课程简介
本课题通过深入讲解肺炎克雷伯菌综合分析软件Kleborate的安装、使用实操、结果解读，并结合多个典型案例文章和数据，系统地剖析该工具如何帮助研究者全面了解肺炎克雷伯菌的基因组特征、抗性基因分布、毒力因子、血清型、ST型等关键因素。学习者可以跟着课程，通过基础数据解读、临床表型关联分析和数据挖掘，掌握如何将Kleborate生成的分析结果转化为科学研究、临床治疗及病原菌传播监测的实际应用中。课程特别适合研究人员、临床人员及公共卫生方向的工作者，帮助其在实际工作中提升数据解读能力、优化研究方案和挖掘数据背后的生物学逻辑。
课程特色
1、软件安装与使用详解：全面讲解了安装与使用方法，各类问题的解决方案，适合零基础的研究人员快速入手；
2、理论与实践结合：理论讲解与实际操作相结合，配合数据可视化分析，帮助学习者从“表面”到“深度”全面掌握研究技巧；
3、情境式数据解读：精选案例，结合临床背景，让数据“活起来”；
4、超级实用：超详细的实操讲解，超贴心经验分享，学完就会用。
课程包含
1、总计12课时；
2、包含软件安装、使用和结果解读；
3、包含肺炎克雷伯菌及其相关物种复合体（KpSC）的流行特征及基因组差异；
4、包含毒力因子、抗性基因、分子分型、血清型分析结果和临床表型的关系分析；
5、包含基因与各类元件的分布规律、遗传特性分析与说明；
6、包含各类分析结果的可视化分析方法。
课程目录
课时1：肺炎克雷伯菌相关物种复合体（KpSC）背景说明及软件功能说明
（1）KpSC的物种组成及其基因组之间的差异；
（2）Klebsiella pneumoniae的流行特征；
（3）Kleborate的功能详解及使用范围；
课时2：研究背景及鉴定标准说明：物种鉴定-序列分型-毒力位点
（1）相关基因/位点的研究现状；
（2）基因位点的遗传特征；
（3）软件的分析原理及结果标识；
课时3：获得性毒力及抗性基因分析：基因的分布特征及鉴定方法
（1）毒力基因鉴定方法及标准；
（2）毒力位点的流行及进化特征；
（3）抗性基因的鉴定方法及标准；
（4）关键基因突变导致的抗性变化；
课时4：抗性基因突变与耐药性关联分析
（1）氟喹诺酮类抗性基因及其突变检测；
（2）粘菌素类抗性基因及其突变检测；
（3）膜孔蛋白及其突变检测；
（4）血清型鉴定；
课时5：Kleborate软件安装及使用
（1）软件安装方法及实操；
（2）软件使用方法及实操；
（3）数据库的更新；
课时6：结果解读-物种鉴定及序列分型
（1）基因组鉴定范围及质量评估；
（2）抗性基因分型结果及得分说明；
（3）毒力基因分型结果及得分说明；
课时7：结果解读-获得性毒力耐药基因及基因突变分析
（1）获得性毒力基因簇检测结果说明；
（2）获得性耐药基因检测结果说明；
（3）β内酰胺酶基因检测结果说明；
（4）特殊基因突变及其与表型的关系；
（5）血清型检测结果；
课时8：综合情景分析-影响抗性的综合因素及高风险菌株的判定
（1）突变叠加影响菌株的抗性表型；
（2）高风险菌株（高度且耐药）的判定原则；
课时9：数据挖掘及可视化：平台说明及数据要求
（1）平台功能说明；
（2）数据类型及格式要求；
（3）多样本结果数据总览及解读；
课时10：数据挖掘及可视化：物种及其分离信息与基因的关联分析
（1）从耐药性及毒力角度分析物种组成；
（2）基于ST型的物种分布信息；
（3）ST型与基因分布的关联分析
（4）基因分布与物种分离信息的关联分析；
课时11：数据挖掘及可视化：基于血清型评估菌群分布及高风险菌株分析
（1）基于血清型的物种组成分析；
（2）基于血清型的物种累计曲线；
（3）基于血清型分析群体结构；
（4）高风险菌株在群体中的分布情况；
课时12：数据挖掘及可视化：MIC与相关基因关联分析
（1）MIC与β内酰胺酶关联分析；
（2）影响菌株耐药性的综合因素分析；
（3）菌株耐药及毒力基因分布；
（4）高风险菌株判断分析。
