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细菌基因组扫描图云平台支持从组装结果开始，共计13个模块多达30余项的分析统计内容。平台支持客户自主上传数据进行分析，用户可在云平台结果展示页面查看各个模块分析结果，并对结果进行筛选、比对等分析，也可以对相应结果进行下载。平台支持三种种类型的数据上传：方式一：上传二代测序原始数据文件基于原始数据，从组装唯那生物 2025-07-20 22:42:03 3969 点赞 收藏
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01_前言密码子学院是唯那生物的课程加油站，专为微生物组学研究服务，从理论案例到实操演练，系统性地教您如何进行微生物科学研究。02_微生物基因组入门及数据上传1、【课程】微生物基因组研究生信入门必修课2、【课程】微生物比较基因组精品系列课3、【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操4、个人电脑上如何通过看不见的线 2025-08-16 08:46:55 4083 点赞 收藏
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01_前言密码子生信云是唯那生物的数据分析服务中心。云流程一键化完成细菌基因组组装和全套分析，以及16SrDNA、真菌ITS测序分析。多种多样的小工具，助力您轻松解决各种分析需求。【特别提示：点击下方流程和小工具名称可跳转至使用页面】02_云流程1、细菌基因组扫描图分析全套流程2、菌群微生物多样性QIIME2云分析流程3、唯那生物 2023-01-06 15:17:15 7979 点赞 收藏
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优惠码是密码子·生信云平台的一种折扣优惠方式，与“优惠券”类似，可以实现下单折扣或者直减固定金额。优惠码的具体获取方式、使用方式，详情如下。（一）获取方式目前优惠码无法在线申领，无法自动获取。其获取渠道，只有一种，即参与上海唯那生物的各类活动，由唯那生物工作人员通过定向赠送发放方式获取。具体活动包括看不见的线 2025-07-28 09:15:38 2472 点赞 收藏
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高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）的鉴定，目前尚无统一的标准，往往需要综合表型筛查、基因检测与体内毒力实验等多个环节。在实际研究中，通常先进行拉丝试验，基于高粘性表型初步筛选出可疑菌株；随后进行全基因组测序，从基因组数据中识别毒力相关基因或载体，进而推测其高毒力潜质。在这一过程中，毒力基因分析的价值，在于提Alkalinity 2026-08-12 17:22:28 30 点赞 收藏
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我国每年产生数千万吨棉花秸秆，蛋白质含量不低，却因木质素含量高达22%~26%，像“钢筋水泥”一样锁住营养，牛羊吃了也不易消化。如何低成本、环保地破解这道“硬壳”？新疆科研团队从沙漠胡杨的腐朽木中找到了答案，一种名为“产黄青霉YL-11”的真菌，能在14天内降解棉花秸秆中36%的木质素！这项成果发表在《中国畜牧兽医Alkalinity 2026-08-11 10:00:13 65 点赞 收藏
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说到细菌感染研究，你脑子里蹦出的第一个画面是什么？小白鼠、伦理审查、昂贵的饲养成本……但在微生物实验室里，一个"非哺乳动物替代方案"已经悄悄火了十几年——大蜡螟（Galleriamellonella）。2020年，巴西米纳斯吉拉斯州立大学的MonalessaFábiaPereira团队在FEMSPathogensandDisease发表了一篇深度综述，系统梳理了这Alkalinity 2026-08-05 09:18:53 125 点赞 收藏
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在理想情况下，MLST预测结果通常应清晰包含7个参考基因座（locus）的等位基因编号（allele），以及由该等位基因谱（profile）对应的ST型编号。以肺炎克雷伯菌模式菌株HS11286为例，其预测结果如下图所示：7个等位基因编号明确，ST型判定为ST11。这是最标准的输出结果。但在实际分析中，预测结果可能不一定会这么顺利。下面Alkalinity 2026-08-04 16:55:09 139 点赞 收藏
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文章题目：GalleriamellonellaasascreeningtooltostudyvirulencefactorsofAspergillusfumigatus期刊：Virulence（Volume12,Issue1,Pages818-834）DOI：https://doi.org/10.1080/21505594.2021.1893945研究背景与目的烟曲霉（Aspergillusfumigatus）是导致人类和动物危及生命的侵袭性真菌感染最具致病性的真菌之一，尤其在免Alkalinity 2026-07-28 10:46:49 200 点赞 收藏
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在回答这个问题之前，我们得先搞清楚什么是MLST型（多位点序列分型）。简单来说，ST型是依据7个管家基因的序列变异情况，给菌株贴上的一个分型标签。每个管家基因的不同序列会按照发现的先后顺序被赋予不同的等位基因编号，7个编号组合在一起，就构成了一个ST型。由于每个基因都可能存在多种变异，组合方式极多，所以ST型的Alkalinity 2026-07-27 10:23:50 154 点赞 收藏
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大蜡螟能在 25℃ 和 37℃ 两个温度下都跑通马尔尼菲蓝状菌的活体感染实验，既能读毒力梯度，又能看宿主免疫应答，是双相真菌研究的低成本、高通量利器。Alkalinity 2026-07-23 12:02:17 273 点赞 收藏
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最近，我们在肺炎克雷伯菌分析项目中发现，ST11菌株中KL25型所占比例似乎相对较高。为确认这一情况，我们对ST11型碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）的相关文献进行了梳理。从结果来看，近年来国内ST11-CRKP群体经历了明显的荚膜血清型演化，呈现从KL47向KL64、再向KL25逐步演替的趋势。Alkalinity 2026-07-23 11:36:15 266 点赞 收藏
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很多朋友们画完进化树后，看到节点旁边的数字，98……100……87，于是判断很快就来了：“这个分支Bootstrap=100，肯定是真的。”“这里只有62，估计不能信。”“论文里不是常说Bootstrap大于70就有较高支持吗？”这些说法听起来都很熟悉，也确实是很多人日常读树、写论文时的习惯。但问题在于，Bootstrap值到底支持的是什么Alkalinity 2026-07-14 13:39:30 320 点赞 收藏
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水平基因转移（HGT）可以说是细菌进化中最显著的特征。HGT的证据存在于大多数细菌基因组中。尽管HGT可以显著改变细菌基因组，但并非所有转移事件都具有生物学意义，可能只是一个持续不断的进化过程的结果，而这些过程只有偶尔具有有益的目的。当适应性转移发生时，HGT和正向选择可能导致基因组中出现特定且可检测的特征，如基因特异性扫除或生态相关基因的转移率提高。Alkalinity 2026-07-13 10:24:48 384 点赞 收藏
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历时5年打磨、150余次参数迭代、5000+株细菌实战验证，上海唯那生物正式发布「密码子·生信云」细菌基因组全套装分析云流程。三箭齐发，扫描图、完成图、GBK补充分析全覆盖，解决所有类型细菌基因组注释分析。【三大类型，全体系覆盖】流程1：细菌基因组扫描图分析全套流程该流程适用于细菌基因组基于纯二代PE文库测序所得看不见的线 2026-01-20 10:10:30 1800 点赞 收藏
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示例数据：├──plasmid_genome.fa………………………………………………质粒基因组序列├──reads_1.fq……………………………………………………测序数据read1├──reads_2.fq……………………………………………………测序数据read2操作：步骤1：使用Bowtie2进行比对#建立索引bowtie2-buildplasmid_genome.faplasmid_唯那生物 2025-11-14 23:33:43 2501 点赞 收藏
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背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKp）是一种严重的公共卫生威胁。据报道唯那生物 2025-11-14 22:07:07 3195 点赞 收藏
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1、NCBI蛋白数据库变更自2025年8月起，ClusteredNR将取代传统的标准NR数据库，成为蛋白质BLAST搜索的默认数据库。这一变更旨在提升搜索效率和结果质量。当然，传统的NR数据库仍可通过手动选择继续使用。2、ClusteredNR的优势更快的搜索速度：通过聚类减少数据量，加速分析流程。减少冗余结果：每个聚类仅保留代表性序列（基唯那生物 2025-11-14 20:54:55 2073 点赞 收藏
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文章题目：Insightsintothebiogenicamine-generatingmicrobesduringtwodifferenttypesofsoysaucefermentationasrevealedbymetagenome-assembledgenomes文章链接：https://doi.org/10.26599/FSHW.2024.9250064发表时间：2025-03-18期刊：FoodScienceandHumanWellness影响因子：7.46看不见的线 2025-11-06 10:01:12 2786 点赞 收藏
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在微生物组学与病原生物学研究飞速发展的今天，获取高质量的细菌基因组数据是每一项重要发现的起点。无论是溯源分析、比较基因组学、疫苗设计还是耐药性研究，第一步总是：“数据从哪里来？又如何高效下载？”而全球学者公认的数据宝库，就是NCBI。面对NCBI庞大而复杂的网站，许多初学者可能会感到困惑。别担心，本文将作为看不见的线 2025-11-04 13:38:41 4688 点赞 收藏
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第一部分：肺炎克雷伯菌的分子分型1.1多位点序列分型（MLST）MLST是一种重要的分子分型技术，常用于研究病原微生物的种群动态、传播规律，监测全球性的高危克隆。截至目前，Pasteur-BigSdb数据库共收录了8081种克雷伯菌的ST分型，揭示了克雷伯菌丰富的遗传多样性。已有的MLST分型研究显示，ST258、ST512和ST11等高流行克隆看不见的线 2025-09-24 15:48:25 3334 点赞 收藏
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在之前的文章中，我们介绍了原核基因组自动注释工具Prokka的使用方法。本节我们将继续介绍另一款注释工具——Bakta。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释工具，能够自动完成基因预测、功能注释以及其他相关生物信息学分析任务（如抗生素抗性基因注释），广泛应用于微生物基因组学、比较基看不见的线 2025-09-18 11:38:41 2495 点赞 收藏
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第一部分：大肠埃希菌的流行病学分型1.1系统发育分型（Phylogroup）大肠埃希菌（Escherichiacoli）通常使用phylogroup（称为亚特异性群体/亚种分型）来反映其种内的集群特征，它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。如图1所示，目前，E.coli可以分为9个主要phylogroups：A、B1、B2、C、D、E、F、G、看不见的线 2025-09-15 11:52:07 2215 点赞 收藏
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一、CARD-RGI简介RGI（ResistanceGeneIdentifier）是由CARD（ComprehensiveAntibioticResistanceDatabase）团队开发的核心生物信息学工具，主要用于在微生物基因组或宏基因组数据中准确识别抗生素耐药基因（AntibioticResistanceGenes,ARGs）。该工具通过将用户提交的核酸或蛋白质序列与CARD数据库中经过严格审阅的抗性基因看不见的线 2025-09-11 11:20:53 2849 点赞 收藏
