实用组学小工具——大肠埃希菌亚群分类和鉴定

一、大肠埃希菌亚群介绍

埃希氏菌属（Escherichia）包括艾伯特埃希菌（E. albertii）、弗格森埃希菌（E. fergusonii）、五个埃希菌隐蔽进化枝以及严格意义上的大肠埃希菌（E. coli sensu stricto）。其中大肠埃希菌可进一步划分为七个主要系统群（phylogroup），分别命名为A、B1、B2、C、D、E和F。由于这些物种/系统群具有特定的生存方式和宿主偏好性，它们的鉴定对流行病学研究具有重要意义。

传统表型检测法无法准确识别非严格意义大肠埃希菌及各类系统群。Clermont及其团队开发的PCR检测方法实现了对大多数物种/系统群的鉴定，其中三重/四重PCR技术已成为大肠埃希菌系统群分型最常用的方法。随着全基因组测序技术的普及，研究者开发了ClermonTyping方法及其网络交互界面ClermonTyper。该工具能够将菌株序列精准归类至艾伯特埃希菌、弗格森埃希菌、埃希菌隐蔽进化枝（I-V）和严格意义上的大肠埃希菌phylogroup（A-F）。

ClermonTyping延续了体外PCR检测的设计理念，保持了操作简便和快速高效的特点。该计算机分析方法与体外PCR检测结果的吻合度达99.4%，与Mash基因组聚类工具的一致性达98.8%。极少数误差主要源于水平基因转移或引物中的单核苷酸多态性（SNP）。

二、大肠埃希菌亚群分类和鉴定小工具

密码子实验室在生信云平台中添加了大肠埃希菌亚群分类和鉴定（ClermonTyping）小工具：用户上传fasta格式的菌株全基因组序列文件或包含多个目标基因组的文件夹（输入文件后缀为 *.fasta/*.fa），即可实现大肠埃希菌亚群分类和鉴定。

地址：https://cloud.mimazi.net/tool/article-197.html

版本：Clermont Typing Current version : 24.02 (Fev. 2024)

使用方法：

输入文件：

基因组预组装结果（FASTA格式），支持提交单个基因组或包含多个目标基因组的文件夹，输入文件后缀为 *.fasta/*.fa

文件名禁止包含空格（如：EC Strain1.fasta，可将其修改为 EC_Strain1.fasta）

输出结果：

clermonTyping_phylogroups.txt：ClermonTyping的最终输出

第一列：被分析样品的名称；

第二列：PCR检测到的所有基因（包括可能无用的验证基因）；

第三列：在四重列中，目标基因（arpA, chuA, yjaA,TspE4.C2）的存在(+)/缺失（-）表示；

第四列：当四重PCR结果不明确时，该列显示C组和E组的特异性等位基因；

第五列：关于系统群的最终结论。

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参考文献：

Beghain, J., Bridier-Nahmias, A., Le Nagard, H., Denamur, E. & Clermont, O. ClermonTyping: an easy-to-use and accurate in silico method for Escherichia genus strain phylotyping. Microbial Genomics (2018). doi:10.1099/mgen.0.000192