扫盲知识库-密码子学院-生物科研技能学习平台

本文翻译整理自RobertEdgar实验室官网：https://drive5.com/定义和解释OTUsSneath-SokalOTUs在更早的年代，早于DNA测序，早于系统发育树构建算法（例如neighbor-joining和maximumlikelihood），操作分类单元(OperationalTaxonomicUnit,OTU)的概念就由PeterSne

看不见的线 2024-07-04 17:25:59 3729 0 0

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干货满满丨小白の名词解释小课堂——扩增子相关②

Beta多样性：评估不同微生物群落间整体相似性的数量指数，微生物群落间相似性越低，beta多样性指数越大。Beta多样性可以分为定性和定量两种：●定性的beta多样性指数，包括Jaccard指数、Dice系数等，其只考虑每种OTU在群落中出现/不出现，而不考虑它们的丰度

看不见的线 2024-07-04 17:14:05 2694 0 0

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干货满满丨小白の名词解释小课堂——扩增子相关①

第一堂课，让我们来了解一下扩增子测序的基础知识、α多样性。微生物多样性测序，又名扩增子测序，是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，主要包括16SrRNA测序、18SrRNA测序、ITS测序及目标区域扩增子测序等。采用高通量测序平台测定的16S/18S/ITS全

看不见的线 2024-07-04 17:08:59 2063 0 0

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扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（三）

#多元统计分析问题#Q1:如何选择Metastat、Wilcoxon、Kruskal-Wallis及LEfSe等统计分析的结果？我们知道这四种分析所使用的统计检验方法有所不同，因此得出的结果也会存在差异。Metastat、Wilcoxon分析是在多个分组之间进行两两比较，从而检验每两组比较间的差

看不见的线 2024-07-04 15:40:39 1832 0 0

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扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（二）

#Beta多样性分析问题#Q1:Beta多样性的意义是什么？Beta多样性用于不同生态系统之间物种多样性的比较，利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本（组）间距离，通过距离反映样本（组）间微生物群落是否具有差异。样本（组）间微生物群落越相似，距离数

看不见的线 2024-07-04 14:20:02 1650 0 0

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扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（一）

#基础研究问题#Q1:设置生物学重复的意义是什么？生物学重复即样本重复，比如同一处理下有3只小鼠，这3只小鼠就是三个生物学重复。设置生物学重复对试验设计及数据分析都有重要的意义：1）减少个体差异造成的影响，降低组内误差，并测量组内样本的变异程度，从

看不见的线 2024-07-04 14:12:38 2273 0 0

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PubMLST与BIGSdb-Pasteur不共用一个账号

正如我们在《微生物分子分型-MLST》课程中介绍的那样，PubMLST或BIGSdb-Pasteur网站可以提交新等位基因或申请新序列分型（ST）。两者的差异主要在于它们包含的数据库不同，因此它们可以提交的物种也不同。但无论如何我们首先需要登录PubMLST或BIGSdb-Pasteur

看不见的线 2024-02-04 10:13:34 1901 0 0

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肺炎克雷伯菌的K抗原分型介绍

K.pneumoniae的K位点标准化命名法基于鲍曼不动杆菌[1]。Klocustype（KL）和Ktype（K）被用于描述K.pneumoniae的K抗原分型，简称K分型。其中Ktype来源于血清学实验，该分型结果较少，最初的血清学分型仅有77种。由于Ktype不够广泛，许多分离株在血清学上不可分

看不见的线 2024-01-31 09:55:04 1981 0 0

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肺炎克雷伯菌的O抗原血清型介绍

K.pneumoniae的O位点标准化命名法基于鲍曼不动杆菌[1]。与K分型类似，O抗原分型（简称O分型）可以使用Olocus/Otype来进行描述。但与根据基因含量定义的Klocus不同，Olocus（之前也称作rbflocus）由保守的wzm和wzt基因的序列同一性定义[2]。Kaptive（https://g

看不见的线 2024-01-31 09:52:30 1597 0 0

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肺炎克雷伯菌的scgMLST分型方案

肺炎克雷伯菌（K.pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的，在该方案中缺失的等位基因少于30个的等位基因谱被赋予cgST编号[1]。LIN（LifeIdentificationNumber）代码是Vinatzer等人开发的一个系统，

看不见的线 2024-01-31 09:44:43 1380 0 0

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大肠埃希菌亚群Phylogroup分类和鉴定方法

大肠埃希菌的亚群Phylogroup指的是大肠埃希菌的亚特异性群体（亚种分型），它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。经典的大肠埃希菌phylogroup可以分为A、B1、B2、D四组[1]。在此基础上通过基因组数据和多位点序列数据对phylogroup进

看不见的线 2024-01-31 09:41:16 1426 0 0

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铜绿假单胞菌的典型ST分型

多位点序列分型（MLST）是以7个管家基因的等位基因谱来代表菌株分型关系的一种方法，与其它常见病原菌类似，MLST也是铜绿假单胞菌分型与进化研究中最常用的分子分型方法之一。之前的报道显示铜绿假单胞菌ST235型、ST111型属于全球十大高风险克隆，与碳青霉烯

看不见的线 2024-01-24 10:11:15 1554 0 0

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铜绿假单胞菌的基因组可塑性区域RGP

铜绿假单胞的基因组大小大约在5～7.5Mb左右，不同菌株之间差距较为明显，这一方面可能与该细菌质粒的获得/丢失有关，但另一方面其基因组的高度可变性可能是更加重要的影响因素，也就是我们这里所指的基因组可塑性区域（regionsofgenomicplasticity，RGP），它

看不见的线 2024-01-10 09:20:43 1411 0 0

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铜绿假单胞菌的高适应性和急慢性感染

铜绿假单胞菌是属于假单胞菌科假单胞菌属的革兰氏阴性杆菌，它们广泛分布于自然环境中，也可以定植在人体的皮肤、肠道、呼吸道表面，通常能够感染患有呼吸性疾病（如囊性纤维化）或带有开放性伤口的患者（如烧伤）以及免疫力低下的人群，是临床分离中最常见的

看不见的线 2024-01-10 09:16:20 1351 0 0

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克拉维酸、舒巴坦、他唑巴坦有什么区别？

β-内酰胺类抗生素是临床应用广泛的一类抗菌药，但某些致病菌可以产生β-内酰胺酶，使抗生素的β-内酰胺环水解而失去药物活性，因此会导致耐药的发生。其解决方法就是在β-内酰胺类抗生素的基础上加入β-内酰胺酶抑制剂，目前有3种β-内酰胺酶抑制剂，包括克

牛祥娜 2024-01-09 22:16:21 1420 0 0

知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-肠球菌篇

知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-金黄色葡萄球菌篇

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