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    生信分享 | GO，KEGG注释不理想？试试这款可视化软件--MapMan

    组学技术现在已经被广泛用于生命科学研究的方方面面。而面对大量的组学输入，数据又实在是太多了，这时，我们往往需要使用各种功能注释来进行可视化。最常见的莫过于GO和KEGGpathway注释，但是对于做植物研究的小伙伴会发现，我们在分析时，往往会觉得GO注释
    看不见的线 2024-07-01 11:06:26 1331 0 0
  • 生物数据库

    如何绘制这般漂亮的KEGG通路图？

    iPATH3（InteractivePathwaysExplorer）是一个用于pathwaymaps分析、作图的交互式在线工具。简而言之，iPATH的主要功能是查找通路和绘制通路，除了可以自由调整图形元素的大小、粗细、颜色等，我个人觉得Timeseries功能也不错，可绘制出动态的通路图，便于分
    看不见的线 2024-07-01 11:00:16 1415 0 0
  • 生物数据库

    KEGG数据库数据深入挖掘解析

    在微生物测序如此之火爆的时代，基于16s测序，无论是物种分布及复杂度分析还是组间biomarker寻找，都已经被玩转的炉火纯青。然而，作为16s测序的升级版，高大上的宏基因组测序产品总是让人感觉有一层看不透的朦胧美。作为宏基因组测序产品里面的关键组成部分
    看不见的线 2024-07-01 10:49:39 984 0 0
  • 生物数据库

    KEGG在线数据库使用攻略

    KEGG简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。与其他数据库相比，KEGG的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它
    看不见的线 2024-07-01 10:41:44 1292 0 0
  • 生物数据库

    KEGG pathway介绍及其使用方法

    KEGG，全称“京都基因与基因组百科全书”，英文全称KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes。1995年，为了使用计算机预测出比较复杂的细胞中的通路或者生物的复杂行为，日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室建立了KEGG。此后，数据库被不断完善，名声大噪
    看不见的线 2024-07-01 10:33:48 1115 0 0
  • 生物数据库

    如何看懂KEGG通路图？

    KEGGPATHWAY数据库是进行基因功能分析和代谢网络研究的强有力工具，不管你是做转录组还是蛋白组，你都有必要学会如何看得懂KEGG通路图。下面就以PI3K-AKTsignalpathway为例，看下如何看懂KEGG通路图吧！kegg数据库通路信息的分级近年来，各种新型的基因功能数
    看不见的线 2024-07-01 09:58:52 1594 0 0
  • 生物数据库

    KEGG数据库的使用方法与介绍

    KEGG的数据KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGGOrtholog
    看不见的线 2024-07-01 09:50:44 1492 0 0
  • 生物数据库

    一文读懂KEGG数据库

    KEGG数据库介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。这种分析方法依托的是由Kanehisa实验室在1995年开发的KEGG数据库，全称为KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes（
    看不见的线 2024-07-01 09:44:05 927 0 0
  • 生物数据库

    遗传百科——KEGG数据库简介

    我们在做基因研究的过程中经常会提到通路，提及到信号通路就不得不提到两个著名的网站——KEGG和GO；今天小编就来简单介绍一下KEGG数据。1、简介KEGG，全称KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes，中文：京都基因与基因组百科全书；是从基因测序和其它高通量实
    看不见的线 2024-07-01 09:20:32 1108 0 0
  • 生物数据库

    物种和分类学预测网站Pathogenwatch的使用方法介绍

    ​Pathogenwatch（https://pathogen.watch/）是一个包含多种病原菌分型结果的综合分析预测平台。该网站的功能主要为MLST和菌种预测，某些物种可以进行cgMLST、AMR预测和血清型预测等。此外该网站统计了部分病原菌的分型结果，并在地图上以可视化的方式进行了
    看不见的线 2023-11-28 09:14:15 1461 0 0
  • 生物数据库

    PHASTEST介绍-PHAST和PHASTER的升级版

    PHAST和PHASTER自发布以来，已经被越来越多研究者应用于前噬菌体的预测和分析，今年Wishart,D.S等人在原先的技术上做了改进并开发了一款新的PHASTEST软件作为PHAST、PHASTER的升级版，当然原先的平台仍然保留。这里先说一下结论，PHASTEST的升级主要包括两个
    看不见的线 2023-11-23 10:44:47 1554 0 0
  • 生物数据库

    MLST的原理和适用范围

    多位点序列分型（MultilocusSequenceTyping,MLST）是由多位点酶电泳（multilocusenzymeelectrophoresis,MLEE）衍生出来的一种分型方法。一般每种细菌会确定6～10个管家基因作为分型参考的位点，并根据同一管家基因的等位基因序列差异按照发现的时间顺序赋予一
    看不见的线 2023-11-23 10:26:15 785 0 0
  • 生物数据库

    常见的MLST在线分析网站

    今天给大家分享的是一些常见的MLST在线分析网站，这些网站除了都包含基础的预测功能外，有些还具有多个物种的等位基因数据库，有助于我们更好地进行分子遗传学和流行病学的研究。综合MLST预测网站（能预测多种细菌的MLST分型）1、PubMLST(https://pubmlst.org
    看不见的线 2023-11-23 10:20:21 2703 0 0
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