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    知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-肠球菌篇

    课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战
    看不见的线 2025-03-31 10:44:08 42 0 0
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    知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-金黄色葡萄球菌篇

    课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战
    看不见的线 2025-03-27 08:29:09 104 0 0
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    知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-肠杆菌篇

    课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战
    看不见的线 2025-03-24 08:27:13 105 0 0
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    知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-详解

    课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战
    看不见的线 2025-03-20 08:20:56 169 0 0
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    细菌基因组注释软件Bakta安装、使用和结果解读

    随着基因组学研究的深入，细菌基因组注释成为了重要的一步。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释软件，它能够自动化完成基因预测、功能注释以及其他相关的生物信息学分析。本文将带您了解Bakta的安装、使用及结果解读。一、
    看不见的线 2025-03-18 08:30:01 269 0 0
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    知识小卡片 | 假单胞菌的质粒分型

    课程链接【课程】可移动元件研究实战指南——从理论机制到分析实操【课程】铜绿假单胞菌基因组研究综合分析实战
    看不见的线 2025-03-17 08:19:52 173 0 0
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    知识小卡片 | 质粒分型概述

    课程链接【课程】可移动元件研究实战指南——从理论机制到分析实操【课程】肺炎克雷伯菌基因组学研究综合指南【课程】铜绿假单胞菌基因组研究综合分析实战
    看不见的线 2025-03-14 08:39:41 220 0 0
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    细菌耐药大揭秘！你对细菌耐药了解多少？

    看不见的线 2025-03-12 09:35:58 228 0 0
  • 软件使用

    知识小卡片 | RStudio 比较好用的快捷键

    课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操
    看不见的线 2025-03-10 08:20:55 357 0 0
  • 软件使用

    知识小卡片 | ggview—解决RStudio中图形输出与预览不一致

    课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操
    看不见的线 2025-03-07 08:26:36 316 0 0
  • 软件使用

    Easyfig运行问题排查与解决方案：BLAST配置与路径设置的常见问题解析

    Easyfig无法正常运行的问题通常与BLAST的配置及路径设置有关。本文将从“BLAST是否能正常使用”，“Easyfig是否能正常调用BLAST”，以及“其他问题”三个方面，详细分析Easyfig无法正常运行的原因，并提供相应的解决方案。注意请优先排除序列本身的问题，每个
    看不见的线 2025-03-06 10:00:47 369 0 0
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    知识小卡片 | tet基因的分类

    看不见的线 2025-03-05 09:12:36 295 0 0
  • 软件使用

    Easyfig指南-比较基因簇图像的颜色修改

    问题：在基因簇比较分析时，研究人员通常需要为不同功能的基因赋予不同的颜色，以更直观地展示基因功能的多样性。然而，基因簇分析工具Easyfig软件默认仅支持为所有基因统一设置颜色，这在很大程度上限制了可视化效果。为此，本文将详细介绍两种实现基因特异
    看不见的线 2025-03-04 10:13:27 331 0 0
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    知识小卡片-替加环素耐药的可能来源

    看不见的线 2025-03-03 09:49:51 300 0 0
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    Easyfig必学锦囊：Genbank文件起始位置调整方法

    问题：在基因组分析过程中，我们时常会遇到需要调整GenBank文件序列起始位置的情况。这种需求可能源于两个主要原因：一是原始文件设定的起始位置不够合理（如位于基因编码区内部）；二是基于比较基因组学研究的需求（如进行基因簇比对分析）。示例：如图1所示
    看不见的线 2025-02-28 11:50:51 400 0 0
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    iTOL的样本与分支名称问题

    在进行iTOL注释时，第一列填写的往往是样本或分支的名称，因为所有注释的内容都需要对应到特定的样本或分支，所以样本和分支名称准确与否尤为重要。关于样本名称（两项基本原则）①样本名称必须与提交的树文件保持一致；最容易出现的是符号不一致的情况，特别
    看不见的线 2025-02-26 08:44:15 408 0 0
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    iTOL的三种进化树注释方式

    在进化树美化项目中，无论是添加样本信息或基因组数据，还是更改分支形式或样本名称，都可以通过Datasets来完成，这里我们整理了进化树Datasets注释的3种不同方式。Method1：在Datasets面板中创建数据库并填写数据①在Datasets中选择“Createadataset”，根据
    看不见的线 2025-02-24 08:35:30 402 0 0
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    iTOL模板组成结构解析

    在使用iTOL注释模板之前，我们先要了解模板的基本原理。如下图所示，在tol_binary这个模板中，所有条目前带有“#”的是用于解释模板内容的说明文本，不参与iTOL注释；而未携带“#”的则是实际参与注释的内容，它们与结果的呈现直接相关。在理解了这一点后，我
    看不见的线 2025-02-20 08:44:26 519 0 0
  • 软件使用

    iTOL模板下载及用途说明

    iTOL是一个集在线展示、注释和管理进化树的交互工具，绘图过程中我们可以在iTOL页面随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体，也可以通过iTOL提供的注释模板来添加多种类型的样本信息或基因组数据。如何下载iTOL注释模板？①打开iTOL网页（https://itol.embl.de
    看不见的线 2025-02-18 09:28:45 494 0 0
  • 软件使用

    NCBI在线比对教程

    1、访问NCBI-BLAST在线比对网址访问NCBI-BLAST网址（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），并根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来选择使用的比对方法程序名查询序列数据库搜索方法blastn核酸核酸库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸
    看不见的线 2024-07-22 09:29:52 4911 0 0
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    BLAST 比对结果的输出和结果解读

    BLAST比对结果通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，值分别是0-18，以下是具体的介绍。第1种：outfmt0软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息，示例如下：第2种：outfmt1这种格式只保留了序列
    看不见的线 2024-07-22 09:23:55 3391 0 0
  • 测序技术

    GFF和GTF文件的处理和应用

    GFF和GTF文件的格式规则和应用场景GFF（GeneralFeatureFormat）和GTF（GeneTransferFormat）文件是用于描述基因组注释信息的制表符分隔的文本文件，在信息分析中一般需要从这两种文件中提取所需的注释信息。GFF文件分为三个版本，其中GFF3是最新的标准，GTF文
    看不见的线 2024-07-22 09:18:07 4509 0 0
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    微生物组研究中 OTU 的前生今世

    本文翻译整理自RobertEdgar实验室官网：https://drive5.com/定义和解释OTUsSneath-SokalOTUs在更早的年代，早于DNA测序，早于系统发育树构建算法（例如neighbor-joining和maximumlikelihood），操作分类单元(OperationalTaxonomicUnit,OTU)的概念就由PeterSne
    看不见的线 2024-07-04 17:25:59 3729 0 0
  • 扫盲知识库

    干货满满丨小白の名词解释小课堂——扩增子相关②

    Beta多样性：评估不同微生物群落间整体相似性的数量指数，微生物群落间相似性越低，beta多样性指数越大。Beta多样性可以分为定性和定量两种：●定性的beta多样性指数，包括Jaccard指数、Dice系数等，其只考虑每种OTU在群落中出现/不出现，而不考虑它们的丰度
    看不见的线 2024-07-04 17:14:05 2694 0 0
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【勤学如春起之苗，不见其增日有所长。假以时日，你定会为你的努力学习而倍感骄傲，加油！】