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1.摘要：土壤生物在陆地生态系统的地上群落动态和生态系统功能中具有重要作用。然而，大多数研究认为土壤生物群是一个黑箱或专注于特定的群体，而对整个土壤网络知之甚少。在这里，我们发现在废弃耕地的自然恢复过程中，土壤生物群的组成发生了变化，随后是地

在抗菌药物研发领域，小鼠模型虽具有较高的临床预测价值，但存在成本高昂、伦理审批严格、实验周期长等局限性，难以满足大规模初筛的需求。大蜡螟（Galleriamellonella）幼虫作为一种新兴的替代模型，可在37℃条件下培养，支持微量注射给药，具备先天免疫系统

抗菌药物敏感性试验（Antimicrobialsusceptibilitytest,AST），简称药敏试验，是指在体外测定细菌对抗菌药物敏感程度或耐药水平的一类试验。常见的AST方法有以下4种，肉汤稀释法、琼脂稀释法、纸片扩散法和浓度梯度法。其中稀释法（包括肉汤稀释法和琼脂稀释

文章题目：Greengenes2unifiesmicrobialdatainasinglereferencetree发表期刊：Naturebiotechnology发表时间：2023.07影响因子：46.9论文链接：https://doi.org/10.1038/s41587-023-01845-1摘要：使用16SrRNA和鸟枪法宏基因组学的研究通常会产生不同的结果，通

文章题目：Anovelvirulenceplasmidencodingyersiniabactin,salmochelin,andRmpADCfromhypervirulentKlebsiellapneumoniaeofdistinctgeneticbackgrounds文章链接：doi:10.1128/aac.00935-23发表时间：2023.10发表期刊：AntimicrobAgentsChemotherIF：4.1研究背

抗生素是20世纪最重要的医学突破之一，使人类免受多种病原菌的侵害。但与此同时，由于抗生素的不合理使用，细菌对抗生素的耐受性越来越强，同时耐药性出现大规模传播，超级细菌不断涌现。如果全球不采取措施遏制抗药性超级细菌的扩散，到2050年每年丧生的人数

背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳

肺炎克雷伯菌（K.pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的，在该方案中只有缺失的等位基因数少于30个的等位基因谱才会被赋予cgST编号[1]。LIN（LifeIdentificationNumber）代码是Vinatzer等人开发的

RDA/CCA分析又称多元直接梯度分析，主要用来检测环境因子（如气体成分）、样本、菌群三者间的关系或者两两之间的关系。RDA/CCA分析将对应分析与多元回归分析相结合，每一步计算均与环境因子进行回归，其中RDA是基于线性模型进行分析，CCA是基于单峰模型进行分

全基因组测序显示，在临床和研究实验室通过生化或蛋白质组学分析鉴定为肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）的分离株中，有部分可能不是K.pneumoniae，而是属于K.pneumoniae密切相关的物种，它们与K.pneumoniae的平均核苷酸同一性（ANI）约为95-96%。这一类

1血清型基础介绍血清型是基于同一物种不同个体间血清抗原的差异来对菌株进行分型的一种方法。与细菌血清型相关的抗原根据其所属的类型，可分为菌体抗原（O抗原）、表面抗原（K抗原）、鞭毛抗原（H抗原）和菌毛抗原（F抗原）4种。其中O抗原又称为脂多糖（LPS）

1.菌群α多样性的概念菌群α多样性指某个群落或生境内部的种的多样性。这个指标是指一个群落内物种的个数（speciesrichness，丰富度）以及每个物种的数量及分布（evenness，均匀度）。一个生态群落的多样性，有两个基本的指标。丰富度（richness），衡量一个

很多细菌耐药研究都会遇到类似问题：已经完成数十株或数百株细菌的全基因组测序，也获得了药敏结果，但不知道除了耐药基因注释还能做什么？这时，可以考虑开展细菌全基因组关联分析。细菌耐药GWAS并不只是把耐药菌和敏感菌的基因组进行简单比较，而是要进一步

MLST或cgMLST的分型结果，主要包含两部分数据：一是每个位点的等位基因编号，二是一个具体的型别（ST型或cgST型）。看起来结果相似，但两者的解读逻辑并不完全相同。要理解这种差异，得从这两种方法的定位说起。MLST的定位在于通过少量保守的管家基因，为菌株

近年来，碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）感染越来越多，临床治疗极其困难，死亡率高达50%。传统抗生素越来越乏力，而噬菌体——这种专门“吃”细菌的病毒，正成为极具潜力的新武器。最近，解放军医学院的研究团队从污水中分离出一株全新的裂解性噬