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  • 技能干货

    已有测序和药敏数据：细菌GWAS能帮你做什么？

    很多细菌耐药研究都会遇到类似问题：已经完成数十株或数百株细菌的全基因组测序，也获得了药敏结果，但不知道除了耐药基因注释还能做什么？这时，可以考虑开展细菌全基因组关联分析。细菌耐药GWAS并不只是把耐药菌和敏感菌的基因组进行简单比较，而是要进一步
    Alkalinity 2026-09-07 09:26:48 128 0 0
  • 技能干货

    MLST和cgMLST的分型结果，分别怎么看？

    MLST或cgMLST的分型结果，主要包含两部分数据：一是每个位点的等位基因编号，二是一个具体的型别（ST型或cgST型）。看起来结果相似，但两者的解读逻辑并不完全相同。要理解这种差异，得从这两种方法的定位说起。MLST的定位在于通过少量保守的管家基因，为菌株
    Alkalinity 2026-09-07 09:15:28 72 0 0
  • 技能干货

    认识开放型与闭合型泛基因组

    微生物比较基因组分析（ComparativeGenomics），简单来说就是，把多个微生物菌株的基因组放在一起比较，找出它们“共同拥有的东西”和“各自不同的东西”，进一步解释菌株之间的亲缘关系、遗传差异、表型差异以及进化过程。它是微生物基因组研究中非常核心的
    Alkalinity 2026-09-01 16:10:27 175 0 0
  • 技能干货

    抗生素搞不定的耐药菌，噬菌体行不行？这篇研究给出了答案

    近年来，碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）感染越来越多，临床治疗极其困难，死亡率高达50%。传统抗生素越来越乏力，而噬菌体——这种专门“吃”细菌的病毒，正成为极具潜力的新武器。最近，解放军医学院的研究团队从污水中分离出一株全新的裂解性噬
    Alkalinity 2026-09-01 16:09:40 159 0 0
  • 技能干货

    核心基因组和可变基因组，到底有什么区别？

    在泛基因组研究里，核心基因组回答“这个物种共同需要什么”，可变基因组回答“不同菌株为什么不一样”。两者合在一起，构成了一个物种完整的基因资源。一、核心基因组与可变基因组对比项目核心基因组Coregenome可变基因组Accessorygenome定义在大多数/全部研
    Alkalinity 2026-08-24 09:48:18 247 0 0
  • 技能干货

    同一个物种，为什么不同菌株可以“完全不一样”？

    同一个物种，为什么有的菌株耐药、有的不耐药；有的毒力强、有的表现完全不同？很多时候，答案并不在一个基因上，而在于整个基因组的组成。一个物种，并不是“一套固定基因”可以把一个物种想象成一个巨大的“基因库”，不同菌株就像从里面各取所需，选走了不
    Alkalinity 2026-08-24 09:47:21 193 0 0
  • 技能干货

    为什么做了几十株菌的测序，下一步却不知道怎么分析？

    当我们从一个菌株，走向几十株、上百株菌株时，真正值得研究的问题也发生了变化。做微生物基因组研究时，我们常会遇到这样一个场景：拿到一个菌株，完成测序、组装、基因预测和功能注释，得到一份漂亮的基因组结果。这时候我们能知道这株菌有多少个基因、有哪
    Alkalinity 2026-08-24 09:46:25 327 0 0
  • 扫盲知识库

    微生物比较基因组常见分析内容及方法

    微生物比较基因组分析（ComparativeGenomics），简单来说就是，把多个微生物菌株的基因组放在一起比较，找出它们“共同拥有的东西”和“各自不同的东西”，进一步解释菌株之间的亲缘关系、遗传差异、表型差异以及进化过程。它是微生物基因组研究中非常核心的
    Alkalinity 2026-08-17 09:47:32 395 0 0
  • 扫盲知识库

    MLST常见问题及解答

    在理想情况下，MLST预测结果通常应清晰包含7个参考基因座（locus）的等位基因编号（allele），以及由该等位基因谱（profile）对应的ST型编号。以肺炎克雷伯菌模式菌株HS11286为例，其预测结果如下图所示：7个等位基因编号明确，ST型判定为ST11。这是最标准的
    Alkalinity 2026-08-04 16:55:09 478 0 0
  • 扫盲知识库

    谈谈如何理解进化树上的 Bootstrap 值

    很多朋友们画完进化树后，看到节点旁边的数字，98……100……87，于是判断很快就来了：“这个分支Bootstrap=100，肯定是真的。”“这里只有62，估计不能信。”“论文里不是常说Bootstrap大于70就有较高支持吗？”这些说法听起来都很熟悉，也确实是很多人日常
    Alkalinity 2026-07-14 13:39:30 622 0 0
  • 软件使用

    借助Bowtie2软件分析基因组的测序深度

    示例数据：├──plasmid_genome.fa………………………………………………质粒基因组序列├──reads_1.fq……………………………………………………测序数据read1├──reads_2.fq……………………………………………………测序数据read2操作：步骤1：使用Bo
    唯那生物 2025-11-14 23:33:43 2852 0 0
  • 软件使用

    NCBI蛋白质BLAST检索数据库最新变更

    1、NCBI蛋白数据库变更自2025年8月起，ClusteredNR将取代传统的标准NR数据库，成为蛋白质BLAST搜索的默认数据库。这一变更旨在提升搜索效率和结果质量。当然，传统的NR数据库仍可通过手动选择继续使用。2、ClusteredNR的优势更快的搜索速度：通过聚类减少数据
    唯那生物 2025-11-14 20:54:55 2323 0 0
  • 生物数据库

    NCBI Assembly数据库使用指南：轻松下载组装基因组

    在微生物组学与病原生物学研究飞速发展的今天，获取高质量的细菌基因组数据是每一项重要发现的起点。无论是溯源分析、比较基因组学、疫苗设计还是耐药性研究，第一步总是：“数据从哪里来？又如何高效下载？”而全球学者公认的数据宝库，就是NCBI。面对NCBI庞
    看不见的线 2025-11-04 13:38:41 5143 0 0
  • 扫盲知识库

    肺炎克雷伯菌的分型和克隆传播

    第一部分：肺炎克雷伯菌的分子分型1.1多位点序列分型（MLST）MLST是一种重要的分子分型技术，常用于研究病原微生物的种群动态、传播规律，监测全球性的高危克隆。截至目前，Pasteur-BigSdb数据库共收录了8081种克雷伯菌的ST分型，揭示了克雷伯菌丰富的遗传多
    看不见的线 2025-09-24 15:48:25 3769 0 0
  • 软件使用

    细菌基因组注释 | 第二站：高精度注释工具Bakta

    在之前的文章中，我们介绍了原核基因组自动注释工具Prokka的使用方法。本节我们将继续介绍另一款注释工具——Bakta。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释工具，能够自动完成基因预测、功能注释以及其他相关生物信息学分析任
    看不见的线 2025-09-18 11:38:41 2754 0 0
  • 扫盲知识库

    大肠埃希菌的分型和克隆传播

    第一部分：大肠埃希菌的流行病学分型1.1系统发育分型（Phylogroup）大肠埃希菌（Escherichiacoli）通常使用phylogroup（称为亚特异性群体/亚种分型）来反映其种内的集群特征，它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。如图1所示，目前，
    看不见的线 2025-09-15 11:52:07 2534 0 0
  • 软件使用

    实用组学小工具——耐药基因注释（CARD-RGI）

    一、CARD-RGI简介RGI（ResistanceGeneIdentifier）是由CARD（ComprehensiveAntibioticResistanceDatabase）团队开发的核心生物信息学工具，主要用于在微生物基因组或宏基因组数据中准确识别抗生素耐药基因（AntibioticResistanceGenes,ARGs）。该工具通过将用
    看不见的线 2025-09-11 11:20:53 3084 0 0
  • 扫盲知识库

    噬菌体的分类与命名：从传统形态到基因组学

    第一部分：病毒分类与命名的通用规则1、病毒分类的负责机构病毒的分类和命名一般由国际病毒分类委员会（ICTV）负责，但ICTV不负责种以下的分类如血清型、基因型等，这些需要由国际专家小组确定。2、病毒分类层级与最新统计ICTV于2019年5月发布的病毒分类表将
    看不见的线 2025-09-10 09:49:11 4927 0 0
  • 软件使用

    实用组学小工具——大肠埃希菌血清型分析SerotypeFinder和ECTyper

    一、关于大肠埃希菌的血清型鉴定大肠埃希氏菌的抗原结构主要包括四类：菌体抗原（O抗原）、表面抗原（K抗原）、鞭毛抗原（H抗原）和菌毛抗原（F抗原）。在该菌的血清分型中，通常以O抗原和H抗原作为主要分型依据，例如常见的O157:H7型。对于部分致病菌株，还
    看不见的线 2025-09-05 11:00:18 2664 0 0
  • 软件使用

    实用组学小工具——大肠埃希菌亚群分类和鉴定

    一、大肠埃希菌亚群介绍埃希氏菌属（Escherichia）包括艾伯特埃希菌（E.albertii）、弗格森埃希菌（E.fergusonii）、五个埃希菌隐蔽进化枝以及严格意义上的大肠埃希菌（E.colisensustricto）。其中大肠埃希菌可进一步划分为七个主要系统群（phylogroup），分
    看不见的线 2025-09-05 10:57:10 2107 0 0
  • 软件使用

    实用组学小工具——序列ID简化

    你是否遇到过基因原始序列ID太长，包含太多不需要的信息，那么我们该如何对原始序列ID进行操作来加速我们的数据分析呢？如果你有这方面的困扰，可以尝试使用密码子·生信云平台提供在线的序列ID简化小工具（https://cloud.mimazi.net/tool/article-24.html）
    看不见的线 2025-09-01 09:26:02 2219 0 0
  • 软件使用

    细菌基因组注释 | 第一站：全自动注释神器Prokka

    Prokka是一个适用于原核生物的基因组自动注释工具，由墨尔本大学生物信息学家TorstenSeemann开发。Prokka协调了一套现有的软件工具，可以对原核基因组和宏基因组进行快速高效的功能注释。一、如何使用Prokka？Prokka的使用要求：1、准备基因组序列文件（FASTA
    看不见的线 2025-09-01 09:24:54 2927 0 0
  • 软件使用

    实用组学小工具——轻松搞定BLAST比对

    一、关于BLAST比对BLAST全称为BasicLocalAlignmentSearchTool，即基于局部序列比对算法的搜索工具，是由美国国家生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI）开发和管理的一套生物大分子一级结构序列比对程序。程序可将输入的核酸碱
    看不见的线 2025-08-28 10:16:38 3630 0 0
  • 软件使用

    使用Minimap2软件进行全长转录组测序数据比对

    Minimap2的安装方法一：conda安装#创建并进入conda环境condacreate-nMinimap2-ysourceactivateMinimap2#安装minimap2condainstall-cbiocondaminimap2方法二：编译安装#获取并解压安装包wgethttps://github.com/lh3/minimap2/archive/refs/tags/v2.28.tar.gzta
    看不见的线 2025-08-20 17:36:23 2974 0 0
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