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    PubMLST与BIGSdb-Pasteur不共用一个账号

    正如我们在《微生物分子分型-MLST》课程中介绍的那样，PubMLST或BIGSdb-Pasteur网站可以提交新等位基因或申请新序列分型（ST）。两者的差异主要在于它们包含的数据库不同，因此它们可以提交的物种也不同。但无论如何我们首先需要登录PubMLST或BIGSdb-Pasteur
    看不见的线 2024-02-04 10:13:34 557 0 0
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    肺炎克雷伯菌的K抗原分型介绍

    K.pneumoniae的K位点标准化命名法基于鲍曼不动杆菌[1]。Klocustype（KL）和Ktype（K）被用于描述K.pneumoniae的K抗原分型，简称K分型。其中Ktype来源于血清学实验，该分型结果较少，最初的血清学分型仅有77种。由于Ktype不够广泛，许多分离株在血清学上不可分
    看不见的线 2024-01-31 09:55:04 320 0 0
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    肺炎克雷伯菌的O抗原血清型介绍

    K.pneumoniae的O位点标准化命名法基于鲍曼不动杆菌[1]。与K分型类似，O抗原分型（简称O分型）可以使用Olocus/Otype来进行描述。但与根据基因含量定义的Klocus不同，Olocus（之前也称作rbflocus）由保守的wzm和wzt基因的序列同一性定义[2]。Kaptive（https://g
    看不见的线 2024-01-31 09:52:30 260 0 0
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    肺炎克雷伯菌的scgMLST分型方案

    肺炎克雷伯菌（K.pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的，在该方案中缺失的等位基因少于30个的等位基因谱被赋予cgST编号[1]。LIN（LifeIdentificationNumber）代码是Vinatzer等人开发的一个系统，
    看不见的线 2024-01-31 09:44:43 210 0 0
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    大肠埃希菌亚群Phylogroup分类和鉴定方法

    大肠埃希菌的亚群Phylogroup指的是大肠埃希菌的亚特异性群体（亚种分型），它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。经典的大肠埃希菌phylogroup可以分为A、B1、B2、D四组[1]。在此基础上通过基因组数据和多位点序列数据对phylogroup进
    看不见的线 2024-01-31 09:41:16 209 0 0
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    Rawgraphs网站-冲积图与桑基图绘制

    Rawgraphs（https://www.rawgraphs.io/）是一个免费的多功能在线绘图平台。支持如冲积图、树状图、热图、堆积图、甘特图、桑基图、矩阵图、雷达图、气泡图等多种类型的图表制作。选择网页下的“Useitnow!”进入Rawgraphs2.0beta（https://app.rawgraphs.io/）
    看不见的线 2024-01-31 09:39:40 355 0 0
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    GrapeTree的安装及使用教程-最小生成树绘制

    GrapeTree是EnteroBase中的一个完全交互式的树可视化程序，它支持对树布局和元数据的简单操作。它使用邻接法（NJ），类似于PhyloViz的经典最小生成树算法（MSTree）或我们称之为MSTreeV2的改进的最小生成树方法生成葡萄树。1、数据准备使用GrapeTree绘制最小
    看不见的线 2024-01-24 10:29:27 378 0 0
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    Prokka安装和使用教程 ——快速原核基因组注释

    Prokka是有澳大利亚墨尔本大学生物信息学家“TorstenSeemann”开发的基因结构注释软件，可以对细菌、古菌和病毒基因组进行快速高效注释。Prokka的安装conda安装condainstallProkka预编译可执行文件安装（Centos/Fedora/RHEL）#下载可执行文件gitclonehttps://
    看不见的线 2024-01-24 10:26:11 345 0 0
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    Flye安装和使用教程 ——基因组三代组装软件

    Flye是用于单分子测序（三代测序，例如PacBio或OxfordNanopore）的基因组拼接工具，可用于进行小型细菌项目到哺乳动物基因组的组装。1、Flye的安装#conda安装condainstallflye#预编译安装#下载可执行文件并提取文件gitclonehttps://github.com/fenderglass/Fl
    看不见的线 2024-01-24 10:24:53 267 0 0
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    Prodigal安装及使用教程 ——原核生物基因预测工具

    Prodigal（PROkaryoticDYnamicprogrammingGene-findingALgorithm）是一款用于原核生物基因预测的软件，由美国橡树岭国家实验室和田纳西大学的DougHyatt团队于2010年正式发表，2012年增发MetaProdigal专用于宏基因组数据，是目前应用最广泛的基因预测软件之一
    看不见的线 2024-01-24 10:13:11 283 0 0
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    铜绿假单胞菌的典型ST分型

    多位点序列分型（MLST）是以7个管家基因的等位基因谱来代表菌株分型关系的一种方法，与其它常见病原菌类似，MLST也是铜绿假单胞菌分型与进化研究中最常用的分子分型方法之一。之前的报道显示铜绿假单胞菌ST235型、ST111型属于全球十大高风险克隆，与碳青霉烯
    看不见的线 2024-01-24 10:11:15 255 0 0
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    Canu安装及使用教程 ——基因组三代数据组装软件

    Canu是一款使用广泛的三代组装软件，可用于组装PacBio或OxfordNanopore序列，也支持pacbiohifi的组装。Canu对PacBio和OxfordNanopore原始数据的组装分为三个步骤：纠错，修整和组装。每一步经历以下几个步骤：1.加载read到read数据库（seqStore）；2.进行k-me
    看不见的线 2024-01-11 08:47:53 412 0 0
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    铜绿假单胞菌的基因组可塑性区域RGP

    铜绿假单胞的基因组大小大约在5～7.5Mb左右，不同菌株之间差距较为明显，这一方面可能与该细菌质粒的获得/丢失有关，但另一方面其基因组的高度可变性可能是更加重要的影响因素，也就是我们这里所指的基因组可塑性区域（regionsofgenomicplasticity，RGP），它
    看不见的线 2024-01-10 09:20:43 271 0 0
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    SPAdes安装及使用教程 ——基因组数据组装神器

    SPAdes（St.Petersburggenomeassembler）是一个用于基因组组装的开源软件，主要应用于小型基因组如细菌，真菌等基因组测序数据的拼接。此软件应用广泛，具有多个附加管道可用于对不同类型的数据进行拼接。metaSPAdes宏基因组数据集的管道plasmidSPAdes用于从W
    看不见的线 2024-01-10 09:17:59 333 0 0
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    铜绿假单胞菌的高适应性和急慢性感染

    铜绿假单胞菌是属于假单胞菌科假单胞菌属的革兰氏阴性杆菌，它们广泛分布于自然环境中，也可以定植在人体的皮肤、肠道、呼吸道表面，通常能够感染患有呼吸性疾病（如囊性纤维化）或带有开放性伤口的患者（如烧伤）以及免疫力低下的人群，是临床分离中最常见的
    看不见的线 2024-01-10 09:16:20 233 0 0
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    克拉维酸、舒巴坦、他唑巴坦有什么区别？

    β-内酰胺类抗生素是临床应用广泛的一类抗菌药，但某些致病菌可以产生β-内酰胺酶，使抗生素的β-内酰胺环水解而失去药物活性，因此会导致耐药的发生。其解决方法就是在β-内酰胺类抗生素的基础上加入β-内酰胺酶抑制剂，目前有3种β-内酰胺酶抑制剂，包括克
    牛祥娜 2024-01-09 22:16:21 225 0 0
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    gffread软件使用教程

    gffread，GTF和GFF软件格式互换
    牛祥娜 2024-01-08 10:37:50 345 0 0
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    细菌耐药基因及毒力基因分析实战-ABRicate安装及使用指南

    ABRicate是一款用于快速分析微生物基因组数据的软件，可以基于细菌基因组组装结果进行分析，软件自带多个数据库，可以帮助我们更轻松的检测抗生素耐药基因和毒力因子等。软件自带数据库：NCBI基于NCBI的耐药数据库CARD基于CARD的耐药数据库VFDB基于vfdb毒力基
    看不见的线 2023-12-20 08:50:44 563 0 1
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    为何密码子偏好性指数ENC（Nc）计算结果为空？

    在之前的软文中（密码子偏好性研究—常见指数）我们介绍了评价密码子偏好性的指数，在我们全套的密码子偏好性的课程中（【课程】遗传密码子偏好性研究）我们系统介绍了各类指数的含义、计算绘图和文章应用。最近有客户反馈了一个问题，使用codonW分析得到的.o
    看不见的线 2023-12-19 09:24:42 345 0 0
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    基因组rRNA预测实战：Barrnap的安装和使用

    Barrnap（BAsicRapidRibosomalRNAPredictor）是一种用于rRNA预测的软件。它以DNAfasta序列作为输入，输出gff3结果文件和提取的fasta文件。Barrnap使用nhmmer/hmmer3.1进行DNA/RNA比对。支持多线程加速计算。Barrnap支持以下类型的rRNA的预测：bacteria(5S,23S
    看不见的线 2023-12-14 08:57:56 440 0 0
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    最小生成树构建软件Grapetree与Phyloviz的差异

    Grapetree包含四种算法：MSTreeV2、MSTree、NJ、RapidRJ。根据开发者测试的结果，NJ/RapidNJ拥有最高的特异性（specificity）和灵敏度（sensitivity）；goeBURST、dMST的特异性受等位基因距离和丢失数据的比例影响较大，其灵敏度略高于MSTreeV2；MSTreeV2始终
    看不见的线 2023-12-14 08:54:36 344 0 0
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    PlasFlow安装及使用教程——高效区分质粒和染色体

    PlasFlow是一种基于基因组特征进行分析的新型工具，基于TensorFlow框架的深度人工神经网络（deepartificialneuralnetwork）开发，用以区分质粒和染色体序列。PlasFlow可以从组装的宏基因组中恢复质粒序列，而无需事先了解样品的分类或功能组成，准确度高达96%
    看不见的线 2023-12-14 08:48:43 297 0 0
  • 软件使用

    SRA Toolkit安装及使用教程——高通量测序数据下载处理的软件包

    您是否对基因组学研究充满了好奇和渴望？想要深入了解生物的遗传信息，揭示其中隐藏的奥秘？那么，SRAToolkit将成为您最强大的助手。作为一款功能强大且易于使用的工具集，SRAToolkit将为您提供快速、高效地获取和分析原始测序数据的解决方案。Sratools是NCBI
    看不见的线 2023-12-01 09:02:14 433 0 0
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    Diamond安装及使用教程——快速、高效的序列比对利器

    在大规模的DNA和蛋白质序列比对中，寻找一种快速而准确的工具是科研人员不可或缺的需求。今天向大家推荐一款高通量序列比对软件DIAMOND。Diamond是一种用于蛋白质（blastp，blastx）序列比对的工具，专为大序列数据的高性能分析而设计。其主要特点是：比BLAST
    看不见的线 2023-11-30 10:08:09 776 0 0
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