课程简介：
本课程是综合性大课《遗传密码子偏好性研究》的子课程，全套课程链接：
https://college.mimazi.net/course/article-7.html
遗传密码子偏好性分析是研究物种进化特征、物种之间进化关系的重要手段，在该研究领域中广受认可的经典统计和分析软件CodonW，几乎可以认为是必用工具。本套课程不仅详细讲授了CodonW软件的安装、使用和结果的生物信息意义，还在此基础上层层展开，深入讲述了密码子偏好性研究的主要思路和方法。课程中结合多个具体案例，剖析了CodonW软件使用过程中的关键参数、传授了分析经验并提供了进一步深入研究的思路。
本套课程适用于做质体基因组进化研究（如叶绿体、线粒体）和微生物进化研究（如细菌、病毒）过程中的密码子偏好性分析。学员们通过本套课程的学习，不仅可以丰富自己的理论知识，还能够学会软件实操方法，能够理解和独自深入挖掘数据背后的生物学意义。
课程主要内容：
（1）密码子偏好性概述：介绍密码子偏好性的基本概念、研究意义及其影响因素；
（2）常用的密码子偏好性评价指数：详细讲解6大经典指数，帮助学员了解如何评估密码子使用的偏好程度；
（3）CodonW安装与配置：提供详细的安装包与步骤指导，确保学员能够顺利安装和使用；
（4）CodonW交互式操作：通过实例数据，教会学员使用CodonW的图形界面进行操作与分析；
（5）CodonW命令行操作：提供案例数据和脚本，教会学院通过命令行界面执行分析任务，提高操作效率与灵活性；
（6）分析结果解读：深入解析CodonW输出的分析结果，帮助学员理解各类指数及其生物学含义。
课程大纲和内容：
课时1：密码子及密码子偏好性
（1）三联体密码子的发现
（2）密码子偏好性
（3）密码子偏好性的影响因素
（4）密码子偏好性的研究意义
课时2：密码子偏好性的衡量指数
（1）6种密码子偏好性衡量指数含义解读：RSCU、CAI、ENC、EOP、CBI、GCs
（2）6种密码子偏好性指数的计算方法
（3）6种密码子偏好性指数在使用和分析中的注意事项
（4）6种密码子偏好性指数在文章中的表现形式和应用方向
课时3：实战：CodonW软件在Windows系统中的安装使用
（1）CodonW软件在Windows系统中的安装方法（课程附件下载软件）
（2）CodonW软件的交互式实战操作和优劣势解读
（3）软件参数选择说明
课时4：实战：CodonW软件在Linux系统中的安装使用
（1）CodonW软件在Linux系统中的安装方法（课程附件下载软件）
（2）CodonW软件的命令行实战操作和优劣势解读
（3）软件参数选择说明
课时5：CodonW软件分析结果详细解读
（1）结果文件*.blk内容解读
（2）相对同义密码子使用偏好性分析（RSCU）意义解读
（3）相对同义密码子使用偏好性分析（RSCU）的绘图展示样式
（4）结果文件*.out内容解读
（5）密码子使用指数CAI、CBI、Fop、Nc（ENC）、GC3s、L_sym、L_aa、Hydro、Aromo、Gravy等意义解读
（6）CodonW软件使用的常见误区
课时6：密码子优化分析
（1）密码子优化分析的生物学逻辑
（2）密码子优化相关的知识：同义密码子、密码子简并性、最佳密码子、密码子使用偏差、沉默突变
（3）密码子使用对翻译的影响方式和对转录的影响原理
（4）密码子优化的基本原则、评价指标
（5）密码子优化的步骤、方法、平台
