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细菌基因组扫描图云平台支持从组装结果开始，共计13个模块多达30余项的分析统计内容。平台支持客户自主上传数据进行分析，用户可在云平台结果展示页面查看各个模块分析结果，并对结果进行筛选、比对等分析，也可以对相应结果进行下载。平台支持三种种类型的数据上传：方式一：上传二代测序原始数据文件基于原始数据，从组装唯那生物 2025-07-20 22:42:03 838 点赞 收藏
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背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKp）是一种严重的公共卫生威胁。据报道唯那生物 2023-01-06 15:17:15 5408 点赞 收藏
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第一部分：肺炎克雷伯菌的分子分型1.1多位点序列分型（MLST）MLST是一种重要的分子分型技术，常用于研究病原微生物的种群动态、传播规律，监测全球性的高危克隆。截至目前，Pasteur-BigSdb数据库共收录了8081种克雷伯菌的ST分型，揭示了克雷伯菌丰富的遗传多样性。已有的MLST分型研究显示，ST258、ST512和ST11等高流行克隆看不见的线 2025-09-24 15:48:25 78 点赞 收藏
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在之前的文章中，我们介绍了原核基因组自动注释工具Prokka的使用方法。本节我们将继续介绍另一款注释工具——Bakta。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释工具，能够自动完成基因预测、功能注释以及其他相关生物信息学分析任务（如抗生素抗性基因注释），广泛应用于微生物基因组学、比较基看不见的线 2025-09-18 11:38:41 186 点赞 收藏
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第一部分：大肠埃希菌的流行病学分型1.1系统发育分型（Phylogroup）大肠埃希菌（Escherichiacoli）通常使用phylogroup（称为亚特异性群体/亚种分型）来反映其种内的集群特征，它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。如图1所示，目前，E.coli可以分为9个主要phylogroups：A、B1、B2、C、D、E、F、G、看不见的线 2025-09-15 11:52:07 156 点赞 收藏
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一、CARD-RGI简介RGI（ResistanceGeneIdentifier）是由CARD（ComprehensiveAntibioticResistanceDatabase）团队开发的核心生物信息学工具，主要用于在微生物基因组或宏基因组数据中准确识别抗生素耐药基因（AntibioticResistanceGenes,ARGs）。该工具通过将用户提交的核酸或蛋白质序列与CARD数据库中经过严格审阅的抗性基因看不见的线 2025-09-11 11:20:53 229 点赞 收藏
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第一部分：病毒分类与命名的通用规则1、病毒分类的负责机构病毒的分类和命名一般由国际病毒分类委员会（ICTV）负责，但ICTV不负责种以下的分类如血清型、基因型等，这些需要由国际专家小组确定。2、病毒分类层级与最新统计ICTV于2019年5月发布的病毒分类表将分类体系从“目”进一步扩展至“圈”，形成了目前共15个层级的分看不见的线 2025-09-10 09:49:11 271 点赞 收藏
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一、关于大肠埃希菌的血清型鉴定大肠埃希氏菌的抗原结构主要包括四类：菌体抗原（O抗原）、表面抗原（K抗原）、鞭毛抗原（H抗原）和菌毛抗原（F抗原）。在该菌的血清分型中，通常以O抗原和H抗原作为主要分型依据，例如常见的O157:H7型。对于部分致病菌株，还需额外鉴定K抗原，例如O18:K1:H7。目前，O抗原和H抗原的鉴定通常看不见的线 2025-09-05 11:00:18 242 点赞 收藏
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一、大肠埃希菌亚群介绍埃希氏菌属（Escherichia）包括艾伯特埃希菌（E.albertii）、弗格森埃希菌（E.fergusonii）、五个埃希菌隐蔽进化枝以及严格意义上的大肠埃希菌（E.colisensustricto）。其中大肠埃希菌可进一步划分为七个主要系统群（phylogroup），分别命名为A、B1、B2、C、D、E和F。由于这些物种/系统群具有特定的看不见的线 2025-09-05 10:57:10 142 点赞 收藏
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你是否遇到过基因原始序列ID太长，包含太多不需要的信息，那么我们该如何对原始序列ID进行操作来加速我们的数据分析呢？如果你有这方面的困扰，可以尝试使用密码子·生信云平台提供在线的序列ID简化小工具（https://cloud.mimazi.net/tool/article-24.html），用户上传fasta格式的序列文件，即可将序列文件中序列ID后面的描看不见的线 2025-09-01 09:26:02 239 点赞 收藏
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Prokka是一个适用于原核生物的基因组自动注释工具，由墨尔本大学生物信息学家TorstenSeemann开发。Prokka协调了一套现有的软件工具，可以对原核基因组和宏基因组进行快速高效的功能注释。一、如何使用Prokka？Prokka的使用要求：1、准备基因组序列文件（FASTA格式）；2、安装Prokka及其依赖工具（如BLAST+、HMMER）。Prokka看不见的线 2025-09-01 09:24:54 207 点赞 收藏
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一、关于BLAST比对BLAST全称为BasicLocalAlignmentSearchTool，即基于局部序列比对算法的搜索工具，是由美国国家生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI）开发和管理的一套生物大分子一级结构序列比对程序。程序可将输入的核酸碱基或蛋白质氨基酸序列与数据库中的已知来源序列进行比对，输出序看不见的线 2025-08-28 10:16:38 400 点赞 收藏
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Minimap2的安装方法一：conda安装#创建并进入conda环境condacreate-nMinimap2-ysourceactivateMinimap2#安装minimap2condainstall-cbiocondaminimap2方法二：编译安装#获取并解压安装包wgethttps://github.com/lh3/minimap2/archive/refs/tags/v2.28.tar.gztar-zxvfv2.28.tar.gz#切换到软件安装目录cdminimap2-2.28#运行安看不见的线 2025-08-20 17:36:23 427 点赞 收藏
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文章题目：GenomicepidemiologyandphylodynamicsofAcinetobacterbaumanniibloodstreamisolatesinChina文章链接：https://doi.org/10.1038/s41467-025-58772-9发表时间：2025.4发表期刊：NaturecommunicationsIF：15.7研究背景鲍曼不动杆菌是一种机会性病原体，主要引起医院获得性感染，如呼吸机相关性肺炎和血流感染（BSIs看不见的线 2025-08-19 08:22:03 726 点赞 收藏
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一、什么是多序列比对？多序列比对（MultipleSequenceAlignment,MSA）是一种将多个生物学序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）进行比对排列，以识别它们之间相似性和差异性的生物信息学方法。在比对过程中，多个序列中相同或相似的部分会尽可能被对齐到同一列，而插入或缺失的区域则以“-”进行表示。二、多序列比对与BLAST比对看不见的线 2025-08-14 09:53:26 580 点赞 收藏
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文章题目：BacterialsocialinteractionsinsyntheticBacillusconsortiaenhanceplantgrowth文章链接：https://doi.org/10.1002/imt2.70053发表时间：2025-06-08期刊：iMeta影响因子：23.8研究背景植物根际促生细菌（PGPR）代表了一种可持续提高作物生产力的手段。合成微生物群落已成为工程化根际微生物组的有力工具。然而，由看不见的线 2025-08-13 09:29:29 484 点赞 收藏
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今天我们来聊聊Linux世界里一个看似简单，却无处不在、超级实用的命令——cat。什么是cat？“cat”其实是concatenate连接）的缩写。不过别担心，它的功能远不止“连接”这么简单，堪称命令行里的“文件查看&操作小能手”。cat的核心功能大盘点：1.查看文件内容(最常用!)$catfilename敲下回车，文件里的内容就会显示在你看不见的线 2025-08-12 14:05:51 435 点赞 收藏
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在Linux系统中，重定向是命令行操作中一项强大且常用的功能，它允许用户灵活地控制命令的输入和输出流。通过重定向，命令的输出可以保存到文件中，错误信息可以单独处理，或者从文件中读取输入。本文将详细介绍Linux中的常见重定向操作符。什么是重定向？在Linux中，命令通常通过标准输入（stdin）接收数据，产生标准输出（看不见的线 2025-08-08 13:46:28 393 点赞 收藏
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随着基因组学与组学研究的快速发展，研究人员面临着海量数据的处理和存储挑战。高通量测序技术（如二代测序、三代测序等）所产生的数据量巨大，常常达到数百GB甚至TB级别，如何高效、快速地存储和传输这些数据成为了一个关键问题。Pigz（ParallelImplementationofGZip）作为一种并行化的压缩工具，能够帮助基因组学和组学研看不见的线 2025-08-07 09:16:46 414 点赞 收藏
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在日常的编程和系统管理工作中，我们常常需要处理大量的文本数据，如何高效地从中筛选出有用的信息呢？今天，我要介绍一个非常强大、又简单易用的命令行工具——Grep。什么是Grep？Grep（GlobalRegularExpressionPrint）是一个基于正则表达式的文本搜索工具，广泛应用于Linux和Unix操作系统中。它可以帮助我们在海量文本中看不见的线 2025-08-06 09:04:35 375 点赞 收藏
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文章题目：GlobalemergenceofCarbapenem-resistantHypervirulentKlebsiellapneumoniaedrivenbyanIncFIIK34KPC-2plasmid文章链接：doi:10.1016/j.ebiom.2025.105627发表时间：2025.3期刊：EBioMedicine影响因子：10.8研究背景1、CR-hvKp和hv-CRKp毒力对比：部分经典CRKp（如ST11、ST15）通过获得毒力质粒可能表现出毒力增强看不见的线 2025-08-05 14:57:23 432 点赞 收藏
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一、VFDB数据库介绍VFDB（https://www.mgc.ac.cn/VFs/）是一个专门针对细菌毒力因子（VirulenceFactors,VFs）的综合性在线数据库，旨在系统整理和注释与细菌致病性相关的基因、蛋白质及其功能机制，为治疗和预防传染病提供新思路。通过VFDB注释，我们可以快速确定待分析样本的毒力基因携带情况。VFDB两大核酸和蛋白的VF数据看不见的线 2025-08-04 13:40:40 574 点赞 收藏
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文章题目：Differentialrolesofdeterministicandstochasticprocessesinstructuringsoilbacterialecotypesacrossterrestrialecosystems文章链接：https://doi.org/10.1038/s41467-025-57526-x发表时间：2025-03-08期刊：NatureCommunications影响因子：14.7一、研究背景土壤细菌对生态系统韧性和功能至关重要，但其多样性与看不见的线 2025-08-01 10:57:34 422 点赞 收藏
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文章题目：Wastetoresource:Miningantimicrobialpeptidesinsludgefrommetagenomesusingmachinelearning文章链接：https://doi.org/10.1016/j.envint.2024.108574发表时间：2025-05-06期刊：EnvironmentInternational影响因子：10.3研究背景耐抗生素细菌的出现对感染的治疗构成了巨大的威胁。抗菌肽（AMPs）是一类广泛存在于看不见的线 2025-07-31 14:50:59 612 点赞 收藏
