背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳

文章题目：Effectsofmicrobialagentandmicrobialfertilizerinputonsoilmicrobialcommunitystructureanddiversityinapeanutcontinuouscroppingsystem文章链接：doi:10.1016/j.jare.2023.11.028发表时间：2023.11发表期刊：JAdvResIF：10.7研究背景：花生连作的

在数据分析和可视化中，饼图和环形图是两种常用的图表类型，它们能够直观地展示数据的组成部分及其占比情况。首先，让我们来了解一下如何绘制饼图。准备数据（data1.csv）#加载所需的包library(dplyr)#数据预处理library(ggplot2)#绘图library(ggpubr)#绘图#

文章题目：Chasingthelandscapeforintrahospitaltransmissionandevolutionofhypervirulentcarbapenem-resistantKlebsiellapneumoniae文章链接：doi:10.1016/j.scib.2023.10.038发表时间：2023.12发表期刊：SciBull(Beijing)IF：18.9研究背景/目的：碳青霉耐药

在数据分析和可视化中，箱线图是一种常用且强大的工具，用于呈现数据的分布情况、离散程度和异常值。它能够直观地展示数据的中位数、四分位数、最大值、最小值以及异常值的存在，为我们提供了全面而直观的数据描述。箱线图的绘制原理箱线图主要由五个要素组成

文章题目：GlobalgenomicprofilingofKlebsiellapneumoniae:Aspatio-temporalpopulationstructureanalysis文章链接：doi:10.1016/j.ijantimicag.2023.107055发表时间：2024.2发表期刊：IntJAntimicrobAgentsIF：10.8研究背景/目的：肺炎克雷伯菌（Klebsiellapn

大家好，今天我们来介绍一种常用于生物信息学和基因表达分析的可视化工具——火山图。火山图通过展示基因的差异倍数和统计显著性的关系，帮助我们快速了解基因表达中的重要变化。下面让我们一起学习如何使用R语言绘制火山图吧！示例数据（data1.csv）数据中包

文章题目：BiogeographyanddiversitypatternsofabundantandrarebacterialcommunitiesinricepaddysoilsacrossChina文章链接：doi:10.1016/j.scitotenv.2020.139116发表时间：2020.8发表期刊：SciTotalEnvironIF：9.8研究背景/目的：细菌多样性和生物地理模式的

在数据可视化中，散点图是一种常用且强大的工具，可以帮助我们直观地展示两个变量之间的关系。而R语言中的ggplot2包提供了灵活而强大的功能，使得绘制精美的散点图变得简单而富有表现力。下面将介绍如何使用ggplot2包来绘制令人印象深刻的散点图：步骤1：安装

在数据可视化领域，ggplot2包凭借其强大的功能和灵活性成为了广大数据科学家和分析师们的首选工具之一。然而，除了强大的绘图能力之外，ggplot2还提供了丰富多样的内置主题，使得我们可以轻松地为我们的图形添加专业、精美的外观。ggplot2包中内置主题简介ggp

R语言是科研绘图中常用的工具，决定一个图表是否美观，除了数据本身外很大程度上还取决于配色是否合适，今天我们为大家介绍R语言中强大的调色工具——RColorBrewer调色板。什么是RColorBrewer？RColorBrewer是R语言中的一个优秀的调色工具包，它提供了一系列

文章题目：LimitedandStrain-SpecificTranscriptionalandGrowthResponsestoAcquisitionofaMultidrugResistancePlasmidinGeneticallyDiverseEscherichiacoliLineages文章链接：10.1128/mSystems.00083-21发表时间：2021.4发表期刊：mSystemsIF：7.324研究背景/

正如我们在《微生物分子分型-MLST》课程中介绍的那样，PubMLST或BIGSdb-Pasteur网站可以提交新等位基因或申请新序列分型（ST）。两者的差异主要在于它们包含的数据库不同，因此它们可以提交的物种也不同。但无论如何我们首先需要登录PubMLST或BIGSdb-Pasteur

文章题目：NaturalHorizontalGeneTransferofAntimicrobialResistanceGenesinCampylobacterspp.FromTurkeysandSwine文章链接：10.3389/fmicb.2021.732969发表时间：2021.9发表期刊：FrontiersinMicrobiologyIF：6.064研究背景/目的：抗菌药物耐药的弯曲杆菌对

K.pneumoniae的K位点标准化命名法基于鲍曼不动杆菌[1]。Klocustype（KL）和Ktype（K）被用于描述K.pneumoniae的K抗原分型，简称K分型。其中Ktype来源于血清学实验，该分型结果较少，最初的血清学分型仅有77种。由于Ktype不够广泛，许多分离株在血清学上不可分

K.pneumoniae的O位点标准化命名法基于鲍曼不动杆菌[1]。与K分型类似，O抗原分型（简称O分型）可以使用Olocus/Otype来进行描述。但与根据基因含量定义的Klocus不同，Olocus（之前也称作rbflocus）由保守的wzm和wzt基因的序列同一性定义[2]。Kaptive（https://g

肺炎克雷伯菌（K.pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的，在该方案中缺失的等位基因少于30个的等位基因谱被赋予cgST编号[1]。LIN（LifeIdentificationNumber）代码是Vinatzer等人开发的一个系统，

大肠埃希菌的亚群Phylogroup指的是大肠埃希菌的亚特异性群体（亚种分型），它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。经典的大肠埃希菌phylogroup可以分为A、B1、B2、D四组[1]。在此基础上通过基因组数据和多位点序列数据对phylogroup进

Rawgraphs（https://www.rawgraphs.io/）是一个免费的多功能在线绘图平台。支持如冲积图、树状图、热图、堆积图、甘特图、桑基图、矩阵图、雷达图、气泡图等多种类型的图表制作。选择网页下的“Useitnow!”进入Rawgraphs2.0beta（https://app.rawgraphs.io/）

GrapeTree是EnteroBase中的一个完全交互式的树可视化程序，它支持对树布局和元数据的简单操作。它使用邻接法（NJ），类似于PhyloViz的经典最小生成树算法（MSTree）或我们称之为MSTreeV2的改进的最小生成树方法生成葡萄树。1、数据准备使用GrapeTree绘制最小

Prokka是有澳大利亚墨尔本大学生物信息学家“TorstenSeemann”开发的基因结构注释软件，可以对细菌、古菌和病毒基因组进行快速高效注释。Prokka的安装conda安装condainstallProkka预编译可执行文件安装（Centos/Fedora/RHEL）#下载可执行文件gitclonehttps://

Flye是用于单分子测序（三代测序，例如PacBio或OxfordNanopore）的基因组拼接工具，可用于进行小型细菌项目到哺乳动物基因组的组装。1、Flye的安装#conda安装condainstallflye#预编译安装#下载可执行文件并提取文件gitclonehttps://github.com/fenderglass/Fl

文章题目：GeneLossandAcquisitioninLineagesofPseudomonasaeruginosaEvolvinginCysticFibrosisPatientAirways文章链接：doi:10.1128/mBio.02359-20发表时间：2020.10发表期刊：mBioIF：6.4研究背景：基因的获得和丢失对于细菌的进化和新环境适应非常重要。与