首页 / 文章汇 / 技能干货 / 软件使用
  • 1、访问NCBI-BLAST在线比对网址访问NCBI-BLAST网址(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),并根据查询序列的类型(蛋白或核酸)来选择使用的比对方法程序名查询序列数据库搜索方法blastn核酸核酸库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸
    看不见的线 2024-07-22 09:29:52 1125 0 0
  • BLAST比对结果通过outfmt参数指定输出格式,官方提供的输出格式是19种,值分别是0-18,以下是具体的介绍。第1种:outfmt0软件默认的输出格式,与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息,示例如下:第2种:outfmt1这种格式只保留了序列
    看不见的线 2024-07-22 09:23:55 837 0 0
  • Rawgraphs(https://www.rawgraphs.io/)是一个免费的多功能在线绘图平台。支持如冲积图、树状图、热图、堆积图、甘特图、桑基图、矩阵图、雷达图、气泡图等多种类型的图表制作。选择网页下的“Useitnow!”进入Rawgraphs2.0beta(https://app.rawgraphs.io/)
    看不见的线 2024-01-31 09:39:40 1229 0 0
  • GrapeTree是EnteroBase中的一个完全交互式的树可视化程序,它支持对树布局和元数据的简单操作。它使用邻接法(NJ),类似于PhyloViz的经典最小生成树算法(MSTree)或我们称之为MSTreeV2的改进的最小生成树方法生成葡萄树。1、数据准备使用GrapeTree绘制最小
    看不见的线 2024-01-24 10:29:27 1242 0 0
  • Prokka是有澳大利亚墨尔本大学生物信息学家“TorstenSeemann”开发的基因结构注释软件,可以对细菌、古菌和病毒基因组进行快速高效注释。Prokka的安装conda安装condainstallProkka预编译可执行文件安装(Centos/Fedora/RHEL)#下载可执行文件gitclonehttps://
    看不见的线 2024-01-24 10:26:11 1131 0 0
  • Flye是用于单分子测序(三代测序,例如PacBio或OxfordNanopore)的基因组拼接工具,可用于进行小型细菌项目到哺乳动物基因组的组装。1、Flye的安装#conda安装condainstallflye#预编译安装#下载可执行文件并提取文件gitclonehttps://github.com/fenderglass/Fl
    看不见的线 2024-01-24 10:24:53 796 0 0
  • Prodigal(PROkaryoticDYnamicprogrammingGene-findingALgorithm)是一款用于原核生物基因预测的软件,由美国橡树岭国家实验室和田纳西大学的DougHyatt团队于2010年正式发表,2012年增发MetaProdigal专用于宏基因组数据,是目前应用最广泛的基因预测软件之一
    看不见的线 2024-01-24 10:13:11 1087 0 0
  • Canu是一款使用广泛的三代组装软件,可用于组装PacBio或OxfordNanopore序列,也支持pacbiohifi的组装。Canu对PacBio和OxfordNanopore原始数据的组装分为三个步骤:纠错,修整和组装。每一步经历以下几个步骤:1.加载read到read数据库(seqStore);2.进行k-me
    看不见的线 2024-01-11 08:47:53 1381 0 0
  • SPAdes(St.Petersburggenomeassembler)是一个用于基因组组装的开源软件,主要应用于小型基因组如细菌,真菌等基因组测序数据的拼接。此软件应用广泛,具有多个附加管道可用于对不同类型的数据进行拼接。metaSPAdes宏基因组数据集的管道plasmidSPAdes用于从W
    看不见的线 2024-01-10 09:17:59 1703 0 0
  • gffread,GTF和GFF软件格式互换
    牛祥娜 2024-01-08 10:37:50 1390 0 0
  • ABRicate是一款用于快速分析微生物基因组数据的软件,可以基于细菌基因组组装结果进行分析,软件自带多个数据库,可以帮助我们更轻松的检测抗生素耐药基因和毒力因子等。软件自带数据库:NCBI基于NCBI的耐药数据库CARD基于CARD的耐药数据库VFDB基于vfdb毒力基
    看不见的线 2023-12-20 08:50:44 1703 0 1
  • Barrnap(BAsicRapidRibosomalRNAPredictor)是一种用于rRNA预测的软件。它以DNAfasta序列作为输入,输出gff3结果文件和提取的fasta文件。Barrnap使用nhmmer/hmmer3.1进行DNA/RNA比对。支持多线程加速计算。Barrnap支持以下类型的rRNA的预测:bacteria(5S,23S
    看不见的线 2023-12-14 08:57:56 1081 0 0
  • PlasFlow是一种基于基因组特征进行分析的新型工具,基于TensorFlow框架的深度人工神经网络(deepartificialneuralnetwork)开发,用以区分质粒和染色体序列。PlasFlow可以从组装的宏基因组中恢复质粒序列,而无需事先了解样品的分类或功能组成,准确度高达96%
    看不见的线 2023-12-14 08:48:43 934 0 0
  • 您是否对基因组学研究充满了好奇和渴望?想要深入了解生物的遗传信息,揭示其中隐藏的奥秘?那么,SRAToolkit将成为您最强大的助手。作为一款功能强大且易于使用的工具集,SRAToolkit将为您提供快速、高效地获取和分析原始测序数据的解决方案。Sratools是NCBI
    看不见的线 2023-12-01 09:02:14 1237 0 0
  • 在大规模的DNA和蛋白质序列比对中,寻找一种快速而准确的工具是科研人员不可或缺的需求。今天向大家推荐一款高通量序列比对软件DIAMOND。Diamond是一种用于蛋白质(blastp,blastx)序列比对的工具,专为大序列数据的高性能分析而设计。其主要特点是:比BLAST
    看不见的线 2023-11-30 10:08:09 2099 0 0
  • R语言是一种自由软件编程语言与操作环境,主要用于统计分析、绘图以及数据挖掘。R本来由来自新西兰奥克兰大学的统计学家罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼开发,现在由R开发核心团队负责开发。R的功能能够透过由用户撰写的包增强。增加的功能有特殊的统计技术、绘
    唯那生物 2023-08-09 17:29:15 1070 0 0
  • 密码子实验室小工具“IF查与投”上线啦!想要查询期刊最新的影响因子,JCR分区和中科院分区,以及了解期刊的审稿周期和版面费等,请快来试试“IF查与投”小工具,助您在科研的道路上更进一步。1、首先请点击公众号下方“微生物”,选择“SCI查与投”选项,进
    唯那生物 2023-07-28 15:48:38 2554 0 0
  • 英文标题:Extensivemetagenomicanalysisoftheporcinegutresistometoidentifyindicatorsreflectingantimicrobialresistance文章链接:https://doi.org/10.1186/s40168-022-01241-y发表时间:2022.3发表期刊:MicrobiomeIF:16.837研究背景/目的:抗生素耐药性
    唯那生物 2023-07-28 15:16:57 782 0 0
  • 最近在使用Easyfig给客户绘制比较基因簇图时,出现了一种之前没有遇到过的问题。不添加基因标签,能够生成图像,而添加了基因标签以后无法生成正常的svg矢量图,但不影响bmp位图结果的生成。此时打开svg文件,显示为下图的错误:如果我们用AI打开,则结果为:
    唯那生物 2023-07-28 14:10:54 1821 0 0
———— 热文速览 ————
  • 暂无内容
热门课程
  • 暂无内容

官方微信公众号

客服热线:15618809518

【勤学如春起之苗,不见其增日有所长。假以时日,你定会为你的努力学习而倍感骄傲,加油!】