扫盲知识库-密码子学院-生物科研技能学习平台

扫盲知识库

MLST常见问题及解答

在理想情况下，MLST预测结果通常应清晰包含7个参考基因座（locus）的等位基因编号（allele），以及由该等位基因谱（profile）对应的ST型编号。以肺炎克雷伯菌模式菌株HS11286为例，其预测结果如下图所示：7个等位基因编号明确，ST型判定为ST11。这是最标准的

Alkalinity 2026-08-04 16:55:09 139 0 0

扫盲知识库

谈谈如何理解进化树上的 Bootstrap 值

很多朋友们画完进化树后，看到节点旁边的数字，98……100……87，于是判断很快就来了：“这个分支Bootstrap=100，肯定是真的。”“这里只有62，估计不能信。”“论文里不是常说Bootstrap大于70就有较高支持吗？”这些说法听起来都很熟悉，也确实是很多人日常

Alkalinity 2026-07-14 13:39:30 320 0 0

扫盲知识库

肺炎克雷伯菌的分型和克隆传播

第一部分：肺炎克雷伯菌的分子分型1.1多位点序列分型（MLST）MLST是一种重要的分子分型技术，常用于研究病原微生物的种群动态、传播规律，监测全球性的高危克隆。截至目前，Pasteur-BigSdb数据库共收录了8081种克雷伯菌的ST分型，揭示了克雷伯菌丰富的遗传多

看不见的线 2025-09-24 15:48:25 3335 0 0

扫盲知识库

大肠埃希菌的分型和克隆传播

第一部分：大肠埃希菌的流行病学分型1.1系统发育分型（Phylogroup）大肠埃希菌（Escherichiacoli）通常使用phylogroup（称为亚特异性群体/亚种分型）来反映其种内的集群特征，它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。如图1所示，目前，

看不见的线 2025-09-15 11:52:07 2216 0 0

扫盲知识库

噬菌体的分类与命名：从传统形态到基因组学

第一部分：病毒分类与命名的通用规则1、病毒分类的负责机构病毒的分类和命名一般由国际病毒分类委员会（ICTV）负责，但ICTV不负责种以下的分类如血清型、基因型等，这些需要由国际专家小组确定。2、病毒分类层级与最新统计ICTV于2019年5月发布的病毒分类表将

看不见的线 2025-09-10 09:49:11 4486 0 0

扫盲知识库

新型ST6417 CR-hvKP的发现

新型ST6417碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）分离株CR2021由哈尔滨医科大学团队首次报道。分子分型结果显示，ST6417菌株源于中国最流行的ST23型高毒力肺炎克雷伯菌（hvKP），其tonB基因相对ST23存在单一位点变异（C239A突变）。因此，ST6417CR-hvKP

看不见的线 2025-06-20 10:09:58 2375 0 0

扫盲知识库

知识小卡片 | 气泡图怎么看

什么是气泡图？气泡图（BubbleChart）是一种通过气泡的大小、颜色和位置来展示数据关系的图表形式。它通常用于显示三维或多维数据，除了传统的X轴和Y轴坐标外，气泡的大小和颜色可以代表数据的其他变量或特征。气泡图能够帮助分析者在有限的空间内同时展示多

看不见的线 2025-05-26 17:02:46 3196 0 0

扫盲知识库

知识小卡片 | 热图怎么看

课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操

看不见的线 2025-05-14 08:25:30 1858 0 0

扫盲知识库

知识小卡片 | 鲍曼不动杆菌IC的现状和全球分布

课程链接【课程】微生物分子分型-MLST【课程】cgMLST分析实战营：微生物分型技术进阶课

看不见的线 2025-05-08 09:40:20 2011 0 0

扫盲知识库

知识小卡片 | 鲍曼不动杆菌的国际流行克隆IC概述

课程链接【课程】微生物分子分型-MLST【课程】cgMLST分析实战营：微生物分型技术进阶课

看不见的线 2025-05-06 09:04:59 2058 0 0

扫盲知识库

细菌质粒复制子预测与结果解析

可用分析工具：PlasmidFinder（https://cge.food.dtu.dk/services/PlasmidFinder/）：依据质粒不相容性Reptyping（Inc）预测肠杆菌及部分革兰氏阳性菌的复制子（replicon）。pMLST（https://cge.food.dtu.dk/services/pMLST/）：预测IncF的亚型IncFIA、IncFIB

看不见的线 2025-04-30 10:17:36 4023 0 0

扫盲知识库

知识小卡片 | 常用β多样性分析方法的应用场景和特点

课程链接【课程】微生物菌群研究必修课：从深入理解到灵活应用【课程】细菌与真菌扩增子测序：零基础到高级分析的全流程实战

看不见的线 2025-04-28 10:45:31 1884 0 0

扫盲知识库

知识小卡片 | 如何理解菌群α多样性

课程链接【课程】微生物菌群研究必修课：从深入理解到灵活应用【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理

看不见的线 2025-04-24 08:52:22 1892 0 0

扫盲知识库

iTOL进化树外周条带个性化调整方法

引言进化树外周条带注释的样式调整（如边线与色块）可显著提升数据可视化效果。本文通过解析文献案例（示例一至示例四），系统阐述不同注释样式的实现方法，并揭晓其设计逻辑。文中所有示例均可基于iTOL工具，通过调整模板参数或网页界面操作完成。如何添加外

看不见的线 2025-04-23 14:43:21 2841 0 0

扫盲知识库

微生物分型进化核心术语解析

核心术语•Phylogroup：系统发育群•L（Lineage）：谱系•SL（Sublineage）：亚谱系•Cluster：簇•Internationalclone（IC）：国际流行克隆•CC（clonalcomplex）：克隆复合体•CG（clonalgroup）：克隆群•CT（clonaltype）：克隆型•MLST（multilocusseque

看不见的线 2025-04-22 09:48:11 2493 0 0

扫盲知识库

知识小卡片 | 三代测序数据组装工具

课程链接【课程】微生物基因组研究生信入门必修课【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操

看不见的线 2025-04-18 10:00:43 1902 0 0

扫盲知识库

知识小卡片 | 三代测序常用技术

课程链接【课程】微生物基因组研究生信入门必修课【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操

看不见的线 2025-04-15 08:32:26 1889 0 0

扫盲知识库

知识小卡片 | 使用 patchwork 包进行图形组合

课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操

看不见的线 2025-04-11 08:35:09 1974 0 0

扫盲知识库

知识小卡片 | R语言拆分数据框里的列

课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操

看不见的线 2025-04-11 08:34:03 1764 0 0

扫盲知识库