常见的MLST在线分析网站

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2023-11-23 10:20:21
原创

今天给大家分享的是一些常见的MLST在线分析网站，这些网站除了都包含基础的预测功能外，有些还具有多个物种的等位基因数据库，有助于我们更好地进行分子遗传学和流行病学的研究。

综合MLST预测网站（能预测多种细菌的MLST分型）

1、PubMLST (https://pubmlst.org/)

经典的MLST网站，MLST预测的最优先选择，提供多位点序列分型（MLST）、核心基因组MLST（cgMLST）和其他方案的分型预测，包含可查找的等位基因库、菌株库和基因组数据库，已有超过130个物种的分型方案，且可进行新等位基因谱的提交。

2、Institut Pasteur/Bigsdb (https://bigsdb.pasteur.fr/)

PubMLST的姐妹网站，与PubMLST功能类似，在pubMLST中找不到相关细菌的分型方案时，可以尝试在该网站查找。

3、CGE-MLST (https://cge.food.dtu.dk/services/MLST/)

pubMLST的替代预测网站，仅包含预测功能。

限定物种的MLST预测网站

4、EnteroBase (https://enterobase.warwick.ac.uk/)

肠杆菌科MLST的专业预测网站，目前包含9个物种 (Salmonella、Escherichia/Shigella、Mycobacterium、Streptococcus、Clostridioides、Vibrio、Helicobacter、Yersinia、Moraxella)

5、Fungal MLST Database (https://mlst.mycologylab.org/)

致病真菌MLST预测网站，目前包含10个物种 (Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii species complex、Scedosporium aurantiacum、Scedosporium apiospermum、Pseudallescheria boydii、Bipolaris australiensis、Bipolaris hawaiiensis、Bipolaris spicifera、Pneumocystis jirovecii )

特殊MLST预测网站

6、CGE-pMLST (https://cge.food.dtu.dk/services/pMLST/)

质粒分型预测网站 (IncA/C、IncF、IncHI1、IncHI2、IncI1、IncN、Shigella、flexneri、pBSSB1-family)

7、CGE-cgMLSTFinder (https://cge.food.dtu.dk/services/cgMLSTFinder/)

包含12种菌的cgMLST分型方案 (Acinetobacter baumannii、Burkholderia pseudomallei、Campylobacter、Clostridium、Escherichia coli、Salmonella、Streptococcus、Streptococcus pneumoniae、Vibrio、Vibrio cholerae、Vibrio parahaemolyticus、Yersinia)

8、Chewie-NS (https://chewbbaca.online/)

包含11种菌的cgMLST分型方案 (Acinetobacter baumannii、Arcobacter butzleri、Brucella melitensis、Brucella、Campylobacter jejuni、Escherichia coli、Listeria monocytogenes、Salmonella enterica、Streptococcus agalactiae、Streptococcus pyogenes、Yersinia enterocolitica)