背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳

克雷伯菌耐药性严重，尤其是耐碳青霉烯类菌株广泛传播，导致常规治疗失效和患者死亡风险增加。研究其耐药机制和开发新型药物迫在眉睫，以应对这一公共卫生威胁。今天我们就一起来学习下面这篇关于克雷伯菌耐药性文章的研究思路和生信分析方法。这篇文章的生信

在过去的十亿年中，真菌界已经多样化到超过200万个物种，其中超过95%的物种尚未被描述。真菌不仅是众所周知的蘑菇和酵母，它们还是异养生物，几乎可以以任何有机碳为食，通过分解死亡的植物和动物来回收养分，并将碳封存到地球的生态系统中。人类对真菌的应用

摘要：细菌的竞争可能依赖于分泌系统，如VI型分泌系统（typeVIsecretionsystem,T6SS），它能刺穿并向邻近细胞释放有毒分子。为了生存，细菌目标必须抵御携带T6SS竞争者带来的威胁。在这项研究中，我们采用了一种全面的全基因组高通量筛选方法来研究细菌间竞争

原文献信息：BernalP,AllsoppLP,FillouxA,andLlamasMA.ThePseudomonasputidaT6SSisaplantwardenagainstphytopathogens.TheISMEJournal.2017;11,972-987.摘要：细菌VI型分泌系统（T6SS）是设计用来将毒性效应物传递到猎物细胞中的分子武器。这些纳米机器在细菌

中文题目：宏基因组揭示非集约化水产养殖环境和人类之间耐药基因的移动性和共存性期刊及年份：Microbiome，2024年6月https://doi.org/10.1186/s40168-024-01824-x通讯作者：毛艳萍，深圳大学化学与环境工程学院，研究兴趣在于了解更多关于废水处理过程的机制

01研究背景抗菌药物耐药(antimicrobialresistance,AMR)已成为21世纪主要的公共卫生威胁，造成了严重的社会和经济负担。中国抗菌药物的不合理使用是一个重要的问题，导致了严重的细菌耐药。近年来，中国发布了两份《遏制微生物耐药国家行动计划（2016-2020，20

文章题目：GlobalPhylogeographyandGenomicEpidemiologyofCarbapenem-ResistantblaOXA-232-CarryingKlebsiellapneumoniaeSequenceType15Lineage文章链接：doi:10.3201/eid2911.230463发表时间：2023.11发表期刊：EmergInfectDisIF：7.2研究背景：中国携带blaO

文章题目：Emergenceandpersistentspreadofcarbapenemase-producingKlebsiellapneumoniaehigh-riskclonesinGreekhospitals,2013to2022文章链接：doi:10.2807/1560-7917.ES.2023.28.47.2300571发表时间：2023.11发表期刊：EuroSurveillIF：9.9研究背景：肺炎克

1、访问NCBI-BLAST在线比对网址访问NCBI-BLAST网址（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），并根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来选择使用的比对方法程序名查询序列数据库搜索方法blastn核酸核酸库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸

BLAST比对结果通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，值分别是0-18，以下是具体的介绍。第1种：outfmt0软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息，示例如下：第2种：outfmt1这种格式只保留了序列

GFF和GTF文件的格式规则和应用场景GFF（GeneralFeatureFormat）和GTF（GeneTransferFormat）文件是用于描述基因组注释信息的制表符分隔的文本文件，在信息分析中一般需要从这两种文件中提取所需的注释信息。GFF文件分为三个版本，其中GFF3是最新的标准，GTF文

文章题目：ConjugativeplasmidsfacilitatethetransmissionoftmexCD2-toprJ2amongcarbapenem-resistantKlebsiellapneumoniae文章链接：doi:10.1016/j.scitotenv.2023.167373发表时间：2024.1发表期刊：SciTotalEnvironIF：9.8研究背景：替加环素耐药的机制最常

导读阐明细菌和真菌之间的复杂相互作用，这些相互作用决定了土壤中微生物群落的结构、组成和功能，并调节碳(C)和养分通量，对于理解生物地球化学循环至关重要。在各种相互作用中，资源竞争是决定土壤中这两大微生物类群适应和生态位分化的主要因素。这是因为

本文翻译整理自RobertEdgar实验室官网：https://drive5.com/定义和解释OTUsSneath-SokalOTUs在更早的年代，早于DNA测序，早于系统发育树构建算法（例如neighbor-joining和maximumlikelihood），操作分类单元(OperationalTaxonomicUnit,OTU)的概念就由PeterSne

Beta多样性：评估不同微生物群落间整体相似性的数量指数，微生物群落间相似性越低，beta多样性指数越大。Beta多样性可以分为定性和定量两种：●定性的beta多样性指数，包括Jaccard指数、Dice系数等，其只考虑每种OTU在群落中出现/不出现，而不考虑它们的丰度

第一堂课，让我们来了解一下扩增子测序的基础知识、α多样性。微生物多样性测序，又名扩增子测序，是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，主要包括16SrRNA测序、18SrRNA测序、ITS测序及目标区域扩增子测序等。采用高通量测序平台测定的16S/18S/ITS全

#多元统计分析问题#Q1:如何选择Metastat、Wilcoxon、Kruskal-Wallis及LEfSe等统计分析的结果？我们知道这四种分析所使用的统计检验方法有所不同，因此得出的结果也会存在差异。Metastat、Wilcoxon分析是在多个分组之间进行两两比较，从而检验每两组比较间的差

#Beta多样性分析问题#Q1:Beta多样性的意义是什么？Beta多样性用于不同生态系统之间物种多样性的比较，利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本（组）间距离，通过距离反映样本（组）间微生物群落是否具有差异。样本（组）间微生物群落越相似，距离数

#基础研究问题#Q1:设置生物学重复的意义是什么？生物学重复即样本重复，比如同一处理下有3只小鼠，这3只小鼠就是三个生物学重复。设置生物学重复对试验设计及数据分析都有重要的意义：1）减少个体差异造成的影响，降低组内误差，并测量组内样本的变异程度，从

组学技术现在已经被广泛用于生命科学研究的方方面面。而面对大量的组学输入，数据又实在是太多了，这时，我们往往需要使用各种功能注释来进行可视化。最常见的莫过于GO和KEGGpathway注释，但是对于做植物研究的小伙伴会发现，我们在分析时，往往会觉得GO注释

iPATH3（InteractivePathwaysExplorer）是一个用于pathwaymaps分析、作图的交互式在线工具。简而言之，iPATH的主要功能是查找通路和绘制通路，除了可以自由调整图形元素的大小、粗细、颜色等，我个人觉得Timeseries功能也不错，可绘制出动态的通路图，便于分

在微生物测序如此之火爆的时代，基于16s测序，无论是物种分布及复杂度分析还是组间biomarker寻找，都已经被玩转的炉火纯青。然而，作为16s测序的升级版，高大上的宏基因组测序产品总是让人感觉有一层看不透的朦胧美。作为宏基因组测序产品里面的关键组成部分

KEGG简介KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。与其他数据库相比，KEGG的一个显著特点就是具有强大的图形功能，它