导语：
上海唯那生物专门针对于高通量测序数据统计和各类绘图开发的实用型R语言课程，既有理论讲解，又有脚本和案例用于实操训练，学习起来容易上手且能够知其然知其所以然，举一反三解决实际问题。
本套课程是R语言大型综合实操课《R语言入门与高通量测序数据实战处理》的子课程，全套课程链接：https://college.mimazi.net/course/article-55.html
本套课程是由上海唯那生物技术团队结合多年的项目分析实战经验，经过大量的用户需求调研，专注于高通量测序数据处理和绘图实战而综合开发的大型R语言课程，本套课程具有五大显著特点：
（1）实用性强：课程精选的每个专题都是科研客户的热门需求；
（2）实战性强：每个专题，都有完整、专门的脚步和案例数据，在Windows系统、Mac系统、Linux系统，均可学习和操作；
（3）可移植性强：把案例数据替换成自己的实际项目数据，使用课程附带的脚本就可以运行获得结果；
（4）体系更系统：课程包含软件、软件包的各种安装方法，脚本的写作规则，数据统计方法和各类典型绘图方法，循序渐进，基本包括了处理高通量测序数据的主要分析模块，逻辑严谨且体系完善，更容易综合掌握R语言；
（5）上手更容易：课程既适合于零基础的入门学习者，也适合于具有一定基础的初级使用者，课程中结合着一个个的具体案例，拆解了R语言使用的各个重要知识点，并对结果做了解读分析，同时分享了很多经验，学习起来更友好，可以举一反三用于实践。
课程适用于：
（1）开展菌群16S rDNA、ITS、宏基因组测序研究和分析的科研工作者；
（2）开展转录组学分析的科研工作者；
（3）开展基因组学统计和绘图分析的科研工作者；
（4）需要使用R语言快速进行实战研究的零基础学习者；
（5）具有一定R语言基础，需要系统学习和技能提升的入门使用者。
课程内容大纲：
第一章：R语言的安装与快速上手
课时1.1：R、Rstudio与R包的安装与简单使用
（1）R、Rstudio与R包的关系
（2）R、Rstudio与R包的安装方法
（3）如何获得帮助信息
（4）国内镜像的设置
（5）R包的更新与卸载
课时1.2：R语言编程入门实战
（1）变量的定义和赋值
（2）基本数据类型与常用操作（向量，矩阵，数据框，列表）
（3）数据的读取和导出
课时1.3：R语言编程中的循环与判断方法实操
（1）R语言编程中常用循环方式和实操
（2）R语言编程中各类判断方法和实操
第二章：ggplot2包及扩展包使用和各类绘图实战
课时2.1：ggplot2的安装与功能
（1）ggplot2的安装和功能
（2）ggplot2的语法规则
（3）ggplot2的使用方法
课时2.2：柱状图之常规柱状图和分组柱状图绘制
（1）工作目录设置和文件读取
（2）列名修改和替换
（3）数据升序/降序处理
（4）geom_bar()函数绘制柱状图使用规则
（5）柱状图添加文本标签和轴标签方法
（6）实战绘图：一键化绘制多样本柱状图和分组柱状图
课时2.3：箱线图绘制实战
（1）箱线图的结构特点和源数据文件整理方法
（2）箱线图的绘制和参数设置
（3）实战：使用脚本一键化绘制箱线图
课时2.4：小提琴图绘制实战
（1）小提琴图的结构特点和源数据文件整理方法
（2）小提琴图的绘制和参数设置
（3）实战：使用脚本一键化绘制小提琴图
课时2.5：常规型散点图绘制
（1）散点图的结构特点和源数据格式要求
（2）散点图参数设置：拟合曲线添加和相关性分析
（3）实战：使用脚本一键化绘制散点图
课时2.6：折线图绘制实战
（1）折线图的结构特点和源数据格式要求
（2）实战：折线图绘制和各类参数设置
（3）实战：折线图中添加面积图和堆积面积图绘制
（4）实战：折线图绘图中添加误差棒；
（5）折线图绘图脚本使用与修改建议
课时2.7：常规饼图和环形饼图绘制实战
（1）饼图的结构特点和源数据准备方法
（2）常规饼图和环形饼图的绘制方法和参数设置
（3）实战：使用脚本绘制饼图
