【唯那生物】-密码子·生信云平台流程和小工具清单

• 唯那生物
• 5768
• 2023-01-06 15:17:15
• 原创

01_前言

密码子生信云是唯那生物的数据分析服务中心。云流程一键化完成细菌基因组组装和全套分析，以及16S rDNA、真菌ITS测序分析。多种多样的小工具，助力您轻松解决各种分析需求。

【特别提示：点击下方流程和小工具名称可跳转至使用页面】

02_云流程

1、细菌基因组扫描图分析全套流程

2、菌群微生物多样性QIIME2云分析流程

3、菌群微生物多样性QIIME2云分析流程

3、微生物基因组组装流程-NGS测序数据

03_小工具-数据与格式转换

1、gbk文件转换为gff3文件

2、细菌基因组NCBI上传Feature table（tbl文件）生成

3、【转录组-宏基因组】Count数据转换为FPKM数值

4、【转录组-宏基因组】Count数据转换为TPM数值

5、统计FASTA格式文件每一条序列长度和GC含量

6、将 RNA 序列转换为 DNA 序列

7、将 DNA 序列转换为 RNA 序列

8、【表格】csv格式文件转换为tsv格式

9、BAM文件转为fastq文件

10、SVG矢量图转换为png图片

11、将含有gap的Scaffold转换成无gap的Contig

04_小工具-序列处理

1、微生物二代测序全自动化组装（SKESA软件）

2、从gbk格式中提取基因组FastA序列

3、FASTA文件批量合并

4、细菌完成图序列文件分割（多序列文件分割）

5、调整gbk文件的起始位置

6、批量去除CDS序列末端终止密码子

7、统计FastQ,FastA文件信息

8、将FASTQ文件转换为FASTA格式

9、将FASTQ/FASTA文件转换为表格格式

10、将DNA/RNA转换为氨基酸序列

11、FASTA/FASTQ文件序列抽样

12、FASTA序列排序

13、FASTA序列断行长度调整

14、FASTA序列文件拆分

15、从gbk文件中提取蛋白质序列

16、从gbk文件中提取核苷酸序列以及注释信息

17、批量查询酶切位点位置

18、去除FASTA/FASTQ中的重复项

19、序列长度过滤

20、序列ID提取

21、序列ID简化

05_小工具-统计与绘图

1、计算序列GC含量

2、批次效应处理（Batch_effects）

3、多序列比对结果可视化（pyMSAviz）

4、FAPROTAX预测微生物群落功能

5、MaAsLin2多变量关联

6、SourceTracker微生物来源分析

7、计算序列多态性（pi）

8、统计CDS序列中密码子各个位点的GC含量

9、统计蛋白序列中氨基酸的组成及含量

10、多序列比对结果可视化(snipit)

11、计算密码子第三位碱基含量（GC3）

12、计算密码子第二位碱基含量（GC2）

13、计算密码子第一位碱基含量（GC1）

14、转录组差异表达分析（DESeq2）

15、桑基图绘制（通用）

16、ANOSIM分析（多组比较-两两比较）

17、组间差异柱状图

18、物种积累曲线

19、微生物物种分布统计饼图

20、微生物随机森林分析

21、桑基图（物种分类关系图）

22、RDA/CCA分析

23、dbRDA分析

24、多变量相关性散点矩阵

25、层级聚类树（无进化树）

26、层级聚类树（有进化树）

27、微生物α多样性分析

28、STAMP差异分析

29、PLS-DA分析

30、PCoA分析（无进化树）

31、PCoA分析（有进化树）

32、NMDS分析（无进化树）

33、NMDS分析（有进化树）

34、普鲁克分析（Procrustes Analysis）

35、LEfSe分析

36、ANOSIM分析（有进化树）

37、ANOSIM分析（无进化树）

38、折线图

39、小提琴图

40、箱线图统计分析

41、相关性热图（组内）

42、样本组间相关性热图

43、韦恩图绘制（2-4个集合）

44、韦恩图（Venn图）绘制（微生物多样性）

45、微生物种群丰度热图

46、个性化火山图

47、环形饼图

48、花瓣图绘制

49、常规簇状柱状图

50、通用型堆积柱状图

51、高级热图绘制（行列分类注释）

52、通用型热图绘制

53、通用型饼图绘制

54、upset图绘制

55、PCA图

56、微生物堆积柱状图绘制

57、差异检验簇状柱状图

58、基础柱状图

59、分组柱状图

06_小工具-表格处理

1、【表格转置】长表格转换为宽表格

2、【表格转置】宽表格转换为长表格

3、【表格】 tsv格式文件转换为csv格式

4、元素表格转换为0/1表格（布尔矩阵）

5、缺失值补全及数据清洗标准化工具

6、去除空行和重复行

7、扩增子OTU、ASV数据抽平

8、多表格合并

07_小工具-基因组与功能注释

1、耐药突变位点分析（PointFinder）

2、质粒片段识别（PLASMe）

3、MLST分析（批量注释）

4、微生物基因组COG分类注释（批量处理）

5、RGI 预测核酸/蛋白质序列注释（批量处理）

6、大肠埃希菌亚群分类和鉴定（ClermonTyping-批量处理）

7、金黄色葡萄球菌SCCmec元件识别（批量处理）

8、沙门氏菌血清分型（批量分型）

9、金黄色葡萄球菌SCCmec元件识别

10、Bakta细菌基因组注释

11、质粒多位点序列分型（pMLST）

12、沙门氏菌血清分型（SeqSero2）

13、T3SS效应蛋白预测（EffectiveT3）

14、大肠埃希菌亚群分类和鉴定（ClermonTyping）

15、大肠杆菌血清分型、志贺毒素分型和病理分型（ECTyper）

16、大肠杆菌分离株血清型预测（SerotypeFinder）

17、细菌SNP距离矩阵和系统发育树构建（MINTyper ）

18、原始测序数据快速物种比对和污染检测

19、基因组物种组成鉴定（RefSeq）

20、铜绿假单胞菌血清分型（PAst v3）

21、基因组PHI病原与宿主互作数据库注释

22、MetaMLST从宏基因组数据中进行多位点序列分型（双端测序/单样本）

23、MetaMLST从宏基因组数据中进行多位点序列分型（单端测序/单样本）

24、MetaMLST从宏基因组数据中进行多位点序列分型（多样本批量检测）

25、鉴定跨物种抗菌素耐药基因和突变（AMRProfiler）

26、mobileOG细菌移动遗传元件预测

27、Contig物种注释

28、Plascad质粒分类、ARGs 注释和质粒可视化

29、Cherry 病毒（包含噬菌体）宿主预测

30、Phatyp 噬菌体生活方式的预测

31、Phagcn 噬菌体分类注释

32、Phamer软件包鉴定噬菌体

33、phabox2噬菌体识别和注释

34、VirSorter2识别病毒序列

35、PICRUSt2功能预测分析

36、宏基因组抗菌肽预测（基于contigs/peptides）

37、KmerFinder物种鉴定

38、MLST分析（单个基因组注释）

39、宏基因组基因预测（Prodigal）

40、从核苷酸序列中识别病毒和质粒序列（geNomad）

41、微生物蛋白信号肽预测（SignalP）

42、微生物基因组跨膜蛋白预测分析

43、转运蛋白分析（TCDB）

44、微生物基因组毒力基因VFDB数据库注释

45、微生物基因组SwissProt注释

46、微生物基因组ResFinder数据库注释耐药基因

47、微生物基因组NR注释

48、质粒复制子类型分析（plasmidfinder）

49、基因组rRNA预测

50、Prokka原核基因组注释

51、原核生物编码基因预测（Prodigal）

52、微生物基因组abricate注释

53、RGI 预测核酸/蛋白质序列注释（耐药基因）

54、微生物基因组GO功能注释

55、微生物基因组COG分类注释

56、微生物基因组CAZy数据库注释

57、微生物基因组CARD数据库注释

08_小工具-比较分析

1、单基因序列进化树构建（mafft+fasttree）

2、基于多序列比对文件生成SNP距离矩阵(snp-dists)

3、基于FastA比对文件提取SNP位点(SNP_site)

4、BLASTN核酸序列比对-Pro版

5、多样性代表序列进化树构建

6、基于平均核苷酸同一性的微生物基因组分类工具 (pyani)

7、两样品之间的ANI分析及可视化

8、微生物核心基因组比对和 SNP（单核苷酸多态性）检测（Parsnp软件）

9、BLAST比对分析（自建数据库）

10、NT数据库比对

09_小工具-关系分析图

1、三元图

2、GO功能注释弦图

3、Circos物种关系图

10_小工具-基因组可视化

1、全基因组基因簇可视化

11_小工具-基因组评估

1、基因组位点测序深度评估

2、长度分布直方图（基因组三代测序）

3、序列的四核苷酸频率计算

4、CheckM基因组质量评估（基于分类学流程推断的标记集合）

5、CheckM基因组质量评估（依据系统发育关系推断的标记集合）

6、CheckV软件-病毒基因组质量评估

7、基因组位点测序深度可视化

12_小工具-数据下载

1、细菌基因组下载（基于GCA/GCF）

2、快速下载NCBI SRA数据

3、基于登录号批量下载基因组文件

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