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    微生物组研究中 OTU 的前生今世

    本文翻译整理自RobertEdgar实验室官网：https://drive5.com/定义和解释OTUsSneath-SokalOTUs在更早的年代，早于DNA测序，早于系统发育树构建算法（例如neighbor-joining和maximumlikelihood），操作分类单元(OperationalTaxonomicUnit,OTU)的概念就由PeterSne
    看不见的线 2024-07-04 17:25:59 1807 0 0
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    干货满满丨小白の名词解释小课堂——扩增子相关②

    Beta多样性：评估不同微生物群落间整体相似性的数量指数，微生物群落间相似性越低，beta多样性指数越大。Beta多样性可以分为定性和定量两种：●定性的beta多样性指数，包括Jaccard指数、Dice系数等，其只考虑每种OTU在群落中出现/不出现，而不考虑它们的丰度
    看不见的线 2024-07-04 17:14:05 1155 0 0
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    干货满满丨小白の名词解释小课堂——扩增子相关①

    第一堂课，让我们来了解一下扩增子测序的基础知识、α多样性。微生物多样性测序，又名扩增子测序，是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，主要包括16SrRNA测序、18SrRNA测序、ITS测序及目标区域扩增子测序等。采用高通量测序平台测定的16S/18S/ITS全
    看不见的线 2024-07-04 17:08:59 788 0 0
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    扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（三）

    #多元统计分析问题#Q1:如何选择Metastat、Wilcoxon、Kruskal-Wallis及LEfSe等统计分析的结果？我们知道这四种分析所使用的统计检验方法有所不同，因此得出的结果也会存在差异。Metastat、Wilcoxon分析是在多个分组之间进行两两比较，从而检验每两组比较间的差
    看不见的线 2024-07-04 15:40:39 815 0 0
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    扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（二）

    #Beta多样性分析问题#Q1:Beta多样性的意义是什么？Beta多样性用于不同生态系统之间物种多样性的比较，利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本（组）间距离，通过距离反映样本（组）间微生物群落是否具有差异。样本（组）间微生物群落越相似，距离数
    看不见的线 2024-07-04 14:20:02 723 0 0
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    扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（一）

    #基础研究问题#Q1:设置生物学重复的意义是什么？生物学重复即样本重复，比如同一处理下有3只小鼠，这3只小鼠就是三个生物学重复。设置生物学重复对试验设计及数据分析都有重要的意义：1）减少个体差异造成的影响，降低组内误差，并测量组内样本的变异程度，从
    看不见的线 2024-07-04 14:12:38 1041 0 0
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    PubMLST与BIGSdb-Pasteur不共用一个账号

    正如我们在《微生物分子分型-MLST》课程中介绍的那样，PubMLST或BIGSdb-Pasteur网站可以提交新等位基因或申请新序列分型（ST）。两者的差异主要在于它们包含的数据库不同，因此它们可以提交的物种也不同。但无论如何我们首先需要登录PubMLST或BIGSdb-Pasteur
    看不见的线 2024-02-04 10:13:34 1292 0 0
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    肺炎克雷伯菌的K抗原分型介绍

    K.pneumoniae的K位点标准化命名法基于鲍曼不动杆菌[1]。Klocustype（KL）和Ktype（K）被用于描述K.pneumoniae的K抗原分型，简称K分型。其中Ktype来源于血清学实验，该分型结果较少，最初的血清学分型仅有77种。由于Ktype不够广泛，许多分离株在血清学上不可分
    看不见的线 2024-01-31 09:55:04 1214 0 0
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    肺炎克雷伯菌的O抗原血清型介绍

    K.pneumoniae的O位点标准化命名法基于鲍曼不动杆菌[1]。与K分型类似，O抗原分型（简称O分型）可以使用Olocus/Otype来进行描述。但与根据基因含量定义的Klocus不同，Olocus（之前也称作rbflocus）由保守的wzm和wzt基因的序列同一性定义[2]。Kaptive（https://g
    看不见的线 2024-01-31 09:52:30 951 0 0
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    肺炎克雷伯菌的scgMLST分型方案

    肺炎克雷伯菌（K.pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的，在该方案中缺失的等位基因少于30个的等位基因谱被赋予cgST编号[1]。LIN（LifeIdentificationNumber）代码是Vinatzer等人开发的一个系统，
    看不见的线 2024-01-31 09:44:43 820 0 0
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    大肠埃希菌亚群Phylogroup分类和鉴定方法

    大肠埃希菌的亚群Phylogroup指的是大肠埃希菌的亚特异性群体（亚种分型），它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。经典的大肠埃希菌phylogroup可以分为A、B1、B2、D四组[1]。在此基础上通过基因组数据和多位点序列数据对phylogroup进
    看不见的线 2024-01-31 09:41:16 838 0 0
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    铜绿假单胞菌的典型ST分型

    多位点序列分型（MLST）是以7个管家基因的等位基因谱来代表菌株分型关系的一种方法，与其它常见病原菌类似，MLST也是铜绿假单胞菌分型与进化研究中最常用的分子分型方法之一。之前的报道显示铜绿假单胞菌ST235型、ST111型属于全球十大高风险克隆，与碳青霉烯
    看不见的线 2024-01-24 10:11:15 900 0 0
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    铜绿假单胞菌的基因组可塑性区域RGP

    铜绿假单胞的基因组大小大约在5～7.5Mb左右，不同菌株之间差距较为明显，这一方面可能与该细菌质粒的获得/丢失有关，但另一方面其基因组的高度可变性可能是更加重要的影响因素，也就是我们这里所指的基因组可塑性区域（regionsofgenomicplasticity，RGP），它
    看不见的线 2024-01-10 09:20:43 866 0 0
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    铜绿假单胞菌的高适应性和急慢性感染

    铜绿假单胞菌是属于假单胞菌科假单胞菌属的革兰氏阴性杆菌，它们广泛分布于自然环境中，也可以定植在人体的皮肤、肠道、呼吸道表面，通常能够感染患有呼吸性疾病（如囊性纤维化）或带有开放性伤口的患者（如烧伤）以及免疫力低下的人群，是临床分离中最常见的
    看不见的线 2024-01-10 09:16:20 808 0 0
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    克拉维酸、舒巴坦、他唑巴坦有什么区别？

    β-内酰胺类抗生素是临床应用广泛的一类抗菌药，但某些致病菌可以产生β-内酰胺酶，使抗生素的β-内酰胺环水解而失去药物活性，因此会导致耐药的发生。其解决方法就是在β-内酰胺类抗生素的基础上加入β-内酰胺酶抑制剂，目前有3种β-内酰胺酶抑制剂，包括克
    牛祥娜 2024-01-09 22:16:21 849 0 0
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    为何密码子偏好性指数ENC（Nc）计算结果为空？

    在之前的软文中（密码子偏好性研究—常见指数）我们介绍了评价密码子偏好性的指数，在我们全套的密码子偏好性的课程中（【课程】遗传密码子偏好性研究）我们系统介绍了各类指数的含义、计算绘图和文章应用。最近有客户反馈了一个问题，使用codonW分析得到的.o
    看不见的线 2023-12-19 09:24:42 1200 0 0
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    最小生成树构建软件Grapetree与Phyloviz的差异

    Grapetree包含四种算法：MSTreeV2、MSTree、NJ、RapidRJ。根据开发者测试的结果，NJ/RapidNJ拥有最高的特异性（specificity）和灵敏度（sensitivity）；goeBURST、dMST的特异性受等位基因距离和丢失数据的比例影响较大，其灵敏度略高于MSTreeV2；MSTreeV2始终
    看不见的线 2023-12-14 08:54:36 1176 0 0
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    肺炎克雷伯菌毒力因子概况及铁载体介绍

    毒力因子是能够增强微生物致病潜力的毒力基因产物。与耐药基因不同，毒力基因的水平基因转移并没有那么频繁，因此细菌的毒力因子通常具有高度的物种特异性。比如肺炎克雷伯菌常见的毒力因子就包括荚膜多糖、脂多糖、铁载体和菌毛等。然而我们可以发现肺克的这
    看不见的线 2023-11-30 10:04:53 1230 0 0
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    Easyfig-genbank文件注释信息的修改或添加

    很多时候，由于基因预测或注释的问题，我们不得不修改或添加genbank文件的部分注释信息（Annotation）。总的来说，主要可以分为以下的三种情况：基因/CDS注释有误、基因/CDS预测有误、基因/CDS预测结果有缺漏。前两种情况按正常的方式直接修改即可，但第三种
    看不见的线 2023-11-23 14:05:17 1051 0 0
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    转座元件启动子与沉默耐药基因的激活

    转座元件（transposableelements,TEs,包括插入序列和转座子）可以通过多种方式启用或调节邻近基因的表达。其中一些方式是间接的，涉及遗传结构的转座后重排（即TE拷贝的同源重组导致部分序列缺失，使远处的启动子更接近基因），而另一些则是转座事件本身所固
    看不见的线 2023-11-23 13:52:58 790 0 0
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    ISCR1与整合子及抗性基因的联系

    目前累计已发现的ISCR共有29种，按照发现的先后顺序分别命名为ISCR1-ISCR29。其中对于ISCR1的研究最多，也最为深入。ISCR1原名orf513，表示该元件包含513个氨基酸，它最早在In6和In7中发现，其1类整合子结构被认为最初由转座子Tn402衍生而来，反映了转座子和
    看不见的线 2023-11-23 13:50:11 807 0 0
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    ISCR介导的整合子转移及复合整合子形成

    ISCR是一类特殊的插入序列，它的名字由IS（插入序列）和CR（共同区）两部分组成。ISCR经常被发现存在于在整合子的3’保守区（3’-CS），与不同的耐药基因相连，但不与重组位点相连。为了将它与整合子的CS区分开来，便称其为CR，后续研究发现它具有类似IS91的
    看不见的线 2023-11-23 13:47:05 831 0 0
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    整合子与耐药基因的关系

    整合子是一类非常重要的可移动遗传元件，它既可以存在于染色体上，也可以存在于某些质粒上。与其它可移动元件不同，整合子本身或者说整合子的保守部分并没有转移能力，因此完整的整合子需要质粒和插入序列或转座子介导其在细胞间和细胞内的水平转移。但是它的
    看不见的线 2023-11-23 13:44:48 854 0 0
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    抗菌药物敏感性检测方法对比

    抗菌药物敏感性试验（Antimicrobialsusceptibilitytest,AST），简称药敏试验，是指在体外测定细菌对抗菌药物敏感程度或耐药水平的一类试验。常见的AST方法有以下4种，肉汤稀释法、琼脂稀释法、纸片扩散法和浓度梯度法。其中稀释法（包括肉汤稀释法和琼脂稀释
    看不见的线 2023-11-23 13:41:39 753 0 0
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