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    NCBI在线比对教程

    1、访问NCBI-BLAST在线比对网址访问NCBI-BLAST网址（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），并根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来选择使用的比对方法程序名查询序列数据库搜索方法blastn核酸核酸库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸
    看不见的线 2024-07-22 09:29:52 2235 0 0
  • 软件使用

    BLAST 比对结果的输出和结果解读

    BLAST比对结果通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，值分别是0-18，以下是具体的介绍。第1种：outfmt0软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息，示例如下：第2种：outfmt1这种格式只保留了序列
    看不见的线 2024-07-22 09:23:55 1716 0 0
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    Rawgraphs网站-冲积图与桑基图绘制

    Rawgraphs（https://www.rawgraphs.io/）是一个免费的多功能在线绘图平台。支持如冲积图、树状图、热图、堆积图、甘特图、桑基图、矩阵图、雷达图、气泡图等多种类型的图表制作。选择网页下的“Useitnow!”进入Rawgraphs2.0beta（https://app.rawgraphs.io/）
    看不见的线 2024-01-31 09:39:40 1617 0 0
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    GrapeTree的安装及使用教程-最小生成树绘制

    GrapeTree是EnteroBase中的一个完全交互式的树可视化程序，它支持对树布局和元数据的简单操作。它使用邻接法（NJ），类似于PhyloViz的经典最小生成树算法（MSTree）或我们称之为MSTreeV2的改进的最小生成树方法生成葡萄树。1、数据准备使用GrapeTree绘制最小
    看不见的线 2024-01-24 10:29:27 1505 0 0
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    Prokka安装和使用教程 ——快速原核基因组注释

    Prokka是有澳大利亚墨尔本大学生物信息学家“TorstenSeemann”开发的基因结构注释软件，可以对细菌、古菌和病毒基因组进行快速高效注释。Prokka的安装conda安装condainstallProkka预编译可执行文件安装（Centos/Fedora/RHEL）#下载可执行文件gitclonehttps://
    看不见的线 2024-01-24 10:26:11 1448 0 0
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    Flye安装和使用教程 ——基因组三代组装软件

    Flye是用于单分子测序（三代测序，例如PacBio或OxfordNanopore）的基因组拼接工具，可用于进行小型细菌项目到哺乳动物基因组的组装。1、Flye的安装#conda安装condainstallflye#预编译安装#下载可执行文件并提取文件gitclonehttps://github.com/fenderglass/Fl
    看不见的线 2024-01-24 10:24:53 1041 0 0
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    Prodigal安装及使用教程 ——原核生物基因预测工具

    Prodigal（PROkaryoticDYnamicprogrammingGene-findingALgorithm）是一款用于原核生物基因预测的软件，由美国橡树岭国家实验室和田纳西大学的DougHyatt团队于2010年正式发表，2012年增发MetaProdigal专用于宏基因组数据，是目前应用最广泛的基因预测软件之一
    看不见的线 2024-01-24 10:13:11 1365 0 0
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    Canu安装及使用教程 ——基因组三代数据组装软件

    Canu是一款使用广泛的三代组装软件，可用于组装PacBio或OxfordNanopore序列，也支持pacbiohifi的组装。Canu对PacBio和OxfordNanopore原始数据的组装分为三个步骤：纠错，修整和组装。每一步经历以下几个步骤：1.加载read到read数据库（seqStore）；2.进行k-me
    看不见的线 2024-01-11 08:47:53 1704 0 0
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    SPAdes安装及使用教程 ——基因组数据组装神器

    SPAdes（St.Petersburggenomeassembler）是一个用于基因组组装的开源软件，主要应用于小型基因组如细菌，真菌等基因组测序数据的拼接。此软件应用广泛，具有多个附加管道可用于对不同类型的数据进行拼接。metaSPAdes宏基因组数据集的管道plasmidSPAdes用于从W
    看不见的线 2024-01-10 09:17:59 2099 0 0
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    gffread软件使用教程

    gffread，GTF和GFF软件格式互换
    牛祥娜 2024-01-08 10:37:50 1812 0 0
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    细菌耐药基因及毒力基因分析实战-ABRicate安装及使用指南

    ABRicate是一款用于快速分析微生物基因组数据的软件，可以基于细菌基因组组装结果进行分析，软件自带多个数据库，可以帮助我们更轻松的检测抗生素耐药基因和毒力因子等。软件自带数据库：NCBI基于NCBI的耐药数据库CARD基于CARD的耐药数据库VFDB基于vfdb毒力基
    看不见的线 2023-12-20 08:50:44 2143 0 1
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    基因组rRNA预测实战：Barrnap的安装和使用

    Barrnap（BAsicRapidRibosomalRNAPredictor）是一种用于rRNA预测的软件。它以DNAfasta序列作为输入，输出gff3结果文件和提取的fasta文件。Barrnap使用nhmmer/hmmer3.1进行DNA/RNA比对。支持多线程加速计算。Barrnap支持以下类型的rRNA的预测：bacteria(5S,23S
    看不见的线 2023-12-14 08:57:56 1331 0 0
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    PlasFlow安装及使用教程——高效区分质粒和染色体

    PlasFlow是一种基于基因组特征进行分析的新型工具，基于TensorFlow框架的深度人工神经网络（deepartificialneuralnetwork）开发，用以区分质粒和染色体序列。PlasFlow可以从组装的宏基因组中恢复质粒序列，而无需事先了解样品的分类或功能组成，准确度高达96%
    看不见的线 2023-12-14 08:48:43 1196 0 0
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    SRA Toolkit安装及使用教程——高通量测序数据下载处理的软件包

    您是否对基因组学研究充满了好奇和渴望？想要深入了解生物的遗传信息，揭示其中隐藏的奥秘？那么，SRAToolkit将成为您最强大的助手。作为一款功能强大且易于使用的工具集，SRAToolkit将为您提供快速、高效地获取和分析原始测序数据的解决方案。Sratools是NCBI
    看不见的线 2023-12-01 09:02:14 1653 0 0
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    Diamond安装及使用教程——快速、高效的序列比对利器

    在大规模的DNA和蛋白质序列比对中，寻找一种快速而准确的工具是科研人员不可或缺的需求。今天向大家推荐一款高通量序列比对软件DIAMOND。Diamond是一种用于蛋白质（blastp，blastx）序列比对的工具，专为大序列数据的高性能分析而设计。其主要特点是：比BLAST
    看不见的线 2023-11-30 10:08:09 2670 0 0
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    你会查看R语言函数帮助文档吗？

    R语言是一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图以及数据挖掘。R本来由来自新西兰奥克兰大学的统计学家罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼开发，现在由R开发核心团队负责开发。R的功能能够透过由用户撰写的包增强。增加的功能有特殊的统计技术、绘
    唯那生物 2023-08-09 17:29:15 1254 0 0
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    IF查与投：简单方便的影响因子查询神器

    密码子实验室小工具“IF查与投”上线啦！想要查询期刊最新的影响因子，JCR分区和中科院分区，以及了解期刊的审稿周期和版面费等，请快来试试“IF查与投”小工具，助您在科研的道路上更进一步。1、首先请点击公众号下方“微生物”，选择“SCI查与投”选项，进
    唯那生物 2023-07-28 15:48:38 3017 0 0
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    文献解读丨对猪肠道耐药性进行广泛的宏基因组分析以确定反映抗菌素耐药性的指标

    英文标题：Extensivemetagenomicanalysisoftheporcinegutresistometoidentifyindicatorsreflectingantimicrobialresistance文章链接：https://doi.org/10.1186/s40168-022-01241-y发表时间：2022.3发表期刊：MicrobiomeIF：16.837研究背景/目的：抗生素耐药性
    唯那生物 2023-07-28 15:16:57 945 0 0
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    Easyfig罕见问题1

    最近在使用Easyfig给客户绘制比较基因簇图时，出现了一种之前没有遇到过的问题。不添加基因标签，能够生成图像，而添加了基因标签以后无法生成正常的svg矢量图，但不影响bmp位图结果的生成。此时打开svg文件，显示为下图的错误：如果我们用AI打开，则结果为：
    唯那生物 2023-07-28 14:10:54 2215 0 0
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【勤学如春起之苗，不见其增日有所长。假以时日，你定会为你的努力学习而倍感骄傲，加油！】