Kleborate预测结果特殊符号解释

Kleborate是一款用于分析肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）基因组数据的生物信息学工具，主要用于检测其毒力因子、耐药基因、ST型和血清型。该工具由澳大利亚学者开发，旨在快速评估肺炎克雷伯菌的临床和流行病学特征，尤其关注高毒力（hvKP）和高耐药（如碳青霉烯酶产生）菌株。

下载地址：https://github.com/klebgenomics/Kleborate

请注意，无论是基因还是分型结果，当存在以下特殊符号时，即代表Kleborate未检测到（-）或不存在100%匹配（除.v1 .v2以外），因此软件给出的是最接近的可能结果。

1、关于基因

-：未发现匹配的耐药基因、毒力基因或MLST等各分型等位基因（Coverage＜40%或Identity＜80%）；

^：表示检测到的基因与数据库基因氨基酸序列100%一致，但核苷酸序列存在SNP差异；

*：表示检测到的基因与数据库基因氨基酸序列和核苷酸序列均未100%匹配，因此报告的结果是与核酸序列最相似的基因；

?：表示检测到的基因与数据库基因的Coverage＜100%，即存在Indel。

.v1 .v2：数据库中某些基因存在多个同源序列，它们的名称一样，因此用.v1、.v2来加以区分。

-x%：“-”后面的百分数表示从起始密码子开始hit的氨基酸长度百分比，反映截短蛋白。

请注意，在固有耐药基因突变结果中，“-”的含义不同，并非是指没有基因，而是没有突变，除此以外“-”均解释为没有基因。

2、关于分型（MLST、YbST、CbST、AbST、SmST、RmST）

LV：表示有多少个等位基因数目未完全匹配；

incomplete：代表基因簇不完整，存在等位基因缺失；

truncated：代表基因编码截短蛋白。

3、关于分型（K分型、O分型）

Kleborate的血清型数据依赖于Kaptive对结果的解释，注意K_locus_problems提示。

?：匹配结果有多个部分，可能locus基因簇在组装结果中非连续，有多少项匹配数据看？后面的数字；

-：与最接近的假定血清型相比，缺少locus基因；

+：与最接近的假定血清型相比，存在额外的locus基因；

*：将locus基因翻译为蛋白质后，存在一个或多个蛋白质相似性低于最低阈值；

!：存在一个或多个locus基因被截断。

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