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细菌基因组扫描图云平台支持从组装结果开始，共计13个模块多达30余项的分析统计内容。平台支持客户自主上传数据进行分析，用户可在云平台结果展示页面查看各个模块分析结果，并对结果进行筛选、比对等分析，也可以对相应结果进行下载。平台支持三种种类型的数据上传：方式一：上传二代测序原始数据文件基于原始数据，从组装唯那生物 2025-07-20 22:42:03 4589 点赞 收藏
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01_前言密码子学院是唯那生物的课程加油站，专为微生物组学研究服务，从理论案例到实操演练，系统性地教您如何进行微生物科学研究。02_微生物基因组入门及数据上传1、【课程】微生物基因组研究生信入门必修课2、【课程】微生物比较基因组精品系列课3、【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操4、个人电脑上如何通过看不见的线 2025-08-16 08:46:55 4673 点赞 收藏
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01_前言密码子生信云是唯那生物的数据分析服务中心。云流程一键化完成细菌基因组组装和全套分析，以及16SrDNA、真菌ITS测序分析。多种多样的小工具，助力您轻松解决各种分析需求。【特别提示：点击下方流程和小工具名称可跳转至使用页面】02_云流程1、细菌基因组扫描图分析全套流程2、菌群微生物多样性QIIME2云分析流程3、唯那生物 2023-01-06 15:17:15 8641 点赞 收藏
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优惠码是密码子·生信云平台的一种折扣优惠方式，与“优惠券”类似，可以实现下单折扣或者直减固定金额。优惠码的具体获取方式、使用方式，详情如下。（一）获取方式目前优惠码无法在线申领，无法自动获取。其获取渠道，只有一种，即参与上海唯那生物的各类活动，由唯那生物工作人员通过定向赠送发放方式获取。具体活动包括看不见的线 2025-07-28 09:15:38 3046 点赞 收藏
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肺炎克雷伯菌（K.pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的，在该方案中只有缺失的等位基因数少于30个的等位基因谱才会被赋予cgST编号[1]。LIN（LifeIdentificationNumber）代码是Vinatzer等人开发的一个系统，可为分类树（taxonomictrees）创建稳定的命名法[2]，sAlkalinity 2026-09-28 10:37:23 12 点赞 收藏
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RDA/CCA分析又称多元直接梯度分析，主要用来检测环境因子（如气体成分）、样本、菌群三者间的关系或者两两之间的关系。RDA/CCA分析将对应分析与多元回归分析相结合，每一步计算均与环境因子进行回归，其中RDA是基于线性模型进行分析，CCA是基于单峰模型进行分析。RDA或CCA模型的选择原则：先用species-sample数据(97%相似性Alkalinity 2026-09-28 10:23:49 6 点赞 收藏
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全基因组测序显示，在临床和研究实验室通过生化或蛋白质组学分析鉴定为肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）的分离株中，有部分可能不是K.pneumoniae，而是属于K.pneumoniae密切相关的物种，它们与K.pneumoniae的平均核苷酸同一性（ANI）约为95-96%。这一类群称之为肺炎克雷伯菌物种复合体（K.pneumoniaespeciescomplex,KpAlkalinity 2026-09-21 11:47:32 187 点赞 收藏
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1血清型基础介绍血清型是基于同一物种不同个体间血清抗原的差异来对菌株进行分型的一种方法。与细菌血清型相关的抗原根据其所属的类型，可分为菌体抗原（O抗原）、表面抗原（K抗原）、鞭毛抗原（H抗原）和菌毛抗原（F抗原）4种。其中O抗原又称为脂多糖（LPS）抗原，K抗原又称为荚膜多糖（CPS）抗原。对于肺炎克雷伯菌（K.pnAlkalinity 2026-09-21 11:39:37 125 点赞 收藏
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1.菌群α多样性的概念菌群α多样性指某个群落或生境内部的种的多样性。这个指标是指一个群落内物种的个数（speciesrichness，丰富度）以及每个物种的数量及分布（evenness，均匀度）。一个生态群落的多样性，有两个基本的指标。丰富度（richness），衡量一个生态系统有多少不同的物种；均匀度（evenness），衡量生态系统中Alkalinity 2026-09-15 10:56:07 259 点赞 收藏
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全基因组测序显示，在临床和研究实验室通过生化或蛋白质组学分析鉴定为肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）的分离株中，有部分可能不是K.pneumoniae，而是属于K.pneumoniae密切相关的物种，它们与K.pneumoniae的平均核苷酸同一性（ANI）约为95-96%。这一类群称之为肺炎克雷伯菌物种复合体（K.pneumoniaespeciescomplex,KpAlkalinity 2026-09-15 10:26:00 197 点赞 收藏
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很多细菌耐药研究都会遇到类似问题：已经完成数十株或数百株细菌的全基因组测序，也获得了药敏结果，但不知道除了耐药基因注释还能做什么？这时，可以考虑开展细菌全基因组关联分析。细菌耐药GWAS并不只是把耐药菌和敏感菌的基因组进行简单比较，而是要进一步回答：在控制菌株亲缘关系和谱系结构后，哪些遗传变异仍然与某种Alkalinity 2026-09-07 09:26:48 383 点赞 收藏
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MLST或cgMLST的分型结果，主要包含两部分数据：一是每个位点的等位基因编号，二是一个具体的型别（ST型或cgST型）。看起来结果相似，但两者的解读逻辑并不完全相同。要理解这种差异，得从这两种方法的定位说起。MLST的定位在于通过少量保守的管家基因，为菌株提供一个在全球范围内通用的"身份标签"，解决的是"种群归属"的问Alkalinity 2026-09-07 09:15:28 278 点赞 收藏
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微生物比较基因组分析（ComparativeGenomics），简单来说就是，把多个微生物菌株的基因组放在一起比较，找出它们“共同拥有的东西”和“各自不同的东西”，进一步解释菌株之间的亲缘关系、遗传差异、表型差异以及进化过程。它是微生物基因组研究中非常核心的一类分析。一、从1株菌说起假设最初只有1株菌，测序后发现它拥有5Alkalinity 2026-09-01 16:10:27 390 点赞 收藏
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近年来，碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）感染越来越多，临床治疗极其困难，死亡率高达50%。传统抗生素越来越乏力，而噬菌体——这种专门“吃”细菌的病毒，正成为极具潜力的新武器。最近，解放军医学院的研究团队从污水中分离出一株全新的裂解性噬菌体，命名为PCCM_KpP1172。它不仅能高效裂解CR-hvKP，还通过了Alkalinity 2026-09-01 16:09:40 402 点赞 收藏
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在泛基因组研究里，核心基因组回答“这个物种共同需要什么”，可变基因组回答“不同菌株为什么不一样”。两者合在一起，构成了一个物种完整的基因资源。一、核心基因组与可变基因组对比项目核心基因组Coregenome可变基因组Accessorygenome定义在大多数/全部研究菌株中都存在的基因只存在于部分菌株中的基因保守性高相对较低Alkalinity 2026-08-24 09:48:18 470 点赞 收藏
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同一个物种，为什么有的菌株耐药、有的不耐药；有的毒力强、有的表现完全不同？很多时候，答案并不在一个基因上，而在于整个基因组的组成。一个物种，并不是“一套固定基因”可以把一个物种想象成一个巨大的“基因库”，不同菌株就像从里面各取所需，选走了不同的基因组合。所有菌株都需要的，是核心基因；只在部分菌株中出Alkalinity 2026-08-24 09:47:21 398 点赞 收藏
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当我们从一个菌株，走向几十株、上百株菌株时，真正值得研究的问题也发生了变化。做微生物基因组研究时，我们常会遇到这样一个场景：拿到一个菌株，完成测序、组装、基因预测和功能注释，得到一份漂亮的基因组结果。这时候我们能知道这株菌有多少个基因、有哪些耐药基因、有哪些毒力基因、有哪些代谢通路。但如果手里突然多Alkalinity 2026-08-24 09:46:25 641 点赞 收藏
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为什么需要“活菌”层面的证据？肿瘤微生物组（tumormicrobiome）已成为免疫治疗响应差异的重要变量。然而，主流研究依赖16SrRNA扩增子或宏基因组测序，仅能提供核酸层面的“存在”信号，无法区分活菌、死菌或游离DNA。对于功能性研究而言，例如细菌代谢产物对CD8⁺T细胞的调控，活菌才是真正的效应单元。匹兹堡大学MarliesAlkalinity 2026-08-18 10:49:01 730 点赞 收藏
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微生物比较基因组分析（ComparativeGenomics），简单来说就是，把多个微生物菌株的基因组放在一起比较，找出它们“共同拥有的东西”和“各自不同的东西”，进一步解释菌株之间的亲缘关系、遗传差异、表型差异以及进化过程。它是微生物基因组研究中非常核心的一类分析。比较基因组有很多种具体的分析方法，但是专业的微生物Alkalinity 2026-08-17 09:47:32 737 点赞 收藏
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高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）的鉴定，目前尚无统一的标准，往往需要综合表型筛查、基因检测与体内毒力实验等多个环节。在实际研究中，通常先进行拉丝试验，基于高粘性表型初步筛选出可疑菌株；随后进行全基因组测序，从基因组数据中识别毒力相关基因或载体，进而推测其高毒力潜质。在这一过程中，毒力基因分析的价值，在于提Alkalinity 2026-08-12 17:22:28 716 点赞 收藏
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我国每年产生数千万吨棉花秸秆，蛋白质含量不低，却因木质素含量高达22%~26%，像“钢筋水泥”一样锁住营养，牛羊吃了也不易消化。如何低成本、环保地破解这道“硬壳”？新疆科研团队从沙漠胡杨的腐朽木中找到了答案，一种名为“产黄青霉YL-11”的真菌，能在14天内降解棉花秸秆中36%的木质素！这项成果发表在《中国畜牧兽医Alkalinity 2026-08-11 10:00:13 576 点赞 收藏
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说到细菌感染研究，你脑子里蹦出的第一个画面是什么？小白鼠、伦理审查、昂贵的饲养成本……但在微生物实验室里，一个"非哺乳动物替代方案"已经悄悄火了十几年——大蜡螟（Galleriamellonella）。2020年，巴西米纳斯吉拉斯州立大学的MonalessaFábiaPereira团队在FEMSPathogensandDisease发表了一篇深度综述，系统梳理了这Alkalinity 2026-08-05 09:18:53 632 点赞 收藏
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在理想情况下，MLST预测结果通常应清晰包含7个参考基因座（locus）的等位基因编号（allele），以及由该等位基因谱（profile）对应的ST型编号。以肺炎克雷伯菌模式菌株HS11286为例，其预测结果如下图所示：7个等位基因编号明确，ST型判定为ST11。这是最标准的输出结果。但在实际分析中，预测结果可能不一定会这么顺利。下面Alkalinity 2026-08-04 16:55:09 775 点赞 收藏
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文章题目：GalleriamellonellaasascreeningtooltostudyvirulencefactorsofAspergillusfumigatus期刊：Virulence（Volume12,Issue1,Pages818-834）DOI：https://doi.org/10.1080/21505594.2021.1893945研究背景与目的烟曲霉（Aspergillusfumigatus）是导致人类和动物危及生命的侵袭性真菌感染最具致病性的真菌之一，尤其在免Alkalinity 2026-07-28 10:46:49 684 点赞 收藏
