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    肺炎克雷伯菌的分型和克隆传播

    第一部分：肺炎克雷伯菌的分子分型1.1多位点序列分型（MLST）MLST是一种重要的分子分型技术，常用于研究病原微生物的种群动态、传播规律，监测全球性的高危克隆。截至目前，Pasteur-BigSdb数据库共收录了8081种克雷伯菌的ST分型，揭示了克雷伯菌丰富的遗传多
    看不见的线 2025-09-24 15:48:25 132 0 0
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    细菌基因组注释 | 第二站：高精度注释工具Bakta

    在之前的文章中，我们介绍了原核基因组自动注释工具Prokka的使用方法。本节我们将继续介绍另一款注释工具——Bakta。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释工具，能够自动完成基因预测、功能注释以及其他相关生物信息学分析任
    看不见的线 2025-09-18 11:38:41 241 0 0
  • 扫盲知识库

    大肠埃希菌的分型和克隆传播

    第一部分：大肠埃希菌的流行病学分型1.1系统发育分型（Phylogroup）大肠埃希菌（Escherichiacoli）通常使用phylogroup（称为亚特异性群体/亚种分型）来反映其种内的集群特征，它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。如图1所示，目前，
    看不见的线 2025-09-15 11:52:07 191 0 0
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    实用组学小工具——耐药基因注释（CARD-RGI）

    一、CARD-RGI简介RGI（ResistanceGeneIdentifier）是由CARD（ComprehensiveAntibioticResistanceDatabase）团队开发的核心生物信息学工具，主要用于在微生物基因组或宏基因组数据中准确识别抗生素耐药基因（AntibioticResistanceGenes,ARGs）。该工具通过将用
    看不见的线 2025-09-11 11:20:53 268 0 0
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    噬菌体的分类与命名：从传统形态到基因组学

    第一部分：病毒分类与命名的通用规则1、病毒分类的负责机构病毒的分类和命名一般由国际病毒分类委员会（ICTV）负责，但ICTV不负责种以下的分类如血清型、基因型等，这些需要由国际专家小组确定。2、病毒分类层级与最新统计ICTV于2019年5月发布的病毒分类表将
    看不见的线 2025-09-10 09:49:11 327 0 0
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    实用组学小工具——大肠埃希菌血清型分析SerotypeFinder和ECTyper

    一、关于大肠埃希菌的血清型鉴定大肠埃希氏菌的抗原结构主要包括四类：菌体抗原（O抗原）、表面抗原（K抗原）、鞭毛抗原（H抗原）和菌毛抗原（F抗原）。在该菌的血清分型中，通常以O抗原和H抗原作为主要分型依据，例如常见的O157:H7型。对于部分致病菌株，还
    看不见的线 2025-09-05 11:00:18 275 0 0
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    实用组学小工具——大肠埃希菌亚群分类和鉴定

    一、大肠埃希菌亚群介绍埃希氏菌属（Escherichia）包括艾伯特埃希菌（E.albertii）、弗格森埃希菌（E.fergusonii）、五个埃希菌隐蔽进化枝以及严格意义上的大肠埃希菌（E.colisensustricto）。其中大肠埃希菌可进一步划分为七个主要系统群（phylogroup），分
    看不见的线 2025-09-05 10:57:10 165 0 0
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    实用组学小工具——序列ID简化

    你是否遇到过基因原始序列ID太长，包含太多不需要的信息，那么我们该如何对原始序列ID进行操作来加速我们的数据分析呢？如果你有这方面的困扰，可以尝试使用密码子·生信云平台提供在线的序列ID简化小工具（https://cloud.mimazi.net/tool/article-24.html）
    看不见的线 2025-09-01 09:26:02 267 0 0
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    细菌基因组注释 | 第一站：全自动注释神器Prokka

    Prokka是一个适用于原核生物的基因组自动注释工具，由墨尔本大学生物信息学家TorstenSeemann开发。Prokka协调了一套现有的软件工具，可以对原核基因组和宏基因组进行快速高效的功能注释。一、如何使用Prokka？Prokka的使用要求：1、准备基因组序列文件（FASTA
    看不见的线 2025-09-01 09:24:54 236 0 0
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    实用组学小工具——轻松搞定BLAST比对

    一、关于BLAST比对BLAST全称为BasicLocalAlignmentSearchTool，即基于局部序列比对算法的搜索工具，是由美国国家生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI）开发和管理的一套生物大分子一级结构序列比对程序。程序可将输入的核酸碱
    看不见的线 2025-08-28 10:16:38 433 0 0
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    使用Minimap2软件进行全长转录组测序数据比对

    Minimap2的安装方法一：conda安装#创建并进入conda环境condacreate-nMinimap2-ysourceactivateMinimap2#安装minimap2condainstall-cbiocondaminimap2方法二：编译安装#获取并解压安装包wgethttps://github.com/lh3/minimap2/archive/refs/tags/v2.28.tar.gzta
    看不见的线 2025-08-20 17:36:23 475 0 0
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    实用组学小工具——多序列比对可视化展示

    一、什么是多序列比对？多序列比对（MultipleSequenceAlignment,MSA）是一种将多个生物学序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）进行比对排列，以识别它们之间相似性和差异性的生物信息学方法。在比对过程中，多个序列中相同或相似的部分会尽可能被对齐到同一列，而
    看不见的线 2025-08-14 09:53:26 639 0 0
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    一分钟了解Linux神器：cat命令

    今天我们来聊聊Linux世界里一个看似简单，却无处不在、超级实用的命令——cat。什么是cat？“cat”其实是concatenate连接）的缩写。不过别担心，它的功能远不止“连接”这么简单，堪称命令行里的“文件查看&操作小能手”。cat的核心功能大盘点：​1.查看文件
    看不见的线 2025-08-12 14:05:51 463 0 0
  • 软件使用

    Linux命令重定向详解

    在Linux系统中，重定向是命令行操作中一项强大且常用的功能，它允许用户灵活地控制命令的输入和输出流。通过重定向，命令的输出可以保存到文件中，错误信息可以单独处理，或者从文件中读取输入。本文将详细介绍Linux中的常见重定向操作符。什么是重定向？在Li
    看不见的线 2025-08-08 13:46:28 422 0 0
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    Pigz：高效的并行压缩工具

    随着基因组学与组学研究的快速发展，研究人员面临着海量数据的处理和存储挑战。高通量测序技术（如二代测序、三代测序等）所产生的数据量巨大，常常达到数百GB甚至TB级别，如何高效、快速地存储和传输这些数据成为了一个关键问题。Pigz（ParallelImplementati
    看不见的线 2025-08-07 09:16:46 457 0 0
  • 软件使用

    Grep：探索命令行的强大工具

    在日常的编程和系统管理工作中，我们常常需要处理大量的文本数据，如何高效地从中筛选出有用的信息呢？今天，我要介绍一个非常强大、又简单易用的命令行工具——Grep。什么是Grep？Grep（GlobalRegularExpressionPrint）是一个基于正则表达式的文本搜索工具，
    看不见的线 2025-08-06 09:04:35 407 0 0
  • 软件使用

    实用组学小工具——VFDB毒力基因注释

    一、VFDB数据库介绍VFDB（https://www.mgc.ac.cn/VFs/）是一个专门针对细菌毒力因子（VirulenceFactors,VFs）的综合性在线数据库，旨在系统整理和注释与细菌致病性相关的基因、蛋白质及其功能机制，为治疗和预防传染病提供新思路。通过VFDB注释，我们可以快速
    看不见的线 2025-08-04 13:40:40 630 0 0
  • 生物数据库

    Kaptive脂多糖血清型分类系统更新

    2025年4月30日，Kaptive发布了最新的Kaptivev.3.1+，对肺炎克雷伯菌脂多糖（LPS）血清型（Olocus和Otype）的分类系统进行了全面升级。与之前的Kaptivev.2.0.8～Kaptivev.3.0.0b6版本相比，Kaptivev.3.1+通过引入基于生化结构的标准化命名体系细化了肺炎克雷伯
    看不见的线 2025-07-30 10:27:54 648 0 0
  • 软件使用

    使用SAMtools软件进行序列可视化展示

    SAMtools序列可视化操作1）准备BAM文件#使用参考序列构建索引，index为索引前缀bowtie2-buildreference.faindex#使用bowtie2进行比对bowtie2-xindex-1reads_1.fq-2reads_2.fq-p32-Sexample_pair.sam#使用samtools将sam文件转换为bam文件samtoolssortexample_p
    看不见的线 2025-07-29 08:53:53 437 0 0
  • 软件使用

    借助Bowtie2软件分析基因组的测序深度

    示例数据：├──plasmid_genome.fa………………………………………………质粒基因组序列├──reads_1.fq……………………………………………………测序数据read1├──reads_2.fq……………………………………………………测序数据read2操作：步骤1：使用Bo
    看不见的线 2025-07-28 09:15:38 487 0 0
  • 软件使用

    Bowtie2软件的安装和使用

    1.Bowtie2软件的适用范围和应用场景Bowtie2是将测序后的reads与长参考组的比对工具(适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基因组,如哺乳动物,进行比对)。Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-WheelerTransform或BWT）对基因组进行索引，以此来保持其占
    看不见的线 2025-07-25 11:28:18 647 0 0
  • 软件使用

    BWA软件的安装和使用

    1.BWA软件的适用范围和应用场景bwa是一款将序列比对到参考基因组上的软件，包含了以下3种算法：BWA-backtrack:用于进行Illuminareads的比对，reads的长度最大为100bp。BWA-SW:用于比对long-read，支持的长度为70bp-1Mb；同时支持剪接性比对（splitalignments
    看不见的线 2025-07-24 09:26:00 567 0 0
  • 软件使用

    PSI-BLAST使用

    PSI-BLAST即Position-SpecificIterated(PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效，适用于使用标准的Blastp比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（"hypotheticalprotein"
    看不见的线 2025-07-18 09:24:18 701 0 0
  • 软件使用

    RPS-BLAST使用

    RPS-BLAST类似于HMMER，可用于在CDD数据库里搜索某蛋白是否含有一domain或者是否属于某一family寻找蛋白序列具有的保守Domain。蛋白序列的Domain对于蛋白质来说是最重要的一部分，一般来说会有发挥功能的区域，结合其它物质的区域，二聚化区域等等。RPS-Blast
    看不见的线 2025-07-16 08:30:28 633 0 0
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