铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是临床呼吸道最常见的病原体之一，具有耐药和毒力的高风险性潜力。本套课程是综合大课《铜绿假单胞菌基因组研究综合分析实战》（点击查看课程）的子课程。本课程专注于P. aeruginosa常用药物的耐药机制，包括外膜孔蛋白和外排泵对P. aeruginosa耐药性的影响，并重点讲解了P. aeruginosa耐药性研究的分析思路及常用预测软件的使用方法。
课程主要内容：
（1）微生物耐药的原理、抗菌药物的作用机理及耐药机制介绍；
（2）铜绿假单胞菌的耐药基因特征、外膜孔蛋白和外排泵专题讲解；
（3）铜绿假单胞菌常规分析思路介绍及表型、基因型突变分析思路介绍；
（4）铜绿假单胞的附属敏感性及异质性耐药专题讲解；
（5）耐药基因或耐药相关突变位点的ResFinder、CARD数据库在线预测；
（6）查找SNP和InDel突变的Snippy软件操作讲解；
（7）抗性基因Heatmap图可视化展示教学及特定抗性基因参考序列筛选；
（8）比较基因簇分析思路讲解及Easyfig操作实战。
课程包含：
（1）共计15个课时；
（2）理论介绍+分型预测+绘图实战+思路分享；
（3）所需的全部软件安装包+示例数据+示例结果；
（4）理论介绍+操作实战+文章解析，学-练-用一体化教学内容。
课程目录
课时1：微生物耐药的原理
（1）微生物耐药性的产生；
（2）微生物的抗菌药物耐药机制；
（3）具有严重危害的耐药细菌或真菌；
（4）常见的抗菌药物分类及其作用方式；
（5）抗菌药物与微生物耐药性的关系；
课时2：铜绿假单胞菌常用药物耐药性及耐药基因介绍
（1）铜绿假单胞菌临床常用药物介绍；
（2）铜绿假单胞菌的国内耐药情况；
（2）β-内酰胺类药物作用机制及耐药机制；
（3）氨基糖苷类药物作用机制及耐药机制；
（4）喹诺酮类药物作用机制及耐药机制；
（5）多黏菌素药物作用机制及耐药机制；
课时3：铜绿假单胞菌的外膜孔蛋白与耐药的联系
（1）什么是膜孔蛋白；
（2）膜孔蛋白与抗生素耐药的联系；
（3）铜绿假单胞菌的膜孔蛋白介绍；
（4）铜绿假单胞菌膜孔蛋白突变分析；
（5）铜绿假单胞菌膜孔蛋白分析案例；
课时4：铜绿假单胞菌的外排泵铜绿假单胞菌外排泵介导多重耐药
（1）多药外排泵的生理功能及结构组成特点；
（2）铜绿假单胞菌的多药外排泵类型；
（3）铜绿假单胞菌RND外排泵的特点及其表达调控；
（4）多药外排泵数据库预测网站；
（5）铜绿假单胞菌多药外排泵分析案例；
课时5：铜绿假单胞菌耐药性研究的常规分析思路
1）耐药性研究的常规分析思路；
（2）常规分析思路案例分享；
（3）特殊耐药表型或基因型共存案例分享；
（4）耐药表型差异的基因组来源分析案例分享；
课时6：耐药表型或基因型突变研究的分析思路
（1）耐药性表型或基因型突变分析思路；
（2）实验室体外诱导突变（潜在突变位点）；
（3）临床治疗进程中产生的突变（耐药表型或基因型变化）；
（4）耐药基因的自然进化（进化历史、分歧时间）；
课时7：耐药性研究补充内容：附属敏感性
（1）交叉耐药与附属敏感性概念；
（2）铜绿假单胞菌附属敏感性情况；
（3）铜绿假单胞菌附属敏感性分析案例一；
（4）铜绿假单胞菌附属敏感性分析案例二；
课时8：耐药性研究的补充内容：异质性耐药
（1）异质性耐药的概念和特点；
（2）异质性耐药的产生机制；
（3）异质性耐药的检测方法；
（4）铜绿假单胞菌的异质性耐药情况；
（5）铜绿假单胞菌异质性耐药分析案例；
课时9：实战：耐药基因的在线预测及结果解读
（1）常用的耐药基因预测方法介绍；
（2）ResFinder的使用方法及预测结果解读；
（3）CARD的使用方法及预测结果解读；
课时10：实战：使用Snippy软件分析样本间的SNP和InDel
（1）Snippy软件的安装要点和分析流程；
（2）Snippy软件的操作演示；
（3）Snippy突变差异检测的结果解读；
课时11：实战：抗性基因分析结果的可视化展示
（1）Heatmap图常用分析及样式参考；
（2）耐药基因Heatmap图的数据准备；
（3）Heatmap绘图软件TBtools安装方法介绍；
（4）如何使用TBtools绘制Heatmap图；
课时12：实战：如何筛选含有特定抗性基因的参考序列
（1）Pathogen Detection数据库介绍；
（2）Isolates Browser-筛选携带特定耐药基因的菌株；
（3）Pathogen Detection MicroBIGG-E-筛选携带胁迫基因的菌株；
（4）Reference Gene Catalog-确认抗性基因类别；
课时13：比较基因簇分析思路分享
（1）比较基因簇分析总体思路介绍；
（2）确定基因簇的大致范围；
（3）确定合适的同源序列；
（4）确定参考序列相似基因簇的位置；
（5）拆分基因簇的组成结构；
课时14：实战：使用Easyfig绘制比较基因簇—软件安装及配置
（1）Easyfig软件介绍；
（2）Easyfig软件下载；
（3）Easyfig软件安装；
（4）Easyfig软件配置修改；
课时15：实战：使用Easyfig绘制比较基因簇—快速绘制比较基因簇图
（1）Easyfig参数介绍；
（2）Easyfig基础操作；
（3）Easyfig进程保存；
（4）Easyfig菜单栏Blast和Help。
