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细菌基因组扫描图云平台支持从组装结果开始，共计13个模块多达30余项的分析统计内容。平台支持客户自主上传数据进行分析，用户可在云平台结果展示页面查看各个模块分析结果，并对结果进行筛选、比对等分析，也可以对相应结果进行下载。平台支持三种种类型的数据上传：方式一：上传二代测序原始数据文件基于原始数据，从组装唯那生物 2025-07-20 22:42:03 1257 点赞 收藏
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01_前言密码子学院是唯那生物的课程加油站，专为微生物组学研究服务，从理论案例到实操演练，系统性地教您如何进行微生物科学研究。02_微生物基因组入门及数据上传1、【课程】微生物基因组研究生信入门必修课2、【课程】微生物比较基因组精品系列课3、【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操4、个人电脑上如何通过看不见的线 2025-08-16 08:46:55 1701 点赞 收藏
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01_前言密码子生信云是唯那生物的数据分析服务中心。云流程一键化完成细菌基因组组装和全套分析，以及16SrDNA、真菌ITS测序分析。多种多样的小工具，助力您轻松解决各种分析需求。【特别提示：点击下方流程和小工具名称可跳转至使用页面】02_云流程1、细菌基因组扫描图分析全套流程2、菌群微生物多样性QIIME2云分析流程3、唯那生物 2023-01-06 15:17:15 5633 点赞 收藏
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KP的高毒力表型是驱动IKPLAS进展的关键因素，其中荚膜多糖（CPS）和铁载体是已知的核心毒力因子。然而，既往研究多局限于IKPLAS的临床表现、治疗及细菌分子特征，对宿主-病原体互作在致病机制中的作用认识不足。因此，深入探索宿主微环境与细菌毒力的动态调控关系，将为揭示IKPLAS的完整发病机制提供新视角。看不见的线 2025-07-17 13:42:35 913 点赞 收藏
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优惠码是密码子·生信云平台的一种折扣优惠方式，与“优惠券”类似，可以实现下单折扣或者直减固定金额。优惠码的具体获取方式、使用方式，详情如下。（一）获取方式目前优惠码无法在线申领，无法自动获取。其获取渠道，只有一种，即参与上海唯那生物的各类活动，由唯那生物工作人员通过定向赠送发放方式获取。具体活动包括看不见的线 2025-07-28 09:15:38 654 点赞 收藏
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文章题目：MetagenomicinsightsintomicrobialcommunitystructureandmetabolisminalpinepermafrostontheTibetanPlateau文章链接：https://doi.org/10.1038/s41467-024-50276-2发表时间：2024-07-14期刊：NatureCommunication影响因子：16.6研究背景多年冻土是持续冻结的土壤环境，孕育了独特的微生物群落，对全球碳氮循环及看不见的线 2025-06-19 08:20:28 1260 点赞 收藏
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示例数据：├──plasmid_genome.fa………………………………………………质粒基因组序列├──reads_1.fq……………………………………………………测序数据read1├──reads_2.fq……………………………………………………测序数据read2操作：步骤1：使用Bowtie2进行比对#建立索引bowtie2-buildplasmid_genome.faplasmid_唯那生物 2025-11-14 23:33:43 8 点赞 收藏
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背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKp）是一种严重的公共卫生威胁。据报道唯那生物 2025-11-14 22:07:07 16 点赞 收藏
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1、NCBI蛋白数据库变更自2025年8月起，ClusteredNR将取代传统的标准NR数据库，成为蛋白质BLAST搜索的默认数据库。这一变更旨在提升搜索效率和结果质量。当然，传统的NR数据库仍可通过手动选择继续使用。2、ClusteredNR的优势更快的搜索速度：通过聚类减少数据量，加速分析流程。减少冗余结果：每个聚类仅保留代表性序列（基唯那生物 2025-11-14 20:54:55 14 点赞 收藏
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文章题目：Insightsintothebiogenicamine-generatingmicrobesduringtwodifferenttypesofsoysaucefermentationasrevealedbymetagenome-assembledgenomes文章链接：https://doi.org/10.26599/FSHW.2024.9250064发表时间：2025-03-18期刊：FoodScienceandHumanWellness影响因子：7.46看不见的线 2025-11-06 10:01:12 108 点赞 收藏
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在微生物组学与病原生物学研究飞速发展的今天，获取高质量的细菌基因组数据是每一项重要发现的起点。无论是溯源分析、比较基因组学、疫苗设计还是耐药性研究，第一步总是：“数据从哪里来？又如何高效下载？”而全球学者公认的数据宝库，就是NCBI。面对NCBI庞大而复杂的网站，许多初学者可能会感到困惑。别担心，本文将作为看不见的线 2025-11-04 13:38:41 210 点赞 收藏
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第一部分：肺炎克雷伯菌的分子分型1.1多位点序列分型（MLST）MLST是一种重要的分子分型技术，常用于研究病原微生物的种群动态、传播规律，监测全球性的高危克隆。截至目前，Pasteur-BigSdb数据库共收录了8081种克雷伯菌的ST分型，揭示了克雷伯菌丰富的遗传多样性。已有的MLST分型研究显示，ST258、ST512和ST11等高流行克隆看不见的线 2025-09-24 15:48:25 387 点赞 收藏
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在之前的文章中，我们介绍了原核基因组自动注释工具Prokka的使用方法。本节我们将继续介绍另一款注释工具——Bakta。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释工具，能够自动完成基因预测、功能注释以及其他相关生物信息学分析任务（如抗生素抗性基因注释），广泛应用于微生物基因组学、比较基看不见的线 2025-09-18 11:38:41 583 点赞 收藏
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第一部分：大肠埃希菌的流行病学分型1.1系统发育分型（Phylogroup）大肠埃希菌（Escherichiacoli）通常使用phylogroup（称为亚特异性群体/亚种分型）来反映其种内的集群特征，它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。如图1所示，目前，E.coli可以分为9个主要phylogroups：A、B1、B2、C、D、E、F、G、看不见的线 2025-09-15 11:52:07 391 点赞 收藏
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一、CARD-RGI简介RGI（ResistanceGeneIdentifier）是由CARD（ComprehensiveAntibioticResistanceDatabase）团队开发的核心生物信息学工具，主要用于在微生物基因组或宏基因组数据中准确识别抗生素耐药基因（AntibioticResistanceGenes,ARGs）。该工具通过将用户提交的核酸或蛋白质序列与CARD数据库中经过严格审阅的抗性基因看不见的线 2025-09-11 11:20:53 580 点赞 收藏
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第一部分：病毒分类与命名的通用规则1、病毒分类的负责机构病毒的分类和命名一般由国际病毒分类委员会（ICTV）负责，但ICTV不负责种以下的分类如血清型、基因型等，这些需要由国际专家小组确定。2、病毒分类层级与最新统计ICTV于2019年5月发布的病毒分类表将分类体系从“目”进一步扩展至“圈”，形成了目前共15个层级的分看不见的线 2025-09-10 09:49:11 797 点赞 收藏
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一、关于大肠埃希菌的血清型鉴定大肠埃希氏菌的抗原结构主要包括四类：菌体抗原（O抗原）、表面抗原（K抗原）、鞭毛抗原（H抗原）和菌毛抗原（F抗原）。在该菌的血清分型中，通常以O抗原和H抗原作为主要分型依据，例如常见的O157:H7型。对于部分致病菌株，还需额外鉴定K抗原，例如O18:K1:H7。目前，O抗原和H抗原的鉴定通常看不见的线 2025-09-05 11:00:18 522 点赞 收藏
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一、大肠埃希菌亚群介绍埃希氏菌属（Escherichia）包括艾伯特埃希菌（E.albertii）、弗格森埃希菌（E.fergusonii）、五个埃希菌隐蔽进化枝以及严格意义上的大肠埃希菌（E.colisensustricto）。其中大肠埃希菌可进一步划分为七个主要系统群（phylogroup），分别命名为A、B1、B2、C、D、E和F。由于这些物种/系统群具有特定的看不见的线 2025-09-05 10:57:10 298 点赞 收藏
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你是否遇到过基因原始序列ID太长，包含太多不需要的信息，那么我们该如何对原始序列ID进行操作来加速我们的数据分析呢？如果你有这方面的困扰，可以尝试使用密码子·生信云平台提供在线的序列ID简化小工具（https://cloud.mimazi.net/tool/article-24.html），用户上传fasta格式的序列文件，即可将序列文件中序列ID后面的描看不见的线 2025-09-01 09:26:02 488 点赞 收藏
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Prokka是一个适用于原核生物的基因组自动注释工具，由墨尔本大学生物信息学家TorstenSeemann开发。Prokka协调了一套现有的软件工具，可以对原核基因组和宏基因组进行快速高效的功能注释。一、如何使用Prokka？Prokka的使用要求：1、准备基因组序列文件（FASTA格式）；2、安装Prokka及其依赖工具（如BLAST+、HMMER）。Prokka看不见的线 2025-09-01 09:24:54 477 点赞 收藏
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一、关于BLAST比对BLAST全称为BasicLocalAlignmentSearchTool，即基于局部序列比对算法的搜索工具，是由美国国家生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI）开发和管理的一套生物大分子一级结构序列比对程序。程序可将输入的核酸碱基或蛋白质氨基酸序列与数据库中的已知来源序列进行比对，输出序看不见的线 2025-08-28 10:16:38 716 点赞 收藏
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Minimap2的安装方法一：conda安装#创建并进入conda环境condacreate-nMinimap2-ysourceactivateMinimap2#安装minimap2condainstall-cbiocondaminimap2方法二：编译安装#获取并解压安装包wgethttps://github.com/lh3/minimap2/archive/refs/tags/v2.28.tar.gztar-zxvfv2.28.tar.gz#切换到软件安装目录cdminimap2-2.28#运行安看不见的线 2025-08-20 17:36:23 773 点赞 收藏
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文章题目：GenomicepidemiologyandphylodynamicsofAcinetobacterbaumanniibloodstreamisolatesinChina文章链接：https://doi.org/10.1038/s41467-025-58772-9发表时间：2025.4发表期刊：NaturecommunicationsIF：15.7研究背景鲍曼不动杆菌是一种机会性病原体，主要引起医院获得性感染，如呼吸机相关性肺炎和血流感染（BSIs看不见的线 2025-08-19 08:22:03 1147 点赞 收藏
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一、什么是多序列比对？多序列比对（MultipleSequenceAlignment,MSA）是一种将多个生物学序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）进行比对排列，以识别它们之间相似性和差异性的生物信息学方法。在比对过程中，多个序列中相同或相似的部分会尽可能被对齐到同一列，而插入或缺失的区域则以“-”进行表示。二、多序列比对与BLAST比对看不见的线 2025-08-14 09:53:26 1153 点赞 收藏
