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  • 技能干货

    Nat Microbiol|噬菌体可使耐药细菌恢复对抗生素的敏感性

    抗生素是20世纪最重要的医学突破之一，使人类免受多种病原菌的侵害。但与此同时，由于抗生素的不合理使用，细菌对抗生素的耐受性越来越强，同时耐药性出现大规模传播，超级细菌不断涌现。如果全球不采取措施遏制抗药性超级细菌的扩散，到2050年每年丧生的人数
    Alkalinity 2026-10-08 11:51:40 19 0 0
  • 技能干货

    Nature reviews microbiology | 肺炎克雷伯菌的群体基因组学研究

    背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳
    Alkalinity 2026-10-08 11:47:53 12 0 0
  • 技能干货

    肺炎克雷伯菌的scgMLST分型方案

    肺炎克雷伯菌（K.pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的，在该方案中只有缺失的等位基因数少于30个的等位基因谱才会被赋予cgST编号[1]。LIN（LifeIdentificationNumber）代码是Vinatzer等人开发的
    Alkalinity 2026-09-28 10:37:23 229 0 0
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    环境因子相关性分析(RDA/CCA)结果如何解读

    RDA/CCA分析又称多元直接梯度分析，主要用来检测环境因子（如气体成分）、样本、菌群三者间的关系或者两两之间的关系。RDA/CCA分析将对应分析与多元回归分析相结合，每一步计算均与环境因子进行回归，其中RDA是基于线性模型进行分析，CCA是基于单峰模型进行分
    Alkalinity 2026-09-28 10:23:49 164 0 0
  • 技能干货

    什么是肺炎克雷伯菌物种复合体

    全基因组测序显示，在临床和研究实验室通过生化或蛋白质组学分析鉴定为肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）的分离株中，有部分可能不是K.pneumoniae，而是属于K.pneumoniae密切相关的物种，它们与K.pneumoniae的平均核苷酸同一性（ANI）约为95-96%。这一类
    Alkalinity 2026-09-21 11:47:32 350 0 0
  • 技能干货

    肺炎克雷伯菌的K抗原血清型介绍

    1血清型基础介绍血清型是基于同一物种不同个体间血清抗原的差异来对菌株进行分型的一种方法。与细菌血清型相关的抗原根据其所属的类型，可分为菌体抗原（O抗原）、表面抗原（K抗原）、鞭毛抗原（H抗原）和菌毛抗原（F抗原）4种。其中O抗原又称为脂多糖（LPS）
    Alkalinity 2026-09-21 11:39:37 271 0 0
  • 技能干货

    菌群多样性研究之如何理解菌群α多样性

    1.菌群α多样性的概念菌群α多样性指某个群落或生境内部的种的多样性。这个指标是指一个群落内物种的个数（speciesrichness，丰富度）以及每个物种的数量及分布（evenness，均匀度）。一个生态群落的多样性，有两个基本的指标。丰富度（richness），衡量一个
    Alkalinity 2026-09-15 10:56:07 408 0 0
  • 技能干货

    已有测序和药敏数据：细菌GWAS能帮你做什么？

    很多细菌耐药研究都会遇到类似问题：已经完成数十株或数百株细菌的全基因组测序，也获得了药敏结果，但不知道除了耐药基因注释还能做什么？这时，可以考虑开展细菌全基因组关联分析。细菌耐药GWAS并不只是把耐药菌和敏感菌的基因组进行简单比较，而是要进一步
    Alkalinity 2026-09-07 09:26:48 519 0 0
  • 技能干货

    MLST和cgMLST的分型结果，分别怎么看？

    MLST或cgMLST的分型结果，主要包含两部分数据：一是每个位点的等位基因编号，二是一个具体的型别（ST型或cgST型）。看起来结果相似，但两者的解读逻辑并不完全相同。要理解这种差异，得从这两种方法的定位说起。MLST的定位在于通过少量保守的管家基因，为菌株
    Alkalinity 2026-09-07 09:15:28 400 0 0
  • 技能干货

    认识开放型与闭合型泛基因组

    微生物比较基因组分析（ComparativeGenomics），简单来说就是，把多个微生物菌株的基因组放在一起比较，找出它们“共同拥有的东西”和“各自不同的东西”，进一步解释菌株之间的亲缘关系、遗传差异、表型差异以及进化过程。它是微生物基因组研究中非常核心的
    Alkalinity 2026-09-01 16:10:27 516 0 0
  • 技能干货

    抗生素搞不定的耐药菌，噬菌体行不行？这篇研究给出了答案

    近年来，碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）感染越来越多，临床治疗极其困难，死亡率高达50%。传统抗生素越来越乏力，而噬菌体——这种专门“吃”细菌的病毒，正成为极具潜力的新武器。最近，解放军医学院的研究团队从污水中分离出一株全新的裂解性噬
    Alkalinity 2026-09-01 16:09:40 538 0 0
  • 技能干货

    核心基因组和可变基因组，到底有什么区别？

    在泛基因组研究里，核心基因组回答“这个物种共同需要什么”，可变基因组回答“不同菌株为什么不一样”。两者合在一起，构成了一个物种完整的基因资源。一、核心基因组与可变基因组对比项目核心基因组Coregenome可变基因组Accessorygenome定义在大多数/全部研
    Alkalinity 2026-08-24 09:48:18 608 0 0
  • 技能干货

    同一个物种，为什么不同菌株可以“完全不一样”？

    同一个物种，为什么有的菌株耐药、有的不耐药；有的毒力强、有的表现完全不同？很多时候，答案并不在一个基因上，而在于整个基因组的组成。一个物种，并不是“一套固定基因”可以把一个物种想象成一个巨大的“基因库”，不同菌株就像从里面各取所需，选走了不
    Alkalinity 2026-08-24 09:47:21 525 0 0
  • 技能干货

    为什么做了几十株菌的测序，下一步却不知道怎么分析？

    当我们从一个菌株，走向几十株、上百株菌株时，真正值得研究的问题也发生了变化。做微生物基因组研究时，我们常会遇到这样一个场景：拿到一个菌株，完成测序、组装、基因预测和功能注释，得到一份漂亮的基因组结果。这时候我们能知道这株菌有多少个基因、有哪
    Alkalinity 2026-08-24 09:46:25 832 0 0
  • 扫盲知识库

    微生物比较基因组常见分析内容及方法

    微生物比较基因组分析（ComparativeGenomics），简单来说就是，把多个微生物菌株的基因组放在一起比较，找出它们“共同拥有的东西”和“各自不同的东西”，进一步解释菌株之间的亲缘关系、遗传差异、表型差异以及进化过程。它是微生物基因组研究中非常核心的
    Alkalinity 2026-08-17 09:47:32 925 0 0
  • 扫盲知识库

    MLST常见问题及解答

    在理想情况下，MLST预测结果通常应清晰包含7个参考基因座（locus）的等位基因编号（allele），以及由该等位基因谱（profile）对应的ST型编号。以肺炎克雷伯菌模式菌株HS11286为例，其预测结果如下图所示：7个等位基因编号明确，ST型判定为ST11。这是最标准的
    Alkalinity 2026-08-04 16:55:09 912 0 0
  • 扫盲知识库

    谈谈如何理解进化树上的 Bootstrap 值

    很多朋友们画完进化树后，看到节点旁边的数字，98……100……87，于是判断很快就来了：“这个分支Bootstrap=100，肯定是真的。”“这里只有62，估计不能信。”“论文里不是常说Bootstrap大于70就有较高支持吗？”这些说法听起来都很熟悉，也确实是很多人日常
    Alkalinity 2026-07-14 13:39:30 947 0 0
  • 软件使用

    借助Bowtie2软件分析基因组的测序深度

    示例数据：├──plasmid_genome.fa………………………………………………质粒基因组序列├──reads_1.fq……………………………………………………测序数据read1├──reads_2.fq……………………………………………………测序数据read2操作：步骤1：使用Bo
    唯那生物 2025-11-14 23:33:43 3272 0 0
  • 软件使用

    NCBI蛋白质BLAST检索数据库最新变更

    1、NCBI蛋白数据库变更自2025年8月起，ClusteredNR将取代传统的标准NR数据库，成为蛋白质BLAST搜索的默认数据库。这一变更旨在提升搜索效率和结果质量。当然，传统的NR数据库仍可通过手动选择继续使用。2、ClusteredNR的优势更快的搜索速度：通过聚类减少数据
    唯那生物 2025-11-14 20:54:55 2644 0 0
  • 生物数据库

    NCBI Assembly数据库使用指南：轻松下载组装基因组

    在微生物组学与病原生物学研究飞速发展的今天，获取高质量的细菌基因组数据是每一项重要发现的起点。无论是溯源分析、比较基因组学、疫苗设计还是耐药性研究，第一步总是：“数据从哪里来？又如何高效下载？”而全球学者公认的数据宝库，就是NCBI。面对NCBI庞
    看不见的线 2025-11-04 13:38:41 5663 0 0
  • 扫盲知识库

    肺炎克雷伯菌的分型和克隆传播

    第一部分：肺炎克雷伯菌的分子分型1.1多位点序列分型（MLST）MLST是一种重要的分子分型技术，常用于研究病原微生物的种群动态、传播规律，监测全球性的高危克隆。截至目前，Pasteur-BigSdb数据库共收录了8081种克雷伯菌的ST分型，揭示了克雷伯菌丰富的遗传多
    看不见的线 2025-09-24 15:48:25 4106 0 0
  • 软件使用

    细菌基因组注释 | 第二站：高精度注释工具Bakta

    在之前的文章中，我们介绍了原核基因组自动注释工具Prokka的使用方法。本节我们将继续介绍另一款注释工具——Bakta。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释工具，能够自动完成基因预测、功能注释以及其他相关生物信息学分析任
    看不见的线 2025-09-18 11:38:41 3062 0 0
  • 扫盲知识库

    大肠埃希菌的分型和克隆传播

    第一部分：大肠埃希菌的流行病学分型1.1系统发育分型（Phylogroup）大肠埃希菌（Escherichiacoli）通常使用phylogroup（称为亚特异性群体/亚种分型）来反映其种内的集群特征，它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。如图1所示，目前，
    看不见的线 2025-09-15 11:52:07 2879 0 0
  • 软件使用

    实用组学小工具——耐药基因注释（CARD-RGI）

    一、CARD-RGI简介RGI（ResistanceGeneIdentifier）是由CARD（ComprehensiveAntibioticResistanceDatabase）团队开发的核心生物信息学工具，主要用于在微生物基因组或宏基因组数据中准确识别抗生素耐药基因（AntibioticResistanceGenes,ARGs）。该工具通过将用
    看不见的线 2025-09-11 11:20:53 3355 0 0
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