物种和分类学预测网站Pathogenwatch的使用方法介绍

​Pathogenwatch（https://pathogen.watch/）是一个包含多种病原菌分型结果的综合分析预测平台。该网站的功能主要为MLST和菌种预测，某些物种可以进行cgMLST、AMR预测和血清型预测等。此外该网站统计了部分病原菌的分型结果，并在地图上以可视化的方式进行了展示，我们可以直观的看到某一分型的菌株在世界范围内的分布情况。

右上角“Genomes”为各个物种的菌株数据库；“Collections”为公开的序列合集；“Upload”可以上传自己的序列，并预测分型、耐药、毒力、复制子等结果。

一、数据库的使用：

点击网站上方“genomes”，或在首页cgMLST的快捷栏选择物种，进入数据库界面，这里以肺炎克雷伯菌为例，网站统计的菌株数是32,642株（图1，根据需要可以在左侧进一步筛选ST、KL、OL、Country、Date分类下的数据结果。比如选择国内ST11、K64的菌株，此时有729个菌株，分布情况如图所示。

图1肺炎克雷伯菌数据库统计结果

图2、3、4国内ST11、KL64的肺炎克雷伯菌（list、map、stats）

二、数据库预测方法：

1、点击网站上方“Upload”处，选择登录方式。这里以email登录为例，输入emil地址，点击发送。

2、在邮箱中找到该文件，点击“Login”确定跳转至第三方网站

3、此时再次进入上传界面，有三种可选择的上传方式：上传单个fasta文件（包含congtig、scaffold），上传多个fasta文件以及上传fastq文件。

4、我们以Kp F77为例，选择“Single Genome FASTAs”并直接将fasta文件拖动至当前界面

5、该网站将自动进行各项结果预测，预测完成后点击“View Genomes”查看预测结果。

6、预测结果如图所示，该结果保存在个人的“My Genomes”中，并长期有效。

7、点击第六步Selection下的F77，可以在线阅览预测报告，点击左上角的打印按钮可以将该报告另存为PDF。

8、也可以选择第六步图下方的Download data选项，并将结果分类保存。

评价：

优点：操作简单方便，一键出结果，且预测结果可保留较长时间。

其它：记录于2023.4，此时肺克数据库更新至2022.3，数据库并非实时更新。

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