次级代谢产物生物合成基因簇的比较分析

Antismash是一个可以快速获得菌株次级代谢产物生物合成基因簇（smBGC）的网站，该网站还能展示与预测基因簇相似的其它基因簇，甚至下载这些基因簇的图示化结果。然而这种展示仅是对相似基因簇的简单罗列，假如我们需要进一步对它们进行比较，就可以在Easyfig中重新绘制smBGC的比较图。此时与常规的基因簇作图类似，只需要将比较的序列更改为BGC注释文件即可。如下图描述的是同一类生物合成基因簇（jadomycin BGC）的基因排布及基因长度的变化。结果显示FR845719包含35个基因，其中23个基因与CP029197相同，6个基因缩短，4个基因延长，且FR845719多出了jadA的2个基因。

DOI: 10.3390/biom10060864

另一个例子比较的是不同基因簇之间的关系。Streptomyces venezuelae的三种标准株的Anthelvencin BGC由Ectoine与NRPS BGC组合而成。且其NRPS部分与比较菌株的Netropsin BGC和Distamycin BGC具有较高的相似性。

DOI: 10.1016/j.isci.2021.103410

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