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细菌基因组扫描图云平台支持从组装结果开始，共计13个模块多达30余项的分析统计内容。平台支持客户自主上传数据进行分析，用户可在云平台结果展示页面查看各个模块分析结果，并对结果进行筛选、比对等分析，也可以对相应结果进行下载。平台支持三种种类型的数据上传：方式一：上传二代测序原始数据文件基于原始数据，从组装唯那生物 2025-07-20 22:42:03 5311 点赞 收藏
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01_前言密码子生信云是唯那生物的数据分析服务中心。云流程一键化完成细菌基因组组装和全套分析，以及16SrDNA、真菌ITS测序分析。多种多样的小工具，助力您轻松解决各种分析需求。【特别提示：点击下方流程和小工具名称可跳转至使用页面】02_云流程1、细菌基因组扫描图分析全套流程2、菌群微生物多样性QIIME2云分析流程3、唯那生物 2023-01-06 15:17:15 9422 点赞 收藏
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优惠码是密码子·生信云平台的一种折扣优惠方式，与“优惠券”类似，可以实现下单折扣或者直减固定金额。优惠码的具体获取方式、使用方式，详情如下。（一）获取方式目前优惠码无法在线申领，无法自动获取。其获取渠道，只有一种，即参与上海唯那生物的各类活动，由唯那生物工作人员通过定向赠送发放方式获取。具体活动包括看不见的线 2025-07-28 09:15:38 3734 点赞 收藏
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肺炎克雷伯菌是医院感染的重要病原菌，近年来逐渐分化出两条令人担忧的进化路线：一条是耐碳青霉烯的菌株（CRKP），对多种抗生素高度耐受；另一条是高毒力菌株（HvKP），侵袭性强，可导致健康人群发生严重感染。学术界一直关注一个问题：如果这两类菌株通过基因水平转移交换各自的“技能”，是否会催生出兼具耐药性与高毒力Alkalinity 2026-11-09 11:36:23 101 点赞 收藏
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从一篇2026年最新综述出发，重新认识大蜡螟实验模型的价值与科研材料标准化在微生物致病性研究、抗菌药物评价以及宿主—病原体相互作用研究中，大蜡螟（Galleriamellonella）幼虫正成为越来越受关注的实验模型。它饲养成本相对较低、操作方便，具有先天免疫系统，可以用于研究多种微生物感染过程及相关生物学反应。但随着研Alkalinity 2026-11-09 11:04:23 73 点赞 收藏
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文章信息标题：Howbacterialimmunesystemssensephageinfection作者：DanielS.Saxton，MichaelT.Laub期刊：NatureReviewsMicrobiology（Nature子刊·微生物学综述）发表时间：2026年10月2日DOI：10.1038/s41579-026-01376-x文献类型：ReviewArticle噬菌体是地球上数量最庞大的生物，也是细菌头顶永远悬着的剑。细菌要想活下Alkalinity 2026-11-02 10:56:30 267 点赞 收藏
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孢子丝菌病，是由孢子丝菌复合体引起的皮肤、皮下组织及淋巴系统的慢性感染，在南美洲和我国东北地区都算高发。在我国，致病菌种是球形孢子丝菌（Sporothrixglobosa）。它的首选药是伊曲康唑。但这几年陆续有伊曲康唑治疗失败、甚至耐药的病例报道。问题随之而来：这个耐药株，在病人体内会不会更"凶"？毒力有没有增强？用Alkalinity 2026-11-02 10:49:07 143 点赞 收藏
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1.摘要：土壤生物在陆地生态系统的地上群落动态和生态系统功能中具有重要作用。然而，大多数研究认为土壤生物群是一个黑箱或专注于特定的群体，而对整个土壤网络知之甚少。在这里，我们发现在废弃耕地的自然恢复过程中，土壤生物群的组成发生了变化，随后是地下网络的收紧，这与碳吸收效率的提高相对应。在中长期废弃的农田Alkalinity 2026-10-26 11:09:45 329 点赞 收藏
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在抗菌药物研发领域，小鼠模型虽具有较高的临床预测价值，但存在成本高昂、伦理审批严格、实验周期长等局限性，难以满足大规模初筛的需求。大蜡螟（Galleriamellonella）幼虫作为一种新兴的替代模型，可在37℃条件下培养，支持微量注射给药，具备先天免疫系统，且不受传统实验动物伦理限制，能够在3–4天内提供存活率、菌载Alkalinity 2026-10-26 10:57:29 371 点赞 收藏
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抗菌药物敏感性试验（Antimicrobialsusceptibilitytest,AST），简称药敏试验，是指在体外测定细菌对抗菌药物敏感程度或耐药水平的一类试验。常见的AST方法有以下4种，肉汤稀释法、琼脂稀释法、纸片扩散法和浓度梯度法。其中稀释法（包括肉汤稀释法和琼脂稀释法）是药敏试验的标准方法，该方法不仅可以根据抗菌药物折点定性Alkalinity 2026-10-19 13:36:35 529 点赞 收藏
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文章题目：Greengenes2unifiesmicrobialdatainasinglereferencetree发表期刊：Naturebiotechnology发表时间：2023.07影响因子：46.9论文链接：https://doi.org/10.1038/s41587-023-01845-1摘要：使用16SrRNA和鸟枪法宏基因组学的研究通常会产生不同的结果，通常归因于PCR扩增偏差。我们介绍了Greengenes2，这是一种参考树，Alkalinity 2026-10-19 11:58:10 365 点赞 收藏
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文章题目：Anovelvirulenceplasmidencodingyersiniabactin,salmochelin,andRmpADCfromhypervirulentKlebsiellapneumoniaeofdistinctgeneticbackgrounds文章链接：doi:10.1128/aac.00935-23发表时间：2023.10发表期刊：AntimicrobAgentsChemotherIF：4.1研究背景：已有的研究显示高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）主要存在两种可能Alkalinity 2026-10-12 17:15:29 478 点赞 收藏
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如今，细菌的基因物质可以非常快速地进行分析，并据此判断其致病潜力。然而，要确定这些病原体在活体生物中的实际致病性（即毒力）有多强，则要复杂得多。迄今为止，此类研究通常在小鼠或其他哺乳动物模型上进行，既耗时又耗资源。出于伦理原因，这些研究也不适合进行高通量测试。位于格赖夫斯瓦尔德的亥姆霍兹感染研究中心Alkalinity 2026-10-12 17:02:10 504 点赞 收藏
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抗生素是20世纪最重要的医学突破之一，使人类免受多种病原菌的侵害。但与此同时，由于抗生素的不合理使用，细菌对抗生素的耐受性越来越强，同时耐药性出现大规模传播，超级细菌不断涌现。如果全球不采取措施遏制抗药性超级细菌的扩散，到2050年每年丧生的人数可能将增加1000万人。噬菌体是能侵染并裂解杀死细菌的病毒，早在Alkalinity 2026-10-08 11:51:40 526 点赞 收藏
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背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKp）是一种严重的公共卫生威胁。据报道Alkalinity 2026-10-08 11:47:53 475 点赞 收藏
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肺炎克雷伯菌（K.pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的，在该方案中只有缺失的等位基因数少于30个的等位基因谱才会被赋予cgST编号[1]。LIN（LifeIdentificationNumber）代码是Vinatzer等人开发的一个系统，可为分类树（taxonomictrees）创建稳定的命名法[2]，sAlkalinity 2026-09-28 10:37:23 688 点赞 收藏
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RDA/CCA分析又称多元直接梯度分析，主要用来检测环境因子（如气体成分）、样本、菌群三者间的关系或者两两之间的关系。RDA/CCA分析将对应分析与多元回归分析相结合，每一步计算均与环境因子进行回归，其中RDA是基于线性模型进行分析，CCA是基于单峰模型进行分析。RDA或CCA模型的选择原则：先用species-sample数据(97%相似性Alkalinity 2026-09-28 10:23:49 592 点赞 收藏
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全基因组测序显示，在临床和研究实验室通过生化或蛋白质组学分析鉴定为肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）的分离株中，有部分可能不是K.pneumoniae，而是属于K.pneumoniae密切相关的物种，它们与K.pneumoniae的平均核苷酸同一性（ANI）约为95-96%。这一类群称之为肺炎克雷伯菌物种复合体（K.pneumoniaespeciescomplex,KpAlkalinity 2026-09-21 11:47:32 799 点赞 收藏
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1血清型基础介绍血清型是基于同一物种不同个体间血清抗原的差异来对菌株进行分型的一种方法。与细菌血清型相关的抗原根据其所属的类型，可分为菌体抗原（O抗原）、表面抗原（K抗原）、鞭毛抗原（H抗原）和菌毛抗原（F抗原）4种。其中O抗原又称为脂多糖（LPS）抗原，K抗原又称为荚膜多糖（CPS）抗原。对于肺炎克雷伯菌（K.pnAlkalinity 2026-09-21 11:39:37 730 点赞 收藏
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1.菌群α多样性的概念菌群α多样性指某个群落或生境内部的种的多样性。这个指标是指一个群落内物种的个数（speciesrichness，丰富度）以及每个物种的数量及分布（evenness，均匀度）。一个生态群落的多样性，有两个基本的指标。丰富度（richness），衡量一个生态系统有多少不同的物种；均匀度（evenness），衡量生态系统中Alkalinity 2026-09-15 10:56:07 953 点赞 收藏
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很多细菌耐药研究都会遇到类似问题：已经完成数十株或数百株细菌的全基因组测序，也获得了药敏结果，但不知道除了耐药基因注释还能做什么？这时，可以考虑开展细菌全基因组关联分析。细菌耐药GWAS并不只是把耐药菌和敏感菌的基因组进行简单比较，而是要进一步回答：在控制菌株亲缘关系和谱系结构后，哪些遗传变异仍然与某种Alkalinity 2026-09-07 09:26:48 943 点赞 收藏
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MLST或cgMLST的分型结果，主要包含两部分数据：一是每个位点的等位基因编号，二是一个具体的型别（ST型或cgST型）。看起来结果相似，但两者的解读逻辑并不完全相同。要理解这种差异，得从这两种方法的定位说起。MLST的定位在于通过少量保守的管家基因，为菌株提供一个在全球范围内通用的"身份标签"，解决的是"种群归属"的问Alkalinity 2026-09-07 09:15:28 819 点赞 收藏
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微生物比较基因组分析（ComparativeGenomics），简单来说就是，把多个微生物菌株的基因组放在一起比较，找出它们“共同拥有的东西”和“各自不同的东西”，进一步解释菌株之间的亲缘关系、遗传差异、表型差异以及进化过程。它是微生物基因组研究中非常核心的一类分析。一、从1株菌说起假设最初只有1株菌，测序后发现它拥有5Alkalinity 2026-09-01 16:10:27 940 点赞 收藏
