本套课程是《铜绿假单胞菌基因组研究综合分析实战》大型综合课程的子课程，全套课程链接：https://college.mimazi.net/course/article-54.html
本套课程聚焦于铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）的临床表现和遗传特征，分别梳理了P. aeruginosa的基因组特征和质粒特征，并特别介绍了其急性与慢性感染期间由于适应性所带来的表型与基因型变化。在此基础上，课程重点介绍了P. aeruginosa的全球流行病学特点及其分子分型的研究方法，通过操作实战结合研究实例帮助大家将细菌流行性分析落到实处。
【课程内容简介】
（1）铜绿假单胞菌的基本特征、临床病症及急性与慢性感染的表型和基因型变化专题讲解；
（2）铜绿假单胞菌的基因组特征、质粒特征和群体遗传谱系特征专题讲解；
（3）常用分型方法介绍及铜绿假单胞菌的MLST分型、cgMLST分型和血清型研究介绍；
（4）铜绿假单胞菌MLST分型、O抗原血清型操作实战（包括在线操作和本地操作，支持Windows系统和Linux系统）；
（5）MLST分型结果可视化实战—MLST进化树、最小生成树及层级聚类分析详解。
【课程包含】
（1）15个课时（5节基础理论+10节实战操作）；
（2）所需的全部软件安装包+示例数据+示例结果；
（3）理论介绍+操作实战+文章解析，学-练-用一体化教学内容。
【课程目录】
课时1：铜绿假单胞基础介绍
（1）铜绿假单胞菌的特征和临床表现
（2）铜绿假单胞菌的实验室培养状态
（3）急性与慢性感染期表型及相关基因的转变
课时2：铜绿假单胞菌的基因组特征和研究进展
（1）铜绿假单胞菌的基因组特征
（2）铜绿假单胞菌的质粒特征
（3）铜绿假单胞菌的遗传谱系
（4）铜绿假单胞菌重要模式菌株PAO1
（5）铜绿假单胞菌的研究进展
课时3：铜绿假单胞菌的分型与进化
（1）常用的分型方法介绍
（2）铜绿假单胞菌的MLST分型
（3）铜绿假单胞菌的血清型
（4）铜绿假单胞菌分型研究案例
课时4：铜绿假单胞菌cgMLST研究进展
（1）cgMLST的特点及其与MLST的联系与区别
（2）cgMLST分型常用软件工具
（3）铜绿假单胞菌现有的cgMLST分型方案
（4）铜绿假单胞菌cgMLST分析案例
课时5：实战：在线MLST分型及数据上传
（1）PubMLST网站介绍
（2）铜绿假单胞菌ST型预测结果示例
（3）新ST型的数据库上传
（4）新等位基因的数据库上传
课时6：实战：MLST进化树的原理及绘制方法
（1）MLST进化树构建的原理和特点
（2）系统发育树构建常用软件MEGA介绍
（3）利用MEGA软件构建MLST进化树
（4）MLST进化树分析相关案例
课时7：实战：本地化MLST分型-1
（1）软件包说明及安装
（2）使用说明及操作
（3）基本信息查看
课时8：实战：本地化MLST分型-2
（1）软件包说明及安装
（2）使用说明及操作
（3）基本信息查看
课时9：MLST分型结果可视化—常用软件及算法介绍
（1）MLST下游分析介绍
（2）常用软件及算法比较
（3）eBURST算法介绍
（4）goeBURST算法介绍
课时10：实战：MLST分型结果可视化—最小生成树绘制
（1）PHYLOViZ软件原理介绍
（2）分析内容介绍
（3）操作方法
（4）图片美化
（5）数据导出
（6）结果解读
课时11：实战：MLST分型结果可视化—层级聚类分析
（1）线下层级聚类（提供脚本）
（2）结果美化及高级注释
课时12：实战：铜绿假单胞菌血清型预测—在线分析
（1）铜绿假单胞菌的血清型概述
（2）细菌血清型分析常用网站
（3）铜绿假单胞菌血清型预测网站PAst介绍
（4）铜绿假单胞菌O抗原血清型预测结果示例
课时13：实战：铜绿假单胞菌血清型预测—PAst本地分析-1
（1）铜绿假单胞菌血清型介绍
（2）软件说明
（3）软件安装及说明
课时14：实战：铜绿假单胞菌血清型预测—PAst本地分析-2
（1）window系统软件安装
（2）linux系统软件安装
（3）软件安装常见问题
课时15：实战：铜绿假单胞菌血清型预测—PAst本地分析-3
（1）Windonws系统运行
（2）Linux系统运行
（3）结果解读
（4）要点总结
