遗传百科——KEGG数据库简介

我们在做基因研究的过程中经常会提到通路，提及到信号通路就不得不提到两个著名的网站——KEGG和GO；今天小编就来简单介绍一下KEGG数据。

1、简介

KEGG，全称Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，中文：京都基因与基因组百科全书；是从基因测序和其它高通量实验技术中产生的大规模分子数据库，以了解细胞、有机体和生态系统等生物系统的高级功能和效用的资源型数据库；由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一，以"理解生物系统的高级功能和实用程序资源库"著称。整体界面如下：

2、数据库组成

KEGG是一个综合数据库，它们大致分为系统信息、基因组信息和化学信息三大类。进一步可细分为16个主要的数据库。可以通过不同的颜色编码来区分。

3、字符串含义

KEGG对象标识符。数据库中包含各样的数据对象，这些数据对象是为了用来对生物系统进行计算机模拟的。因此，各个数据库中的数据记录都被称为KEGG对象。这些对象可以通过KEGG对象标识符来识别，标识符由一个与数据库相关的前缀加五个数字构成。

4、KEGG pathway

KEGG Pathway是我们最常用的一个数据库，包含了代谢、调控、通路、生化、药物、疾病等相关的分子间相关作用和关系的网络，并构建成了网络信号图，以供使用。

一共包含5类，分别为：

1.org-organism-specific pathway maps for "org" linked to gene entries (green boxes)

2.map-manually drawn reference pathways linked to KO, EC, and reaction entries

3.ec-reference metabolic pathway highlighting EC numbers (blue boxes)

4.rn-reference metabolic pathway highlighting reactions (blue boxes)

5.ko-reference pathway highlighting KOs (blue boxes)

5、信号通路符号解读

最让人头疼的永远都是看着图很漂亮，但是我不认识，所以小编来带大家了解一下信号通路网络图中各个符号的含义，详情如下图所示：