细菌基因组扫描图云平台支持从组装结果开始，共计13个模块多达30余项的分析统计内容。平台支持客户自主上传数据进行分析，用户可在云平台结果展示页面查看各个模块分析结果，并对结果进行筛选、比对等分析，也可以对相应结果进行下载。平台支持三种种类型的数

背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳

今天我们来聊聊Linux世界里一个看似简单，却无处不在、超级实用的命令——cat。什么是cat？“cat”其实是concatenate连接）的缩写。不过别担心，它的功能远不止“连接”这么简单，堪称命令行里的“文件查看&操作小能手”。cat的核心功能大盘点：​1.查看文件

在Linux系统中，重定向是命令行操作中一项强大且常用的功能，它允许用户灵活地控制命令的输入和输出流。通过重定向，命令的输出可以保存到文件中，错误信息可以单独处理，或者从文件中读取输入。本文将详细介绍Linux中的常见重定向操作符。什么是重定向？在Li

随着基因组学与组学研究的快速发展，研究人员面临着海量数据的处理和存储挑战。高通量测序技术（如二代测序、三代测序等）所产生的数据量巨大，常常达到数百GB甚至TB级别，如何高效、快速地存储和传输这些数据成为了一个关键问题。Pigz（ParallelImplementati

在日常的编程和系统管理工作中，我们常常需要处理大量的文本数据，如何高效地从中筛选出有用的信息呢？今天，我要介绍一个非常强大、又简单易用的命令行工具——Grep。什么是Grep？Grep（GlobalRegularExpressionPrint）是一个基于正则表达式的文本搜索工具，

文章题目：GlobalemergenceofCarbapenem-resistantHypervirulentKlebsiellapneumoniaedrivenbyanIncFIIK34KPC-2plasmid文章链接：doi:10.1016/j.ebiom.2025.105627发表时间：2025.3期刊：EBioMedicine影响因子：10.8研究背景1、CR-hvKp和hv-CRKp毒力对比：部

一、VFDB数据库介绍VFDB（https://www.mgc.ac.cn/VFs/）是一个专门针对细菌毒力因子（VirulenceFactors,VFs）的综合性在线数据库，旨在系统整理和注释与细菌致病性相关的基因、蛋白质及其功能机制，为治疗和预防传染病提供新思路。通过VFDB注释，我们可以快速

文章题目：Differentialrolesofdeterministicandstochasticprocessesinstructuringsoilbacterialecotypesacrossterrestrialecosystems文章链接：https://doi.org/10.1038/s41467-025-57526-x发表时间：2025-03-08期刊：NatureCommunications影响因子：14.7一

文章题目：Wastetoresource:Miningantimicrobialpeptidesinsludgefrommetagenomesusingmachinelearning文章链接：https://doi.org/10.1016/j.envint.2024.108574发表时间：2025-05-06期刊：EnvironmentInternational影响因子：10.3研究背景耐抗生素细菌的出现

2025年4月30日，Kaptive发布了最新的Kaptivev.3.1+，对肺炎克雷伯菌脂多糖（LPS）血清型（Olocus和Otype）的分类系统进行了全面升级。与之前的Kaptivev.2.0.8～Kaptivev.3.0.0b6版本相比，Kaptivev.3.1+通过引入基于生化结构的标准化命名体系细化了肺炎克雷伯

SAMtools序列可视化操作1）准备BAM文件#使用参考序列构建索引，index为索引前缀bowtie2-buildreference.faindex#使用bowtie2进行比对bowtie2-xindex-1reads_1.fq-2reads_2.fq-p32-Sexample_pair.sam#使用samtools将sam文件转换为bam文件samtoolssortexample_p

示例数据：├──plasmid_genome.fa………………………………………………质粒基因组序列├──reads_1.fq……………………………………………………测序数据read1├──reads_2.fq……………………………………………………测序数据read2操作：步骤1：使用Bo

1.Bowtie2软件的适用范围和应用场景Bowtie2是将测序后的reads与长参考组的比对工具(适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基因组,如哺乳动物,进行比对)。Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-WheelerTransform或BWT）对基因组进行索引，以此来保持其占

1.BWA软件的适用范围和应用场景bwa是一款将序列比对到参考基因组上的软件，包含了以下3种算法：BWA-backtrack:用于进行Illuminareads的比对，reads的长度最大为100bp。BWA-SW:用于比对long-read，支持的长度为70bp-1Mb；同时支持剪接性比对（splitalignments

文章题目：Transmissionofthehumanrespiratorymicrobiomeandantibioticresistancegenesinhealthypopulations文章链接：https://doi.org/10.1186/s40168-025-02107-9发表时间：2025-05-06期刊：Microbiome影响因子：13.8研究背景人类微生物组可在个体间传播，

PSI-BLAST即Position-SpecificIterated(PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效，适用于使用标准的Blastp比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（"hypotheticalprotein"

KP的高毒力表型是驱动IKPLAS进展的关键因素，其中荚膜多糖（CPS）和铁载体是已知的核心毒力因子。然而，既往研究多局限于IKPLAS的临床表现、治疗及细菌分子特征，对宿主-病原体互作在致病机制中的作用认识不足。因此，深入探索宿主微环境与细菌毒力的动态调控