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    BLAST本地比对操作指南

    BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在本地使用BLAST工具进行核酸或蛋白序列比对。一、常用BLAST子模块简介子模块名称查询序列类型数据库序列类型比
    看不见的线 2025-06-06 08:57:25 99 0 0
  • 软件使用

    Linux操作系统blast安装

    BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在Linux系统中安装和使用BLAST的完整步骤。①下载BLAST安装包wgethttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executab
    看不见的线 2025-06-04 15:48:38 104 0 0
  • 软件使用

    Windows操作系统BLAST安装

    BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在Windows系统中安装和使用BLAST的完整步骤。①下载BLAST安装包访问NCBI的BLAST页面（https://ftp.ncbi.nlm.nih
    看不见的线 2025-05-30 09:28:12 180 0 0
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    Xftp:本地和服务器间数据传输

    Xftp是由NetSarang开发的一款轻量级的SFTP/FTP文件传输工具。它可以帮助用户在本地计算机和远程服务器之间通过安全的加密协议（如SFTP、FTP等）进行文件上传、下载和管理。可访问官网（https://www.xshell.com/zh/free-for-home-school/）下载xftp安装包，此
    看不见的线 2025-05-26 17:41:46 225 0 0
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    SCP:本地和服务器间数据传输

    SCP（SecureCopyProtocol）是一个基于SSH（SecureShell）的协议，用于在本地计算机和服务器之间安全地传输文件。SCP命令在数据传输过程中会加密数据，确保数据的安全性和完整性。在Linux系统中，SCP是一个常用的命令行工具，用于上传文件到服务器或从服务器下
    看不见的线 2025-05-26 17:40:11 181 0 0
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    细菌基因组注释软件Bakta安装、使用和结果解读

    随着基因组学研究的深入，细菌基因组注释成为了重要的一步。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释软件，它能够自动化完成基因预测、功能注释以及其他相关的生物信息学分析。本文将带您了解Bakta的安装、使用及结果解读。一、
    看不见的线 2025-03-18 08:30:01 1241 0 0
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    知识小卡片 | RStudio 比较好用的快捷键

    课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操
    看不见的线 2025-03-10 08:20:55 907 0 0
  • 软件使用

    知识小卡片 | ggview—解决RStudio中图形输出与预览不一致

    课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操
    看不见的线 2025-03-07 08:26:36 842 0 0
  • 软件使用

    Easyfig运行问题排查与解决方案：BLAST配置与路径设置的常见问题解析

    Easyfig无法正常运行的问题通常与BLAST的配置及路径设置有关。本文将从“BLAST是否能正常使用”，“Easyfig是否能正常调用BLAST”，以及“其他问题”三个方面，详细分析Easyfig无法正常运行的原因，并提供相应的解决方案。注意请优先排除序列本身的问题，每个
    看不见的线 2025-03-06 10:00:47 974 0 0
  • 软件使用

    Easyfig指南-比较基因簇图像的颜色修改

    问题：在基因簇比较分析时，研究人员通常需要为不同功能的基因赋予不同的颜色，以更直观地展示基因功能的多样性。然而，基因簇分析工具Easyfig软件默认仅支持为所有基因统一设置颜色，这在很大程度上限制了可视化效果。为此，本文将详细介绍两种实现基因特异
    看不见的线 2025-03-04 10:13:27 884 0 0
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    Easyfig必学锦囊：Genbank文件起始位置调整方法

    问题：在基因组分析过程中，我们时常会遇到需要调整GenBank文件序列起始位置的情况。这种需求可能源于两个主要原因：一是原始文件设定的起始位置不够合理（如位于基因编码区内部）；二是基于比较基因组学研究的需求（如进行基因簇比对分析）。示例：如图1所示
    看不见的线 2025-02-28 11:50:51 920 0 0
  • 软件使用

    iTOL的样本与分支名称问题

    在进行iTOL注释时，第一列填写的往往是样本或分支的名称，因为所有注释的内容都需要对应到特定的样本或分支，所以样本和分支名称准确与否尤为重要。关于样本名称（两项基本原则）①样本名称必须与提交的树文件保持一致；最容易出现的是符号不一致的情况，特别
    看不见的线 2025-02-26 08:44:15 922 0 0
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    iTOL的三种进化树注释方式

    在进化树美化项目中，无论是添加样本信息或基因组数据，还是更改分支形式或样本名称，都可以通过Datasets来完成，这里我们整理了进化树Datasets注释的3种不同方式。Method1：在Datasets面板中创建数据库并填写数据①在Datasets中选择“Createadataset”，根据
    看不见的线 2025-02-24 08:35:30 955 0 0
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    iTOL模板组成结构解析

    在使用iTOL注释模板之前，我们先要了解模板的基本原理。如下图所示，在tol_binary这个模板中，所有条目前带有“#”的是用于解释模板内容的说明文本，不参与iTOL注释；而未携带“#”的则是实际参与注释的内容，它们与结果的呈现直接相关。在理解了这一点后，我
    看不见的线 2025-02-20 08:44:26 984 0 0
  • 软件使用

    iTOL模板下载及用途说明

    iTOL是一个集在线展示、注释和管理进化树的交互工具，绘图过程中我们可以在iTOL页面随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体，也可以通过iTOL提供的注释模板来添加多种类型的样本信息或基因组数据。如何下载iTOL注释模板？①打开iTOL网页（https://itol.embl.de
    看不见的线 2025-02-18 09:28:45 987 0 0
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    NCBI在线比对教程

    1、访问NCBI-BLAST在线比对网址访问NCBI-BLAST网址（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi），并根据查询序列的类型（蛋白或核酸）来选择使用的比对方法程序名查询序列数据库搜索方法blastn核酸核酸库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸
    看不见的线 2024-07-22 09:29:52 6647 0 0
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    BLAST 比对结果的输出和结果解读

    BLAST比对结果通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，值分别是0-18，以下是具体的介绍。第1种：outfmt0软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息，示例如下：第2种：outfmt1这种格式只保留了序列
    看不见的线 2024-07-22 09:23:55 4334 0 0
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    Rawgraphs网站-冲积图与桑基图绘制

    Rawgraphs（https://www.rawgraphs.io/）是一个免费的多功能在线绘图平台。支持如冲积图、树状图、热图、堆积图、甘特图、桑基图、矩阵图、雷达图、气泡图等多种类型的图表制作。选择网页下的“Useitnow!”进入Rawgraphs2.0beta（https://app.rawgraphs.io/）
    看不见的线 2024-01-31 09:39:40 3675 0 0
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    GrapeTree的安装及使用教程-最小生成树绘制

    GrapeTree是EnteroBase中的一个完全交互式的树可视化程序，它支持对树布局和元数据的简单操作。它使用邻接法（NJ），类似于PhyloViz的经典最小生成树算法（MSTree）或我们称之为MSTreeV2的改进的最小生成树方法生成葡萄树。1、数据准备使用GrapeTree绘制最小
    看不见的线 2024-01-24 10:29:27 2845 0 0
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    Prokka安装和使用教程 ——快速原核基因组注释

    Prokka是有澳大利亚墨尔本大学生物信息学家“TorstenSeemann”开发的基因结构注释软件，可以对细菌、古菌和病毒基因组进行快速高效注释。Prokka的安装conda安装condainstallProkka预编译可执行文件安装（Centos/Fedora/RHEL）#下载可执行文件gitclonehttps://
    看不见的线 2024-01-24 10:26:11 3181 0 0
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    Flye安装和使用教程 ——基因组三代组装软件

    Flye是用于单分子测序（三代测序，例如PacBio或OxfordNanopore）的基因组拼接工具，可用于进行小型细菌项目到哺乳动物基因组的组装。1、Flye的安装#conda安装condainstallflye#预编译安装#下载可执行文件并提取文件gitclonehttps://github.com/fenderglass/Fl
    看不见的线 2024-01-24 10:24:53 2301 0 0
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    Prodigal安装及使用教程 ——原核生物基因预测工具

    Prodigal（PROkaryoticDYnamicprogrammingGene-findingALgorithm）是一款用于原核生物基因预测的软件，由美国橡树岭国家实验室和田纳西大学的DougHyatt团队于2010年正式发表，2012年增发MetaProdigal专用于宏基因组数据，是目前应用最广泛的基因预测软件之一
    看不见的线 2024-01-24 10:13:11 2930 0 0
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    Canu安装及使用教程 ——基因组三代数据组装软件

    Canu是一款使用广泛的三代组装软件，可用于组装PacBio或OxfordNanopore序列，也支持pacbiohifi的组装。Canu对PacBio和OxfordNanopore原始数据的组装分为三个步骤：纠错，修整和组装。每一步经历以下几个步骤：1.加载read到read数据库（seqStore）；2.进行k-me
    看不见的线 2024-01-11 08:47:53 3474 0 0
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    SPAdes安装及使用教程 ——基因组数据组装神器

    SPAdes（St.Petersburggenomeassembler）是一个用于基因组组装的开源软件，主要应用于小型基因组如细菌，真菌等基因组测序数据的拼接。此软件应用广泛，具有多个附加管道可用于对不同类型的数据进行拼接。metaSPAdes宏基因组数据集的管道plasmidSPAdes用于从W
    看不见的线 2024-01-10 09:17:59 4026 0 0
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【勤学如春起之苗，不见其增日有所长。假以时日，你定会为你的努力学习而倍感骄傲，加油！】