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很多细菌耐药研究都会遇到类似问题：已经完成数十株或数百株细菌的全基因组测序，也获得了药敏结果，但不知道除了耐药基因注释还能做什么？这时，可以考虑开展细菌全基因组关联分析。细菌耐药GWAS并不只是把耐药菌和敏感菌的基因组进行简单比较，而是要进一步

MLST或cgMLST的分型结果，主要包含两部分数据：一是每个位点的等位基因编号，二是一个具体的型别（ST型或cgST型）。看起来结果相似，但两者的解读逻辑并不完全相同。要理解这种差异，得从这两种方法的定位说起。MLST的定位在于通过少量保守的管家基因，为菌株

近年来，碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）感染越来越多，临床治疗极其困难，死亡率高达50%。传统抗生素越来越乏力，而噬菌体——这种专门“吃”细菌的病毒，正成为极具潜力的新武器。最近，解放军医学院的研究团队从污水中分离出一株全新的裂解性噬

为什么需要“活菌”层面的证据？肿瘤微生物组（tumormicrobiome）已成为免疫治疗响应差异的重要变量。然而，主流研究依赖16SrRNA扩增子或宏基因组测序，仅能提供核酸层面的“存在”信号，无法区分活菌、死菌或游离DNA。对于功能性研究而言，例如细菌代谢产物

微生物比较基因组分析（ComparativeGenomics），简单来说就是，把多个微生物菌株的基因组放在一起比较，找出它们“共同拥有的东西”和“各自不同的东西”，进一步解释菌株之间的亲缘关系、遗传差异、表型差异以及进化过程。它是微生物基因组研究中非常核心的

高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）的鉴定，目前尚无统一的标准，往往需要综合表型筛查、基因检测与体内毒力实验等多个环节。在实际研究中，通常先进行拉丝试验，基于高粘性表型初步筛选出可疑菌株；随后进行全基因组测序，从基因组数据中识别毒力相关基因或载体，进

我国每年产生数千万吨棉花秸秆，蛋白质含量不低，却因木质素含量高达22%~26%，像“钢筋水泥”一样锁住营养，牛羊吃了也不易消化。如何低成本、环保地破解这道“硬壳”？新疆科研团队从沙漠胡杨的腐朽木中找到了答案，一种名为“产黄青霉YL-11”的真菌，能在14

说到细菌感染研究，你脑子里蹦出的第一个画面是什么？小白鼠、伦理审查、昂贵的饲养成本……但在微生物实验室里，一个"非哺乳动物替代方案"已经悄悄火了十几年——大蜡螟（Galleriamellonella）。2020年，巴西米纳斯吉拉斯州立大学的MonalessaFábiaPereira团

在理想情况下，MLST预测结果通常应清晰包含7个参考基因座（locus）的等位基因编号（allele），以及由该等位基因谱（profile）对应的ST型编号。以肺炎克雷伯菌模式菌株HS11286为例，其预测结果如下图所示：7个等位基因编号明确，ST型判定为ST11。这是最标准的

文章题目：GalleriamellonellaasascreeningtooltostudyvirulencefactorsofAspergillusfumigatus期刊：Virulence（Volume12,Issue1,Pages818-834）DOI：https://doi.org/10.1080/21505594.2021.1893945研究背景与目的烟曲霉（Aspergillusfumigatus）是导致人类

在回答这个问题之前，我们得先搞清楚什么是MLST型（多位点序列分型）。简单来说，ST型是依据7个管家基因的序列变异情况，给菌株贴上的一个分型标签。每个管家基因的不同序列会按照发现的先后顺序被赋予不同的等位基因编号，7个编号组合在一起，就构成了一个ST

大蜡螟能在 25℃ 和 37℃ 两个温度下都跑通马尔尼菲蓝状菌的活体感染实验，既能读毒力梯度，又能看宿主免疫应答，是双相真菌研究的低成本、高通量利器。

最近，我们在肺炎克雷伯菌分析项目中发现，ST11菌株中KL25型所占比例似乎相对较高。为确认这一情况，我们对ST11型碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）的相关文献进行了梳理。从结果来看，近年来国内ST11-CRKP群体经历了明显的荚膜血清型演化，呈现从KL47向KL64

很多朋友们画完进化树后，看到节点旁边的数字，98……100……87，于是判断很快就来了：“这个分支Bootstrap=100，肯定是真的。”“这里只有62，估计不能信。”“论文里不是常说Bootstrap大于70就有较高支持吗？”这些说法听起来都很熟悉，也确实是很多人日常

水平基因转移（HGT）可以说是细菌进化中最显著的特征。HGT的证据存在于大多数细菌基因组中。尽管HGT可以显著改变细菌基因组，但并非所有转移事件都具有生物学意义，可能只是一个持续不断的进化过程的结果，而这些过程只有偶尔具有有益的目的。当适应性转移发