中。它可以帮助我们在海量文本中看不见的线 2025-08-06 09:04:35 89 点赞 收藏
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文章题目：GlobalemergenceofCarbapenem-resistantHypervirulentKlebsiellapneumoniaedrivenbyanIncFIIK34KPC-2plasmid文章链接：doi:10.1016/j.ebiom.2025.105627发表时间：2025.3期刊：EBioMedicine影响因子：10.8研究背景1、CR-hvKp和hv-CRKp毒力对比：部分经典CRKp（如ST11、ST15）通过获得毒力质粒可能表现出毒力增强看不见的线 2025-08-05 14:57:23 125 点赞 收藏
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一、VFDB数据库介绍VFDB（https://www.mgc.ac.cn/VFs/）是一个专门针对细菌毒力因子（VirulenceFactors,VFs）的综合性在线数据库，旨在系统整理和注释与细菌致病性相关的基因、蛋白质及其功能机制，为治疗和预防传染病提供新思路。通过VFDB注释，我们可以快速确定待分析样本的毒力基因携带情况。VFDB两大核酸和蛋白的VF数据看不见的线 2025-08-04 13:40:40 127 点赞 收藏
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文章题目：Differentialrolesofdeterministicandstochasticprocessesinstructuringsoilbacterialecotypesacrossterrestrialecosystems文章链接：https://doi.org/10.1038/s41467-025-57526-x发表时间：2025-03-08期刊：NatureCommunications影响因子：14.7一、研究背景土壤细菌对生态系统韧性和功能至关重要，但其多样性与看不见的线 2025-08-01 10:57:34 135 点赞 收藏
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文章题目：Wastetoresource:Miningantimicrobialpeptidesinsludgefrommetagenomesusingmachinelearning文章链接：https://doi.org/10.1016/j.envint.2024.108574发表时间：2025-05-06期刊：EnvironmentInternational影响因子：10.3研究背景耐抗生素细菌的出现对感染的治疗构成了巨大的威胁。抗菌肽（AMPs）是一类广泛存在于看不见的线 2025-07-31 14:50:59 154 点赞 收藏
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2025年4月30日，Kaptive发布了最新的Kaptivev.3.1+，对肺炎克雷伯菌脂多糖（LPS）血清型（Olocus和Otype）的分类系统进行了全面升级。与之前的Kaptivev.2.0.8～Kaptivev.3.0.0b6版本相比，Kaptivev.3.1+通过引入基于生化结构的标准化命名体系细化了肺炎克雷伯菌的Otype分类，显著提升了Otype的精确性与可扩展性。1、血清型看不见的线 2025-07-30 10:27:54 181 点赞 收藏
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SAMtools序列可视化操作1）准备BAM文件#使用参考序列构建索引，index为索引前缀bowtie2-buildreference.faindex#使用bowtie2进行比对bowtie2-xindex-1reads_1.fq-2reads_2.fq-p32-Sexample_pair.sam#使用samtools将sam文件转换为bam文件samtoolssortexample_pair.sam>example_pair.bam2）使用SAMtools对BAM文件进行排序和索看不见的线 2025-07-29 08:53:53 153 点赞 收藏
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示例数据：├──plasmid_genome.fa………………………………………………质粒基因组序列├──reads_1.fq……………………………………………………测序数据read1├──reads_2.fq……………………………………………………测序数据read2操作：步骤1：使用Bowtie2进行比对#建立索引bowtie2-buildplasmid_genome.faplasmid_看不见的线 2025-07-28 09:15:38 154 点赞 收藏
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1.Bowtie2软件的适用范围和应用场景Bowtie2是将测序后的reads与长参考组的比对工具(适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基因组,如哺乳动物,进行比对)。Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-WheelerTransform或BWT）对基因组进行索引，以此来保持其占用较小内存。对于人类基因组来说，内存占用在3.2G左右。Bowtie2支看不见的线 2025-07-25 11:28:18 276 点赞 收藏
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1.BWA软件的适用范围和应用场景bwa是一款将序列比对到参考基因组上的软件，包含了以下3种算法：BWA-backtrack:用于进行Illuminareads的比对，reads的长度最大为100bp。BWA-SW:用于比对long-read，支持的长度为70bp-1Mb；同时支持剪接性比对（splitalignments）。BWA-MEM:最新的算法。和BWA-SW的适用性一致，但是更加快速和看不见的线 2025-07-24 09:26:00 222 点赞 收藏
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文章题目：Transmissionofthehumanrespiratorymicrobiomeandantibioticresistancegenesinhealthypopulations文章链接：https://doi.org/10.1186/s40168-025-02107-9发表时间：2025-05-06期刊：Microbiome影响因子：13.8研究背景人类微生物组可在个体间传播，包括具有代谢和免疫调节作用的病原体和共生菌，这些微生物可能影看不见的线 2025-07-21 09:23:29 257 点赞 收藏
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PSI-BLAST即Position-SpecificIterated(PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效，适用于使用标准的Blastp比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（"hypotheticalprotein"or"similarto..."）。PSI-BLAST使用方法1、访问NCBI-BLAST在线比看不见的线 2025-07-18 09:24:18 354 点赞 收藏
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KP的高毒力表型是驱动IKPLAS进展的关键因素，其中荚膜多糖（CPS）和铁载体是已知的核心毒力因子。然而，既往研究多局限于IKPLAS的临床表现、治疗及细菌分子特征，对宿主-病原体互作在致病机制中的作用认识不足。因此，深入探索宿主微环境与细菌毒力的动态调控关系，将为揭示IKPLAS的完整发病机制提供新视角。看不见的线 2025-07-17 13:42:35 367 点赞 收藏
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RPS-BLAST类似于HMMER，可用于在CDD数据库里搜索某蛋白是否含有一domain或者是否属于某一family寻找蛋白序列具有的保守Domain。蛋白序列的Domain对于蛋白质来说是最重要的一部分，一般来说会有发挥功能的区域，结合其它物质的区域，二聚化区域等等。RPS-Blast安装和使用：#数据下载，这个文件是包含了NCBI网页版的各个库的看不见的线 2025-07-16 08:30:28 320 点赞 收藏
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文章题目：Globalbiogeographyandecologicalimplicationsofcobamide-producingprokaryotes文章链接：https://doi.org/10.1093/ismejo/wrae009发表时间：2024-01期刊：TheISMEJournal影响因子：10.8研究背景钴胺素（如维生素B12）是一类仅由特定原核生物合成的必需辅酶，在微生物互作和全球生态系统中起关键作用。然而，其空看不见的线 2025-07-14 08:56:29 343 点赞 收藏
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Kleborate是一款用于分析肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）基因组数据的生物信息学工具，主要用于检测其毒力因子、耐药基因、ST型和血清型。该工具由澳大利亚学者开发，旨在快速评估肺炎克雷伯菌的临床和流行病学特征，尤其关注高毒力（hvKP）和高耐药（如碳青霉烯酶产生）菌株。请注意，无论是基因还是分型结果，当存看不见的线 2025-07-10 08:23:22 420 点赞 收藏
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Kleborate是一款用于分析肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）基因组数据的生物信息学工具，主要用于检测其毒力因子、耐药基因、ST型和血清型。该工具由澳大利亚学者开发，旨在快速评估肺炎克雷伯菌的临床和流行病学特征，尤其关注高毒力（hvKP）和高耐药（如碳青霉烯酶产生）菌株。预测结果1、物种鉴定strain：菌株文件名看不见的线 2025-07-08 10:28:18 429 点赞 收藏
