掌握数据可视化利器：韦恩图绘制方法详解

在数据分析和可视化中，韦恩图也叫温氏图、维恩图、范氏图，是一种用于展示集合之间的交集和并集关系的图形。

韦恩图通常由一组圆形或椭圆形区域组成，每个区域代表一个集合，而集合之间的重叠部分则表示它们的交集。

下面让我们一起学习如何使用R语言绘制韦恩图。

示例数据（data1.csv）

数据为丰度/表达量矩阵，表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，如OTU，基因ID，代谢物名称等。

韦恩图绘制示例

#读取本地数据并查看

dat <- read.csv("data1.csv", header = TRUE,check.names = F)

head(dat)

#加载R包

# install.packages("tidyverse")

# install.packages("ggvenn")

library(tidyverse)

library(ggvenn)

library(RColorBrewer)

#数据预处理

#将数据框dat中的第一列列名替换为"Gene"

colnames(dat)[1] <- "Gene"

head(dat)

#将数据从宽表格转换为长表格

dat_longer <- pivot_longer(dat,-Gene)

#提取数值不等于0的行

dat_filter <- filter(dat_longer,value != 0)

#提取每个样本中存在的基因ID

S1 <- filter(dat_filter,name == "S1")$Gene

S2 <- filter(dat_filter,name == "S2")$Gene

S3 <- filter(dat_filter,name == "S3")$Gene

S4 <- filter(dat_filter,name == "S4")$Gene

S5 <- filter(dat_filter,name == "S5")$Gene

S6 <- filter(dat_filter,name == "S6")$Gene

S7 <- filter(dat_filter,name == "S7")$Gene

#生成列表（Venn图绘制输入数据）

venn_list <- list(S1=S1, S2=S2, S3=S3,S4=S4, S5=S5, S6=S6,S7=S7)

#绘制venn图

# ggvenn包可用于绘制2-4个集合的韦恩图

#二元韦恩图

ggvenn(venn_list, #数据列表

columns = c("S1","S2"), #指定需要比较的数据集

show_percentage = T, #显示每一组的百分比

digits = 1, #百分比的小数点位数

fill_color = c("#E41A1C", "#1E90FF") #韦恩图的填充颜色

)

#三元韦恩图

ggvenn(venn_list, #数据列表

columns = c("S1","S2","S3"),

show_percentage = T, #显示每一组的百分比

digits = 1, #百分比的小数点位数

fill_color = c("#E41A1C", "#1E90FF", "#FF8C00"))

#四元韦恩图

ggvenn(venn_list, #数据列表

columns = c("S1","S2","S3","S4"),

show_percentage = T, #显示每一组的百分比

digits = 1, #百分比的小数点位数

fill_color = c("#D95F02", "#7570B3", "#E7298A", "#7FC97F"))

# venn包可用于绘制2-7个集合的韦恩图

# install.packages("venn")

library(venn)

#五元韦恩图

venn(venn_list[1:5],

zcolor = brewer.pal(5,"Dark2"), #填充颜色设置

box = F #是否展示方框

)

#六元韦恩图

venn(venn_list[1:6],

zcolor = brewer.pal(6,"Dark2"),

box = F #是否展示方框

)

#七元韦恩图

venn(venn_list[1:7],

zcolor = brewer.pal(7,"Dark2"),

box = F #是否展示方框

)

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