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【课程】细菌与真菌功能基因结构特征分析实战

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课程简介

本套课程主要针对于细菌、真菌、质粒及部分病毒的功能基因在单基因水平的各类分析做的系列研究。课程包含了各类调控基因、酶基因、跨膜蛋白基因等关键基因的结构分析、理化性质特征分析、启动子区域分析和正反向序列格式转换实操等内容。学习本套课程有助于挖掘特定功能基因发挥生物学作用的内在原因,并为进一步做功能突变、蛋白活性改造等提供靶位点依据。

课程核心内容

(1)基因的基础特征分析及启动子预测教学;

(2)基因序列转换方法介绍和实操讲解;

(3)蛋白质理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜结构域实操讲解;

(4)蛋白质二级结构、三级结构、结构域在线预测及结果解读;

(5)三维结构演示软件PyMOL的安装和使用教程。

课程包含

(1)10个课时;

(2)理论介绍+实操预测+文献示例+思路分享;

(3)所需的全部软件安装包+示例数据+示例结果。

蛋白质功能结构域分析
蛋白质二级结构预测
蛋白质信号肽预测
蛋白质三级结构预测

课程目录
课时1:真核和原核微生物基因启动子分析方法

(1)启动子区的特征和生物学功能

(2)如何查找基因的启动子区序列

(3)实操:细菌单基因启动子区的预测和结果解读

(4)实操:真菌单基因启动子区的预测和结果解读

课时2:真核和原核微生物基因信号肽区域分析方法

(1)信号肽区域的特征和生物学功能

(2)使用SignalP软件分析微生物基因信号肽区域

(3)分析结果解读

课时3:蛋白质跨膜结构域分析实战

(1)蛋白质跨膜结构域的生物学意义

(2)实操:使用TMHMM 2.0软件分析蛋白质的跨膜结构

(3)TMHMM 2.0分析结果解读

(4)实操:使用DeepTMHMM软件分析蛋白质的跨膜结构

(5)DeepTMHMM分析结果解读

课时4:蛋白质结构域、功能域分析方法

(1)超二级结构、结构域和模体的概念

(2)结构域与蛋白质生物学功能的关系

(3)使用SMART数据库分析蛋白质结构域

(4)使用NCBI-CDD数据库分析蛋白质结构域

(5)使用InterPro数据库分析蛋白质结构域课时

课时5:蛋白质二级结构分析方法

(1)蛋白质一级、二级、三级和四级结构域的区别与生物学功能

(2)文章中二级结构分析的应用案例

(3)实操:使用Jpred 4预测蛋白质二级结构

(4)实操:使用PSIPRED预测蛋白质二级结构

(5)实操:使用SOPMA预测蛋白质二级结构

课时6:蛋白质三级结构分析

(1)蛋白质三级结构简述

(2)蛋白质三级结构分析的应用案例

(3)实操:使用SWISS-MODEL软件分析蛋白质三级结构

(4)实操:使用Phyre2软件分析蛋白质三级结构

(5)实操:三维结构展示软件PyMol的安装和使用

课时7:蛋白质电荷比、氨基酸组成、分子量和消光系数分析

(1)蛋白质各理化数据的生物学意义

(2)蛋白质电荷比、氨基酸组成、分子量和消光系数分析实操

(3)分析结果解读

课时8:蛋白质亲疏水性分析

(1)蛋白质亲疏水性的生物学意义

(2)蛋白质亲疏水性分析实操

(3)分析结果解读

课时9:基因核苷酸序列GC含量、碱基组成和起始密码子终止密码子分析

(1)批量分析基因的GC含量、碱基组成和起始密码子终止密码子

(2)使用软件逐个基因分析GC含量、碱基组成

(3)GC含量、碱基组成的应用

课时10:基因取反向序列、反向互补序列和蛋白质翻译方法

(1)使用软件快速获取单基因序列反向和反向互补序列

(2)使用软件快速翻译单基因为蛋白质序列

(3)使用场景介绍

《【课程】细菌与真菌功能基因结构特征分析实战》课程

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