PHASTEST介绍-PHAST和PHASTER的升级版

PHAST和PHASTER自发布以来，已经被越来越多研究者应用于前噬菌体的预测和分析，今年Wishart, D.S等人在原先的技术上做了改进并开发了一款新的PHASTEST软件作为PHAST、PHASTER的升级版，当然原先的平台仍然保留。这里先说一下结论， PHASTEST的升级主要包括两个方面，一方面按照作者所说的其相对于PHASTER提高了31%运行速度和2～3%的准确率（使用Prodigal代替GLIMMER进行ORF的初步鉴定和蛋白质翻译）；另一方面在于其交互式的前噬菌体基因组圈图和基因簇可视化加强了用户体验。现在我们来具体看一下PHASTEST网站（https://phastest.ca/）做了哪些改变吧。

1、提交界面：①提交序列的方式不变，可参照PHASTER网站的使用方式，我们的《可移动元件研究实战指南——从理论机制到分析实操》课程中也有对于PHASTER的相关使用介绍。②增加可选项（annotation mode：基于Swissprot数据库或PHAST-BSD）。以下结果以Klebsiella pneumoniae 39427 chromosome（NZ_CP054268.1）为例。

2、预测结果：Region Summary对应于PHASTER的Summary，此部分不变。Phage Genes对应于原本的Details，对于不同前噬菌体功能的蛋白做了更细致的划分，其它不变；Bacterial Genes对整个细菌基因组重新进行了注释，这一部分感觉意义不大，一般注释结果我们以自己的Genbank文件为准。

3、预测结果：Genome Viewer 2.0，原本数据化的位置信息被转换为环形图及基因簇的形式，可以帮助我们快速确定前噬菌体真实的基因组分布情况。1.0的升级版，增加了交互式功能（可下载位图.png或矢量图格式.svg）。

总的来说，PHASTEST的升级对于分析前噬菌体具有一定的意义。特别是运行效率的提升，以及目前使用者较少的关系，PHASTEST可以非常快地给出运行的结果。同时在使用方法上，PHASTEST与之前的PHAST和PHASTER并没有太大的区别，大家可以放心使用。

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