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  • 软件使用

    NCBI在线比对教程

    1、访问NCBI-BLAST在线比对网址访问NCBI-BLAST网址（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），并根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来选择使用的比对方法程序名查询序列数据库搜索方法blastn核酸核酸库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸
    看不见的线 2024-07-22 09:29:52 2236 0 0
  • 软件使用

    BLAST 比对结果的输出和结果解读

    BLAST比对结果通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，值分别是0-18，以下是具体的介绍。第1种：outfmt0软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息，示例如下：第2种：outfmt1这种格式只保留了序列
    看不见的线 2024-07-22 09:23:55 1716 0 0
  • 测序技术

    GFF和GTF文件的处理和应用

    GFF和GTF文件的格式规则和应用场景GFF（GeneralFeatureFormat）和GTF（GeneTransferFormat）文件是用于描述基因组注释信息的制表符分隔的文本文件，在信息分析中一般需要从这两种文件中提取所需的注释信息。GFF文件分为三个版本，其中GFF3是最新的标准，GTF文
    看不见的线 2024-07-22 09:18:07 2157 0 0
  • 扫盲知识库

    微生物组研究中 OTU 的前生今世

    本文翻译整理自RobertEdgar实验室官网：https://drive5.com/定义和解释OTUsSneath-SokalOTUs在更早的年代，早于DNA测序，早于系统发育树构建算法（例如neighbor-joining和maximumlikelihood），操作分类单元(OperationalTaxonomicUnit,OTU)的概念就由PeterSne
    看不见的线 2024-07-04 17:25:59 1807 0 0
  • 扫盲知识库

    干货满满丨小白の名词解释小课堂——扩增子相关②

    Beta多样性：评估不同微生物群落间整体相似性的数量指数，微生物群落间相似性越低，beta多样性指数越大。Beta多样性可以分为定性和定量两种：●定性的beta多样性指数，包括Jaccard指数、Dice系数等，其只考虑每种OTU在群落中出现/不出现，而不考虑它们的丰度
    看不见的线 2024-07-04 17:14:05 1155 0 0
  • 扫盲知识库

    干货满满丨小白の名词解释小课堂——扩增子相关①

    第一堂课，让我们来了解一下扩增子测序的基础知识、α多样性。微生物多样性测序，又名扩增子测序，是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，主要包括16SrRNA测序、18SrRNA测序、ITS测序及目标区域扩增子测序等。采用高通量测序平台测定的16S/18S/ITS全
    看不见的线 2024-07-04 17:08:59 788 0 0
  • 扫盲知识库

    扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（三）

    #多元统计分析问题#Q1:如何选择Metastat、Wilcoxon、Kruskal-Wallis及LEfSe等统计分析的结果？我们知道这四种分析所使用的统计检验方法有所不同，因此得出的结果也会存在差异。Metastat、Wilcoxon分析是在多个分组之间进行两两比较，从而检验每两组比较间的差
    看不见的线 2024-07-04 15:40:39 815 0 0
  • 扫盲知识库

    扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（二）

    #Beta多样性分析问题#Q1:Beta多样性的意义是什么？Beta多样性用于不同生态系统之间物种多样性的比较，利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本（组）间距离，通过距离反映样本（组）间微生物群落是否具有差异。样本（组）间微生物群落越相似，距离数
    看不见的线 2024-07-04 14:20:02 723 0 0
  • 扫盲知识库

    扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（一）

    #基础研究问题#Q1:设置生物学重复的意义是什么？生物学重复即样本重复，比如同一处理下有3只小鼠，这3只小鼠就是三个生物学重复。设置生物学重复对试验设计及数据分析都有重要的意义：1）减少个体差异造成的影响，降低组内误差，并测量组内样本的变异程度，从
    看不见的线 2024-07-04 14:12:38 1041 0 0
  • 生物数据库

    生信分享 | GO，KEGG注释不理想？试试这款可视化软件--MapMan

    组学技术现在已经被广泛用于生命科学研究的方方面面。而面对大量的组学输入，数据又实在是太多了，这时，我们往往需要使用各种功能注释来进行可视化。最常见的莫过于GO和KEGGpathway注释，但是对于做植物研究的小伙伴会发现，我们在分析时，往往会觉得GO注释
    看不见的线 2024-07-01 11:06:26 1331 0 0
  • 生物数据库

    如何绘制这般漂亮的KEGG通路图？

    iPATH3（InteractivePathwaysExplorer）是一个用于pathwaymaps分析、作图的交互式在线工具。简而言之，iPATH的主要功能是查找通路和绘制通路，除了可以自由调整图形元素的大小、粗细、颜色等，我个人觉得Timeseries功能也不错，可绘制出动态的通路图，便于分
    看不见的线 2024-07-01 11:00:16 1416 0 0
  • 生物数据库

    KEGG数据库数据深入挖掘解析

    在微生物测序如此之火爆的时代，基于16s测序，无论是物种分布及复杂度分析还是组间biomarker寻找，都已经被玩转的炉火纯青。然而，作为16s测序的升级版，高大上的宏基因组测序产品总是让人感觉有一层看不透的朦胧美。作为宏基因组测序产品里面的关键组成部分
    看不见的线 2024-07-01 10:49:39 985 0 0
  • 生物数据库

    KEGG在线数据库使用攻略

    KEGG简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。与其他数据库相比，KEGG的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它
    看不见的线 2024-07-01 10:41:44 1292 0 0
  • 生物数据库

    KEGG pathway介绍及其使用方法

    KEGG，全称“京都基因与基因组百科全书”，英文全称KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes。1995年，为了使用计算机预测出比较复杂的细胞中的通路或者生物的复杂行为，日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室建立了KEGG。此后，数据库被不断完善，名声大噪
    看不见的线 2024-07-01 10:33:48 1115 0 0
  • 生物数据库

    如何看懂KEGG通路图？

    KEGGPATHWAY数据库是进行基因功能分析和代谢网络研究的强有力工具，不管你是做转录组还是蛋白组，你都有必要学会如何看得懂KEGG通路图。下面就以PI3K-AKTsignalpathway为例，看下如何看懂KEGG通路图吧！kegg数据库通路信息的分级近年来，各种新型的基因功能数
    看不见的线 2024-07-01 09:58:52 1594 0 0
  • 生物数据库

    KEGG数据库的使用方法与介绍

    KEGG的数据KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGGOrtholog
    看不见的线 2024-07-01 09:50:44 1492 0 0
  • 生物数据库

    一文读懂KEGG数据库

    KEGG数据库介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。这种分析方法依托的是由Kanehisa实验室在1995年开发的KEGG数据库，全称为KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes（
    看不见的线 2024-07-01 09:44:05 927 0 0
  • 生物数据库

    遗传百科——KEGG数据库简介

    我们在做基因研究的过程中经常会提到通路，提及到信号通路就不得不提到两个著名的网站——KEGG和GO；今天小编就来简单介绍一下KEGG数据。1、简介KEGG，全称KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes，中文：京都基因与基因组百科全书；是从基因测序和其它高通量实
    看不见的线 2024-07-01 09:20:32 1108 0 0
  • 扫盲知识库

    PubMLST与BIGSdb-Pasteur不共用一个账号

    正如我们在《微生物分子分型-MLST》课程中介绍的那样，PubMLST或BIGSdb-Pasteur网站可以提交新等位基因或申请新序列分型（ST）。两者的差异主要在于它们包含的数据库不同，因此它们可以提交的物种也不同。但无论如何我们首先需要登录PubMLST或BIGSdb-Pasteur
    看不见的线 2024-02-04 10:13:34 1292 0 0
  • 扫盲知识库

    肺炎克雷伯菌的K抗原分型介绍

    K.pneumoniae的K位点标准化命名法基于鲍曼不动杆菌[1]。Klocustype（KL）和Ktype（K）被用于描述K.pneumoniae的K抗原分型，简称K分型。其中Ktype来源于血清学实验，该分型结果较少，最初的血清学分型仅有77种。由于Ktype不够广泛，许多分离株在血清学上不可分
    看不见的线 2024-01-31 09:55:04 1214 0 0
  • 扫盲知识库

    肺炎克雷伯菌的O抗原血清型介绍

    K.pneumoniae的O位点标准化命名法基于鲍曼不动杆菌[1]。与K分型类似，O抗原分型（简称O分型）可以使用Olocus/Otype来进行描述。但与根据基因含量定义的Klocus不同，Olocus（之前也称作rbflocus）由保守的wzm和wzt基因的序列同一性定义[2]。Kaptive（https://g
    看不见的线 2024-01-31 09:52:30 951 0 0
  • 扫盲知识库

    肺炎克雷伯菌的scgMLST分型方案

    肺炎克雷伯菌（K.pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的，在该方案中缺失的等位基因少于30个的等位基因谱被赋予cgST编号[1]。LIN（LifeIdentificationNumber）代码是Vinatzer等人开发的一个系统，
    看不见的线 2024-01-31 09:44:43 820 0 0
  • 扫盲知识库

    大肠埃希菌亚群Phylogroup分类和鉴定方法

    大肠埃希菌的亚群Phylogroup指的是大肠埃希菌的亚特异性群体（亚种分型），它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。经典的大肠埃希菌phylogroup可以分为A、B1、B2、D四组[1]。在此基础上通过基因组数据和多位点序列数据对phylogroup进
    看不见的线 2024-01-31 09:41:16 838 0 0
  • 软件使用

    Rawgraphs网站-冲积图与桑基图绘制

    Rawgraphs（https://www.rawgraphs.io/）是一个免费的多功能在线绘图平台。支持如冲积图、树状图、热图、堆积图、甘特图、桑基图、矩阵图、雷达图、气泡图等多种类型的图表制作。选择网页下的“Useitnow!”进入Rawgraphs2.0beta（https://app.rawgraphs.io/）
    看不见的线 2024-01-31 09:39:40 1617 0 0
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