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知识小卡片 | 如何理解菌群α多样性

课程链接【课程】微生物菌群研究必修课：从深入理解到灵活应用【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理

看不见的线 2025-04-24 08:52:22 22 0 0
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iTOL进化树外周条带个性化调整方法

引言进化树外周条带注释的样式调整（如边线与色块）可显著提升数据可视化效果。本文通过解析文献案例（示例一至示例四），系统阐述不同注释样式的实现方法，并揭晓其设计逻辑。文中所有示例均可基于iTOL工具，通过调整模板参数或网页界面操作完成。如何添加外

看不见的线 2025-04-23 14:43:21 38 0 0
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微生物分型进化核心术语解析

核心术语•Phylogroup：系统发育群•L（Lineage）：谱系•SL（Sublineage）：亚谱系•Cluster：簇•Internationalclone（IC）：国际流行克隆•CC（clonalcomplex）：克隆复合体•CG（clonalgroup）：克隆群•CT（clonaltype）：克隆型•MLST（multilocusseque

看不见的线 2025-04-22 09:48:11 48 0 0
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知识小卡片 | 三代测序数据组装工具

课程链接【课程】微生物基因组研究生信入门必修课【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操

看不见的线 2025-04-18 10:00:43 96 0 0
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知识小卡片 | 三代测序常用技术

课程链接【课程】微生物基因组研究生信入门必修课【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操

看不见的线 2025-04-15 08:32:26 127 0 0
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知识小卡片 | 使用 patchwork 包进行图形组合

课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操

看不见的线 2025-04-11 08:35:09 184 0 0
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知识小卡片 | R语言拆分数据框里的列

课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操

看不见的线 2025-04-11 08:34:03 126 0 0
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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-不动杆菌篇

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-04-07 08:26:46 231 0 0
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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-铜绿假单胞菌篇

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-04-02 08:25:40 331 0 0
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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-肠球菌篇

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-03-31 10:44:08 304 0 0
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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-金黄色葡萄球菌篇

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-03-27 08:29:09 391 0 0
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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-肠杆菌篇

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-03-24 08:27:13 342 0 0
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知识小卡片 | 耐药研究中的MDR、XDR、PDR-详解

课程链接【课程】微生物抗性与毒力基因注释：ABRicate软件全能实战【课程】肺炎克雷伯菌耐药研究方法及分析思路【课程】铜绿假单胞菌耐药性研究与分析实战

看不见的线 2025-03-20 08:20:56 409 0 0
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知识小卡片 | 假单胞菌的质粒分型

课程链接【课程】可移动元件研究实战指南——从理论机制到分析实操【课程】铜绿假单胞菌基因组研究综合分析实战

看不见的线 2025-03-17 08:19:52 421 0 0
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知识小卡片 | 质粒分型概述

课程链接【课程】可移动元件研究实战指南——从理论机制到分析实操【课程】肺炎克雷伯菌基因组学研究综合指南【课程】铜绿假单胞菌基因组研究综合分析实战

看不见的线 2025-03-14 08:39:41 470 0 0
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细菌耐药大揭秘！你对细菌耐药了解多少？

看不见的线 2025-03-12 09:35:58 483 0 0
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知识小卡片 | tet基因的分类

看不见的线 2025-03-05 09:12:36 545 0 0
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知识小卡片-替加环素耐药的可能来源

看不见的线 2025-03-03 09:49:51 540 0 0
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微生物组研究中 OTU 的前生今世

本文翻译整理自RobertEdgar实验室官网：https://drive5.com/定义和解释OTUsSneath-SokalOTUs在更早的年代，早于DNA测序，早于系统发育树构建算法（例如neighbor-joining和maximumlikelihood），操作分类单元(OperationalTaxonomicUnit,OTU)的概念就由PeterSne

看不见的线 2024-07-04 17:25:59 4173 0 0
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干货满满丨小白の名词解释小课堂——扩增子相关②

Beta多样性：评估不同微生物群落间整体相似性的数量指数，微生物群落间相似性越低，beta多样性指数越大。Beta多样性可以分为定性和定量两种：●定性的beta多样性指数，包括Jaccard指数、Dice系数等，其只考虑每种OTU在群落中出现/不出现，而不考虑它们的丰度

看不见的线 2024-07-04 17:14:05 3160 0 0
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干货满满丨小白の名词解释小课堂——扩增子相关①

第一堂课，让我们来了解一下扩增子测序的基础知识、α多样性。微生物多样性测序，又名扩增子测序，是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，主要包括16SrRNA测序、18SrRNA测序、ITS测序及目标区域扩增子测序等。采用高通量测序平台测定的16S/18S/ITS全

看不见的线 2024-07-04 17:08:59 2366 0 0
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扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（三）

#多元统计分析问题#Q1:如何选择Metastat、Wilcoxon、Kruskal-Wallis及LEfSe等统计分析的结果？我们知道这四种分析所使用的统计检验方法有所不同，因此得出的结果也会存在差异。Metastat、Wilcoxon分析是在多个分组之间进行两两比较，从而检验每两组比较间的差

看不见的线 2024-07-04 15:40:39 2097 0 0
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扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（二）

#Beta多样性分析问题#Q1:Beta多样性的意义是什么？Beta多样性用于不同生态系统之间物种多样性的比较，利用各样本序列间的进化关系及丰度信息来计算样本（组）间距离，通过距离反映样本（组）间微生物群落是否具有差异。样本（组）间微生物群落越相似，距离数

看不见的线 2024-07-04 14:20:02 1865 0 0
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扩增子测序入门必备小贴士，常见问题我来答（一）

#基础研究问题#Q1:设置生物学重复的意义是什么？生物学重复即样本重复，比如同一处理下有3只小鼠，这3只小鼠就是三个生物学重复。设置生物学重复对试验设计及数据分析都有重要的意义：1）减少个体差异造成的影响，降低组内误差，并测量组内样本的变异程度，从

看不见的线 2024-07-04 14:12:38 2552 0 0

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