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测序技术
GFF和GTF文件的处理和应用
GFF和GTF文件的格式规则和应用场景GFF(GeneralFeatureFormat)和GTF(GeneTransferFormat)文件是用于描述基因组注释信息的制表符分隔的文本文件,在信息分析中一般需要从这两种文件中提取所需的注释信息。GFF文件分为三个版本,其中GFF3是最新的标准,GTF文
看不见的线
2024-07-22 09:18:07
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测序技术
行业标准 | WS/T 503—2017临床微生物实验室血培养操作规范
血培养是一种将新鲜离体的血液标本接种于营养培养基上,在一定温度、湿度等条件下,使对营养要求较高的细菌生长繁殖并对其进行鉴别,从而确定病原菌的一种人工培养法。常用于菌血症、真菌血症、败血症及脓毒败血症的病因学诊断。以下是我国卫生健康委员会在20
唯那生物
2023-07-28 14:39:50
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测序技术
基因水平转移的溯源分析及特征分析
对于微生物而言,序列中存在外来片段的情况稀松平常,这主要归结于水平基因转移(HGT)的存在,它是推动进化的重要动力。质粒介导的接合作用和噬菌体介导的转化作用是最常见的HGT,此外,某些微生物也可能本身就具有捕获外源片段的能力。通常我们可以使用比较
唯那生物
2023-07-28 14:18:42
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测序技术
次级代谢产物生物合成基因簇的比较分析
Antismash是一个可以快速获得菌株次级代谢产物生物合成基因簇(smBGC)的网站,该网站还能展示与预测基因簇相似的其它基因簇,甚至下载这些基因簇的图示化结果。然而这种展示仅是对相似基因簇的简单罗列,假如我们需要进一步对它们进行比较,就可以在Easyfig
唯那生物
2023-07-28 14:15:22
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测序技术
MLST、rMLST、wgMLST、cgMLST介绍
多位点序列分型(Multilocussequencetyping,MLST)最早来源于多位点酶电泳(multilocusenzymeelectrophoresis,MLEE),是一种基于核酸序列测定的细菌分型方法,它通过PCR扩增多个管家基因内部片段,测定其序列,分析菌株的变异,从而进行分型。随着全基因组测
唯那生物
2023-07-28 14:12:41
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