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    细菌基因组注释软件Bakta安装、使用和结果解读

    随着基因组学研究的深入，细菌基因组注释成为了重要的一步。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释软件，它能够自动化完成基因预测、功能注释以及其他相关的生物信息学分析。本文将带您了解Bakta的安装、使用及结果解读。一、
    看不见的线 2025-03-18 08:30:01 269 0 0
  • 软件使用

    知识小卡片 | RStudio 比较好用的快捷键

    课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操
    看不见的线 2025-03-10 08:20:55 357 0 0
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    知识小卡片 | ggview—解决RStudio中图形输出与预览不一致

    课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操
    看不见的线 2025-03-07 08:26:36 316 0 0
  • 软件使用

    Easyfig运行问题排查与解决方案：BLAST配置与路径设置的常见问题解析

    Easyfig无法正常运行的问题通常与BLAST的配置及路径设置有关。本文将从“BLAST是否能正常使用”，“Easyfig是否能正常调用BLAST”，以及“其他问题”三个方面，详细分析Easyfig无法正常运行的原因，并提供相应的解决方案。注意请优先排除序列本身的问题，每个
    看不见的线 2025-03-06 10:00:47 369 0 0
  • 软件使用

    Easyfig指南-比较基因簇图像的颜色修改

    问题：在基因簇比较分析时，研究人员通常需要为不同功能的基因赋予不同的颜色，以更直观地展示基因功能的多样性。然而，基因簇分析工具Easyfig软件默认仅支持为所有基因统一设置颜色，这在很大程度上限制了可视化效果。为此，本文将详细介绍两种实现基因特异
    看不见的线 2025-03-04 10:13:27 331 0 0
  • 软件使用

    Easyfig必学锦囊：Genbank文件起始位置调整方法

    问题：在基因组分析过程中，我们时常会遇到需要调整GenBank文件序列起始位置的情况。这种需求可能源于两个主要原因：一是原始文件设定的起始位置不够合理（如位于基因编码区内部）；二是基于比较基因组学研究的需求（如进行基因簇比对分析）。示例：如图1所示
    看不见的线 2025-02-28 11:50:51 400 0 0
  • 软件使用

    iTOL的样本与分支名称问题

    在进行iTOL注释时，第一列填写的往往是样本或分支的名称，因为所有注释的内容都需要对应到特定的样本或分支，所以样本和分支名称准确与否尤为重要。关于样本名称（两项基本原则）①样本名称必须与提交的树文件保持一致；最容易出现的是符号不一致的情况，特别
    看不见的线 2025-02-26 08:44:15 408 0 0
  • 软件使用

    iTOL的三种进化树注释方式

    在进化树美化项目中，无论是添加样本信息或基因组数据，还是更改分支形式或样本名称，都可以通过Datasets来完成，这里我们整理了进化树Datasets注释的3种不同方式。Method1：在Datasets面板中创建数据库并填写数据①在Datasets中选择“Createadataset”，根据
    看不见的线 2025-02-24 08:35:30 402 0 0
  • 软件使用

    iTOL模板组成结构解析

    在使用iTOL注释模板之前，我们先要了解模板的基本原理。如下图所示，在tol_binary这个模板中，所有条目前带有“#”的是用于解释模板内容的说明文本，不参与iTOL注释；而未携带“#”的则是实际参与注释的内容，它们与结果的呈现直接相关。在理解了这一点后，我
    看不见的线 2025-02-20 08:44:26 519 0 0
  • 软件使用

    iTOL模板下载及用途说明

    iTOL是一个集在线展示、注释和管理进化树的交互工具，绘图过程中我们可以在iTOL页面随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体，也可以通过iTOL提供的注释模板来添加多种类型的样本信息或基因组数据。如何下载iTOL注释模板？①打开iTOL网页（https://itol.embl.de
    看不见的线 2025-02-18 09:28:45 494 0 0
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    NCBI在线比对教程

    1、访问NCBI-BLAST在线比对网址访问NCBI-BLAST网址（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），并根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来选择使用的比对方法程序名查询序列数据库搜索方法blastn核酸核酸库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸
    看不见的线 2024-07-22 09:29:52 4911 0 0
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    BLAST 比对结果的输出和结果解读

    BLAST比对结果通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，值分别是0-18，以下是具体的介绍。第1种：outfmt0软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息，示例如下：第2种：outfmt1这种格式只保留了序列
    看不见的线 2024-07-22 09:23:55 3391 0 0
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    Rawgraphs网站-冲积图与桑基图绘制

    Rawgraphs（https://www.rawgraphs.io/）是一个免费的多功能在线绘图平台。支持如冲积图、树状图、热图、堆积图、甘特图、桑基图、矩阵图、雷达图、气泡图等多种类型的图表制作。选择网页下的“Useitnow!”进入Rawgraphs2.0beta（https://app.rawgraphs.io/）
    看不见的线 2024-01-31 09:39:40 2793 0 0
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    GrapeTree的安装及使用教程-最小生成树绘制

    GrapeTree是EnteroBase中的一个完全交互式的树可视化程序，它支持对树布局和元数据的简单操作。它使用邻接法（NJ），类似于PhyloViz的经典最小生成树算法（MSTree）或我们称之为MSTreeV2的改进的最小生成树方法生成葡萄树。1、数据准备使用GrapeTree绘制最小
    看不见的线 2024-01-24 10:29:27 2326 0 0
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    Prokka安装和使用教程 ——快速原核基因组注释

    Prokka是有澳大利亚墨尔本大学生物信息学家“TorstenSeemann”开发的基因结构注释软件，可以对细菌、古菌和病毒基因组进行快速高效注释。Prokka的安装conda安装condainstallProkka预编译可执行文件安装（Centos/Fedora/RHEL）#下载可执行文件gitclonehttps://
    看不见的线 2024-01-24 10:26:11 2483 0 0
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    Flye安装和使用教程 ——基因组三代组装软件

    Flye是用于单分子测序（三代测序，例如PacBio或OxfordNanopore）的基因组拼接工具，可用于进行小型细菌项目到哺乳动物基因组的组装。1、Flye的安装#conda安装condainstallflye#预编译安装#下载可执行文件并提取文件gitclonehttps://github.com/fenderglass/Fl
    看不见的线 2024-01-24 10:24:53 1806 0 0
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    Prodigal安装及使用教程 ——原核生物基因预测工具

    Prodigal（PROkaryoticDYnamicprogrammingGene-findingALgorithm）是一款用于原核生物基因预测的软件，由美国橡树岭国家实验室和田纳西大学的DougHyatt团队于2010年正式发表，2012年增发MetaProdigal专用于宏基因组数据，是目前应用最广泛的基因预测软件之一
    看不见的线 2024-01-24 10:13:11 2278 0 0
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    Canu安装及使用教程 ——基因组三代数据组装软件

    Canu是一款使用广泛的三代组装软件，可用于组装PacBio或OxfordNanopore序列，也支持pacbiohifi的组装。Canu对PacBio和OxfordNanopore原始数据的组装分为三个步骤：纠错，修整和组装。每一步经历以下几个步骤：1.加载read到read数据库（seqStore）；2.进行k-me
    看不见的线 2024-01-11 08:47:53 2772 0 0
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    SPAdes安装及使用教程 ——基因组数据组装神器

    SPAdes（St.Petersburggenomeassembler）是一个用于基因组组装的开源软件，主要应用于小型基因组如细菌，真菌等基因组测序数据的拼接。此软件应用广泛，具有多个附加管道可用于对不同类型的数据进行拼接。metaSPAdes宏基因组数据集的管道plasmidSPAdes用于从W
    看不见的线 2024-01-10 09:17:59 3311 0 0
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    gffread软件使用教程

    gffread，GTF和GFF软件格式互换
    牛祥娜 2024-01-08 10:37:50 2889 0 0
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    细菌耐药基因及毒力基因分析实战-ABRicate安装及使用指南

    ABRicate是一款用于快速分析微生物基因组数据的软件，可以基于细菌基因组组装结果进行分析，软件自带多个数据库，可以帮助我们更轻松的检测抗生素耐药基因和毒力因子等。软件自带数据库：NCBI基于NCBI的耐药数据库CARD基于CARD的耐药数据库VFDB基于vfdb毒力基
    看不见的线 2023-12-20 08:50:44 3218 0 1
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    基因组rRNA预测实战：Barrnap的安装和使用

    Barrnap（BAsicRapidRibosomalRNAPredictor）是一种用于rRNA预测的软件。它以DNAfasta序列作为输入，输出gff3结果文件和提取的fasta文件。Barrnap使用nhmmer/hmmer3.1进行DNA/RNA比对。支持多线程加速计算。Barrnap支持以下类型的rRNA的预测：bacteria(5S,23S
    看不见的线 2023-12-14 08:57:56 2184 0 0
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    PlasFlow安装及使用教程——高效区分质粒和染色体

    PlasFlow是一种基于基因组特征进行分析的新型工具，基于TensorFlow框架的深度人工神经网络（deepartificialneuralnetwork）开发，用以区分质粒和染色体序列。PlasFlow可以从组装的宏基因组中恢复质粒序列，而无需事先了解样品的分类或功能组成，准确度高达96%
    看不见的线 2023-12-14 08:48:43 1916 0 0
  • 软件使用

    SRA Toolkit安装及使用教程——高通量测序数据下载处理的软件包

    您是否对基因组学研究充满了好奇和渴望？想要深入了解生物的遗传信息，揭示其中隐藏的奥秘？那么，SRAToolkit将成为您最强大的助手。作为一款功能强大且易于使用的工具集，SRAToolkit将为您提供快速、高效地获取和分析原始测序数据的解决方案。Sratools是NCBI
    看不见的线 2023-12-01 09:02:14 2637 0 0
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【勤学如春起之苗，不见其增日有所长。假以时日，你定会为你的努力学习而倍感骄傲，加油！】