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微生物研究

Nature reviews microbiology | 肺炎克雷伯菌的群体基因组学研究精品

背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳

唯那生物 2023-01-06 15:17:15 4228 1 2

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知识小卡片 | 鲍曼不动杆菌IC的现状和全球分布

课程链接【课程】微生物分子分型-MLST【课程】cgMLST分析实战营：微生物分型技术进阶课

看不见的线 2025-05-08 09:40:20 104 0 0

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知识小卡片 | 鲍曼不动杆菌的国际流行克隆IC概述

课程链接【课程】微生物分子分型-MLST【课程】cgMLST分析实战营：微生物分型技术进阶课

看不见的线 2025-05-06 09:04:59 103 0 0

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细菌质粒复制子预测与结果解析

可用分析工具：PlasmidFinder（https://cge.food.dtu.dk/services/PlasmidFinder/）：依据质粒不相容性Reptyping（Inc）预测肠杆菌及部分革兰氏阳性菌的复制子（replicon）。pMLST（https://cge.food.dtu.dk/services/pMLST/）：预测IncF的亚型IncFIA、IncFIB

看不见的线 2025-04-30 10:17:36 196 0 0

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知识小卡片 | 常用β多样性分析方法的应用场景和特点

课程链接【课程】微生物菌群研究必修课：从深入理解到灵活应用【课程】细菌与真菌扩增子测序：零基础到高级分析的全流程实战

看不见的线 2025-04-28 10:45:31 144 0 0

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知识小卡片 | 如何理解菌群α多样性

课程链接【课程】微生物菌群研究必修课：从深入理解到灵活应用【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理

看不见的线 2025-04-24 08:52:22 196 0 0

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iTOL进化树外周条带个性化调整方法

引言进化树外周条带注释的样式调整（如边线与色块）可显著提升数据可视化效果。本文通过解析文献案例（示例一至示例四），系统阐述不同注释样式的实现方法，并揭晓其设计逻辑。文中所有示例均可基于iTOL工具，通过调整模板参数或网页界面操作完成。如何添加外

看不见的线 2025-04-23 14:43:21 205 0 0

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微生物分型进化核心术语解析

核心术语•Phylogroup：系统发育群•L（Lineage）：谱系•SL（Sublineage）：亚谱系•Cluster：簇•Internationalclone（IC）：国际流行克隆•CC（clonalcomplex）：克隆复合体•CG（clonalgroup）：克隆群•CT（clonaltype）：克隆型•MLST（multilocusseque

看不见的线 2025-04-22 09:48:11 195 0 0

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知识小卡片 | 三代测序数据组装工具

课程链接【课程】微生物基因组研究生信入门必修课【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操

看不见的线 2025-04-18 10:00:43 252 0 0

细菌基因组研究

文章题目：InterplaybetweentheXerrecombinationsystemandthedisseminationofantibioresistanceinAcinetobacterbaumannii文章链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkae1255发表时间：2025.01期刊：NucleicAcidsResearch影响因子：16.6摘要抗生素耐药性感染是一

看不见的线 2025-04-16 09:05:17 326 0 0

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知识小卡片 | 三代测序常用技术

课程链接【课程】微生物基因组研究生信入门必修课【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操

看不见的线 2025-04-15 08:32:26 266 0 0

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知识小卡片 | 使用 patchwork 包进行图形组合

课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操

看不见的线 2025-04-11 08:35:09 338 0 0

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知识小卡片 | R语言拆分数据框里的列

课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操

看不见的线 2025-04-11 08:34:03 253 0 0

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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-不动杆菌篇

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-04-07 08:26:46 384 0 0

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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-铜绿假单胞菌篇

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-04-02 08:25:40 472 0 0

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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-肠球菌篇

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-03-31 10:44:08 434 0 0

细菌基因组研究

文献速览 | 铜绿假单胞菌铁获取新机制T6SS效应蛋白研究

文章题目：APseudomonasT6SSeffectorrecruitsPQS-containingoutermembranevesiclesforironacquisition文章链接：https://doi.org/10.1038/ncomms14888发表时间：2017.03期刊：Naturecommunications影响因子：14.7研究概述这篇论文研究了铜绿假单胞菌（Pseudom

看不见的线 2025-03-28 08:23:18 606 0 0

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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-金黄色葡萄球菌篇

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-03-27 08:29:09 533 0 0

微生物研究

综述 | 理解细菌生态学以对抗抗生素耐药传播

文章题目：Understandingbacterialecologytocombatantibioticresistancedissemination文章链接：doi:10.1016/j.tibtech.2024.12.011发表时间：2025.01期刊：Trendsinbiotechnology影响因子：14.3引言环境来源的抗生素耐药性传播日益受到关注。尽管抗生素耐药

看不见的线 2025-03-25 09:05:41 635 0 0

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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-肠杆菌篇

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-03-24 08:27:13 474 0 0

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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-详解

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-03-20 08:20:56 537 0 0

软件使用

细菌基因组注释软件Bakta安装、使用和结果解读

随着基因组学研究的深入，细菌基因组注释成为了重要的一步。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释软件，它能够自动化完成基因预测、功能注释以及其他相关的生物信息学分析。本文将带您了解Bakta的安装、使用及结果解读。一、

看不见的线 2025-03-18 08:30:01 919 0 0

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知识小卡片 | 假单胞菌的质粒分型

课程链接【课程】可移动元件研究实战指南——从理论机制到分析实操【课程】铜绿假单胞菌基因组研究综合分析实战

看不见的线 2025-03-17 08:19:52 562 0 0

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知识小卡片 | 质粒分型概述

课程链接【课程】可移动元件研究实战指南——从理论机制到分析实操【课程】肺炎克雷伯菌基因组学研究综合指南【课程】铜绿假单胞菌基因组研究综合分析实战

看不见的线 2025-03-14 08:39:41 590 0 0

Nature reviews microbiology | 肺炎克雷伯菌的群体基因组学研究精品

知识小卡片 | 鲍曼不动杆菌IC的现状和全球分布

知识小卡片 | 鲍曼不动杆菌的国际流行克隆IC概述

细菌质粒复制子预测与结果解析

知识小卡片 | 常用β多样性分析方法的应用场景和特点

知识小卡片 | 如何理解菌群α多样性

iTOL进化树外周条带个性化调整方法

微生物分型进化核心术语解析

知识小卡片 | 三代测序数据组装工具

文献速览 | 鲍曼不动杆菌耐药性传播

知识小卡片 | 三代测序常用技术

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知识小卡片 | R语言拆分数据框里的列

知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-不动杆菌篇

知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-铜绿假单胞菌篇

知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-肠球菌篇

文献速览 | 铜绿假单胞菌铁获取新机制T6SS效应蛋白研究

知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-金黄色葡萄球菌篇

综述 | 理解细菌生态学以对抗抗生素耐药传播

知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-肠杆菌篇

知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-详解

细菌基因组注释软件Bakta安装、使用和结果解读

知识小卡片 | 假单胞菌的质粒分型

知识小卡片 | 质粒分型概述

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