密码子偏好性分析利器—— codonW

本篇文章将同时介绍codonW在windows和linux两种系统下的版本安装和使用，二者的安装不同，打开方式也不同，但使用方法是一样的。

下载与安装

Linux版本：

直接用conda安装，输入命令就可以。

conda install codonw

使用命令codonw，进入如下界面：

windows版本：在windows中说是软件，其实就一个压缩包，在此将详细介绍它的使用过程。

在微信后台回复“codonW”，可获得codonW 1.4.2版本文件的网盘链接。（目前最新版本是1.4.4，1.4.4版本的压缩包解压经常报错，所以为大家提供1.4.2版本）解压下载完成后的压缩包，会得到如下文件：

将待分析的fasta文件放到这个目录下（这点很重要）。

点击codonW.exe文件，会得到如Linux一样的界面：

codonW的使用

到此就可以开始使用codonW了，

在 ->后输入 4 ：

进入分析选择界面：

在 ->后面输入12，全选所有分析，然后回车，会得到如下界面：

（tips：如果只想选某几个，可以输入前面的编号；或者只是不想分析哪个，全选后，再输入编号，那个分析就会取消选择。）

此时在 -> 后输入X，即回到初始菜单界面；
在->后面输入1:

进入新界面，再[input.dat]后面输入待处理的fasta文件名字，回车：

敲入自定义的输出文件名字，如果没有想好名字，可以直接回车，默认的名字是序列文件名字加.out，在输出文件存在时，它会询问你是否重写，默认重写，此处它会输出两个文件，.out和.blk：

回车，自动跳回主菜单，此时在 -> 后面输入R,运行代码：

此时会跳出命令，询问是否要输入自己CAI值，默认为n，我们不需要更改，一路回车。

一路回车，之后就会跳回主菜单，程序已经运行好了，这时千万不要直接关闭窗口，而是在->后面输入q，回车，以此来关闭窗口，否则，数据将不会写入输出文件。

查看结果文件：

.blk

是各个氨基酸不同密码子的使用频次。

.out文件 各个参数的值。

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