MLST的原理和适用范围

看不见的线
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2023-11-23 10:26:15
原创

多位点序列分型（Multilocus Sequence Typing, MLST）是由多位点酶电泳（multilocus enzyme electrophoresis, MLEE）衍生出来的一种分型方法。一般每种细菌会确定6～10个管家基因作为分型参考的位点，并根据同一管家基因的等位基因序列差异按照发现的时间顺序赋予一个数值作为等位基因编号，这6～10个管家基因编号的组合结果，便构成了该菌株的等位基因谱，而每种新发现的等位基因谱又会赋予新的序列型（ST）。比如，确定铜绿假单胞菌ST的管家基因包括acsA、aroE、guaA、mutL、nuoD、ppsA、trpE这7个，它的ST1等位基因谱为（1, 1, 1, 1, 1, 1, 1）。

MLST是基于测序的分子生物学分析方法，具有比较高的分辨度，其预测序列型的方式简单快捷，因此目前已广泛应用在多种细菌的流行病学分析中。MLST可以通过对菌株管家基因的PCR扩增获得，也可以基于基因组测序数据的预测分析获得，所以对于本来就需要进行比较基因组分析的老师来说，MLST可以认为是一个额外捎带的项目，更具性价比；而常用的核酸分析方法，如PFGE等，虽然可以解释分型结果，但实验操作复杂、周期长。此外，由于界定细菌ST的管家基因有着统一的标准，ST结果有着数据库的支撑，该方法对于交流和探讨ST分型在国际范围内的流行情况和局部地区的流行特征等具有重要意义。但MLST也存在一些不足之处，这主要来源于某些菌还没有成熟的MLST分型标准，特别是对于一些研究较少的细菌而言，因此数据库中也缺少这些菌的分型结果，此时MLST可能不利于这类细菌分型结果的比较分析。当然在pubMLST网站缺少相应菌株的分型方案时，我们也可以在Institut Pasteur和EnteroBase等网站寻找是否存在合适的分型方案。