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背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKp）是一种严重的公共卫生威胁。据报道唯那生物 2023-01-06 15:17:15 4852 点赞 收藏
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RPS-BLAST类似于HMMER，可用于在CDD数据库里搜索某蛋白是否含有一domain或者是否属于某一family寻找蛋白序列具有的保守Domain。蛋白序列的Domain对于蛋白质来说是最重要的一部分，一般来说会有发挥功能的区域，结合其它物质的区域，二聚化区域等等。RPS-Blast安装和使用：#数据下载，这个文件是包含了NCBI网页版的各个库的看不见的线 2025-07-16 08:30:28 8 点赞 收藏
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文章题目：Globalbiogeographyandecologicalimplicationsofcobamide-producingprokaryotes文章链接：https://doi.org/10.1093/ismejo/wrae009发表时间：2024-01期刊：TheISMEJournal影响因子：10.8研究背景钴胺素（如维生素B12）是一类仅由特定原核生物合成的必需辅酶，在微生物互作和全球生态系统中起关键作用。然而，其空看不见的线 2025-07-14 08:56:29 76 点赞 收藏
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Kleborate是一款用于分析肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）基因组数据的生物信息学工具，主要用于检测其毒力因子、耐药基因、ST型和血清型。该工具由澳大利亚学者开发，旨在快速评估肺炎克雷伯菌的临床和流行病学特征，尤其关注高毒力（hvKP）和高耐药（如碳青霉烯酶产生）菌株。请注意，无论是基因还是分型结果，当存看不见的线 2025-07-10 08:23:22 168 点赞 收藏
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Kleborate是一款用于分析肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）基因组数据的生物信息学工具，主要用于检测其毒力因子、耐药基因、ST型和血清型。该工具由澳大利亚学者开发，旨在快速评估肺炎克雷伯菌的临床和流行病学特征，尤其关注高毒力（hvKP）和高耐药（如碳青霉烯酶产生）菌株。预测结果1、物种鉴定strain：菌株文件名看不见的线 2025-07-08 10:28:18 157 点赞 收藏
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Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit统计FastQ/FastA文件信息。stat/stats子命令：FASTA/Q文件的简单统计#Usage:看不见的线 2025-07-04 08:32:44 276 点赞 收藏
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Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit将fastq格式文件转换成fasta文件。fq2fa子命令：将FASTQ转换为FASTA格式此处看不见的线 2025-07-02 10:40:40 266 点赞 收藏
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Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit统计基因、基因组序列长度、GC含量和GC-skew。fx2tab子命令：将FASTA/Q转换看不见的线 2025-06-30 08:34:33 269 点赞 收藏
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Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit实现RNA/DNA序列相互转换。#查看RNA序列文件（hairpin.fa）headhairpin.fa#看不见的线 2025-06-27 09:57:40 274 点赞 收藏
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Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit实现将FastA、FastQ文件拆分成多个文件。1、基于指定序列数拆分文件（拆分后看不见的线 2025-06-25 13:41:07 329 点赞 收藏
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Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。Seqkit2安装方法Linux操作系统：#创建conda环境condacreate-nseqkit-y#进入新创建的conda环境看不见的线 2025-06-23 08:48:51 369 点赞 收藏
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新型ST6417碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）分离株CR2021由哈尔滨医科大学团队首次报道。分子分型结果显示，ST6417菌株源于中国最流行的ST23型高毒力肺炎克雷伯菌（hvKP），其tonB基因相对ST23存在单一位点变异（C239A突变）。因此，ST6417CR-hvKP的出现，可能是ST6417hvKP获得CR质粒的结果。基因组特征全基因组看不见的线 2025-06-20 10:09:58 606 点赞 收藏
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文章题目：MetagenomicinsightsintomicrobialcommunitystructureandmetabolisminalpinepermafrostontheTibetanPlateau文章链接：https://doi.org/10.1038/s41467-024-50276-2发表时间：2024-07-14期刊：NatureCommunication影响因子：16.6研究背景多年冻土是持续冻结的土壤环境，孕育了独特的微生物群落，对全球碳氮循环及看不见的线 2025-06-19 08:20:28 569 点赞 收藏
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1、NCBI蛋白数据库变更自2025年8月起，ClusteredNR将取代传统的标准NR数据库，成为蛋白质BLAST搜索的默认数据库。这一变更旨在提升搜索效率和结果质量。当然，传统的NR数据库仍可通过手动选择继续使用。2、ClusteredNR的优势更快的搜索速度：通过聚类减少数据量，加速分析流程。减少冗余结果：每个聚类仅保留代表性序列（基看不见的线 2025-06-16 08:46:55 668 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何设置比对结果输出为outfmt6时指定输出特定数据。#指定输出指定内容#-outfmt"6qseqidsseqidpidentevaluebitscoreqseqsseq"#指定输出格式为6，结果中从前到后分别为指定内容：qse看不见的线 2025-06-13 08:55:26 415 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在表格中完成，添加表头、过滤identity值、保留唯一匹配等，以outfmt6默认输出结果为例。1.添加表头#创建一个包含指定字段的表头文件header.txtecho-e"Query_ID\tRefer_ID\tIde看不见的线 2025-06-11 08:51:13 464 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。比对结果通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，值分别是0-18，以下是具体的介绍。outfmt0软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序看不见的线 2025-06-09 15:24:59 467 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在本地使用BLAST工具进行核酸或蛋白序列比对。一、常用BLAST子模块简介子模块名称查询序列类型数据库序列类型比对级别类型blastn核酸核酸核酸blastp蛋白蛋白蛋白blastx核酸蛋白看不见的线 2025-06-06 08:57:25 771 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在Linux系统中安装和使用BLAST的完整步骤。①下载BLAST安装包wgethttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz②解压看不见的线 2025-06-04 15:48:38 574 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在Windows系统中安装和使用BLAST的完整步骤。①下载BLAST安装包访问NCBI的BLAST页面（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/）；选择合适的版本，点看不见的线 2025-05-30 09:28:12 576 点赞 收藏
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文章题目：Spreadofantibioticresistancegenesindrinkingwaterreservoirs:Insightsfromadeepmetagenomicstudyusingacurateddatabase文章链接：DOI:10.1016/j.watres.2024.121572发表时间：2024-06-01期刊：WaterResearch影响因子：12.8研究背景抗生素耐药基因是微生物在长期使用抗生素后形成的一种防御机制，它们能够赋予微看不见的线 2025-05-28 16:53:38 695 点赞 收藏
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Xftp是由NetSarang开发的一款轻量级的SFTP/FTP文件传输工具。它可以帮助用户在本地计算机和远程服务器之间通过安全的加密协议（如SFTP、FTP等）进行文件上传、下载和管理。可访问官网（https://www.xshell.com/zh/free-for-home-school/）下载xftp安装包，此处可同时下载xshell用以通过命令行远程管理Linux服务器。Xftp的主看不见的线 2025-05-26 17:41:46 594 点赞 收藏
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SCP（SecureCopyProtocol）是一个基于SSH（SecureShell）的协议，用于在本地计算机和服务器之间安全地传输文件。SCP命令在数据传输过程中会加密数据，确保数据的安全性和完整性。在Linux系统中，SCP是一个常用的命令行工具，用于上传文件到服务器或从服务器下载文件。SCP命令的基本用法要使用SCP命令上传/下载文件到服务器看不见的线 2025-05-26 17:40:11 496 点赞 收藏
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什么是气泡图？气泡图（BubbleChart）是一种通过气泡的大小、颜色和位置来展示数据关系的图表形式。它通常用于显示三维或多维数据，除了传统的X轴和Y轴坐标外，气泡的大小和颜色可以代表数据的其他变量或特征。气泡图能够帮助分析者在有限的空间内同时展示多个变量之间的关系，并通过气泡的变化来呈现出复杂的数据结构。气看不见的线 2025-05-26 17:02:46 716 点赞 收藏
