生信分享 | GO，KEGG注释不理想？试试这款可视化软件--MapMan

组学技术现在已经被广泛用于生命科学研究的方方面面。而面对大量的组学输入，数据又实在是太多了，这时，我们往往需要使用各种功能注释来进行可视化。

最常见的莫过于GO和KEGG pathway注释，但是对于做植物研究的小伙伴会发现，我们在分析时，往往会觉得GO注释太过宽泛，KEGG注释信息又太少或者总注释出一堆其他的物种信息来。

这时，不防试试我们这款老牌的，专门针对植物的分析软件--MapMan。MapMan大部分由人工整理的植物通路分析软件，在应用上，在以上两点完全地超越了GO和KEGG。

那么，怎么才能掌握MapMan软件使用方法、以及如何对自己的数据进行处理呢？本文将略过MapMan软件的安装，直接详解软件的使用。

01MapMan的作用物种

MapMan是GABI Primary Database完成的一个项目分析软件，很多支持的数据来源于TAIR team。最开始MapMan软件是为显示拟南芥Arabidopsis thaliana的基因芯片数据的代谢通路而开发的，顺理成章后续的很多作用物种都属于植物，如果您也有植物的代谢通路可视化需求，下面的介绍内容可要用心查看了。

那么，到目前为止，MapMan支持的物种有哪些呢？除了模式物种和常见植物之外，MapMan支持的物种还有Aquilegia coerulea，Brachypodium distachyon等，下表详细描述了支持物种的拉丁文，中文和其种属。

（点击查看大图）

上面的表格详细描述了MapMan软件作用的物种，可以通过该表格查阅感兴趣的物种或者近源物种。MapMan获取序列之后，和KEGG、COG、Swiss-Port、Gene-Ontology等数据库的序列进行blast得到了序列的生物学功能，然后将功能构建的功能树用于展示代谢通路。

02MapMan包含的通路

上面介绍了MapMan软件的通路来源，那么具体包含的通路有什么呢？通路按照生物学分类主要包括7大类，分别是Overview、primary metabolism、secondary metabolism、structure、horomones、custom（用户自己上传）和no category（未归类），层次目录示意如下：

（点击查看大图）

TCA的三个通路如下：

itochondrial_e-transport

TCA

C_TCA

03MapMan对数据处理

MapMan对数据的处理主要说的是如何将自己的数据转化成MapMan能用的数据，问题在于MapMan建立通路图时用的是芯片数据，与KEGG、COG、Swiss-Port、Gene-Ontology等数据库的比对也是芯片上探针的序列。

如果自己的数据也是芯片数据，直接输入到软件中进行处理就可以得到通路图片了；如果自己的数据不是芯片数据，是质谱或者测序的序列，处理办法是选取以上探针公司的序列fasta文件进行一次blast，将accession等转化成探针ID，然后将数据输入到软件处理也能得到定量的通路图片。

04 MapMan一般操作方式

前面介绍的[1] MapMan的作用物种，[2] MapMan包含的通路，[3] MapMan对数据处理都是对软件包含库的介绍和数据的前处理操作，这里将仔细介绍一般从数据到结果的操作。

软件界面

MapMan软件打开主要分成4个部分，分别是

a、软件操作和帮助；

b、文件操作窗口；

c、具体操作和显示界面；

d、系统状态显示（内存占用和运行时间）

导入数据矩阵

在“文件操作窗口”右键Experiments选择“Add Data”，然后选取数据矩阵，一般数据格式是第一列为Identifer，第二列以及之后是此identifer的鉴定量。

显示通路图

在“文件操作窗口”展开Pathways，寻找感兴趣的通路，比如显示代谢一览的通路，如封面展示的，可以通过Pathways->Overview->Metabolism_overview进行选择，然后双击选择对应的物种或者近源物种的‘mapping’, mapping即是MapMan项目与KEGG、COG、Swiss-Port、Gene-Ontology数据库对比得到的生物学注释分类文件。

映射数据矩阵数值

再回到导入数据矩阵的位置，双击刚刚导入的数据即可进行展示。正常情况应该能展示如下图，鼠标悬浮在映射颜色的点上可以查看该序列的详细信息。

调整图片

在顶部状态栏可以调节小色块的颜色的大小突出显示效果，通过调节色度条的卡值情况来区分代谢差距聚集的部分。

不能更改色块形状，因为色块形状有其具体的含义：方块表示转录本，圆形表示代谢物，三角形表示蛋白。

如果是blast得到的identifer应该自己按照映射要求调整色块形状

导出图片

MapMan导出图片很简单，但不代表导出图片的质量差。通过左上角File->Export as image调出导出图片的面板，可以选择jpg、png、gif以及bmp四种格式的图片，同时勾选“set resolution”可以调节图片的长度和分辨率，简单且高效。

总结

本文通过对MapMan软件作用的物种和其构建生物学通路两大方面出发，重点是解决植物的代谢通路可视化，如果不是芯片数据或者相同的物种，可以通过芯片序列文件做blast得到合适序列举证。

最后介绍了如何对数据进行可视化和图片调节导出，相信之后涉及植物的项目能想到用上MapMan这款软件让您的代谢通路更加清晰科学。

参考文献

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