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    Bowtie2软件的安装和使用

    1.Bowtie2软件的适用范围和应用场景Bowtie2是将测序后的reads与长参考组的比对工具(适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基因组,如哺乳动物,进行比对)。Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-WheelerTransform或BWT）对基因组进行索引，以此来保持其占
    看不见的线 2025-07-25 11:28:18 54 0 0
  • 软件使用

    BWA软件的安装和使用

    1.BWA软件的适用范围和应用场景bwa是一款将序列比对到参考基因组上的软件，包含了以下3种算法：BWA-backtrack:用于进行Illuminareads的比对，reads的长度最大为100bp。BWA-SW:用于比对long-read，支持的长度为70bp-1Mb；同时支持剪接性比对（splitalignments
    看不见的线 2025-07-24 09:26:00 61 0 0
  • 软件使用

    PSI-BLAST使用

    PSI-BLAST即Position-SpecificIterated(PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效，适用于使用标准的Blastp比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（"hypotheticalprotein"
    看不见的线 2025-07-18 09:24:18 209 0 0
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    RPS-BLAST使用

    RPS-BLAST类似于HMMER，可用于在CDD数据库里搜索某蛋白是否含有一domain或者是否属于某一family寻找蛋白序列具有的保守Domain。蛋白序列的Domain对于蛋白质来说是最重要的一部分，一般来说会有发挥功能的区域，结合其它物质的区域，二聚化区域等等。RPS-Blast
    看不见的线 2025-07-16 08:30:28 181 0 0
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    Kleborate预测结果特殊符号解释

    Kleborate是一款用于分析肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）基因组数据的生物信息学工具，主要用于检测其毒力因子、耐药基因、ST型和血清型。该工具由澳大利亚学者开发，旨在快速评估肺炎克雷伯菌的临床和流行病学特征，尤其关注高毒力（hvKP）和高耐药（
    看不见的线 2025-07-10 08:23:22 294 0 0
  • 软件使用

    Kleborate预测结果主要内容解析

    Kleborate是一款用于分析肺炎克雷伯菌（Klebsiellapneumoniae）基因组数据的生物信息学工具，主要用于检测其毒力因子、耐药基因、ST型和血清型。该工具由澳大利亚学者开发，旨在快速评估肺炎克雷伯菌的临床和流行病学特征，尤其关注高毒力（hvKP）和高耐药（
    看不见的线 2025-07-08 10:28:18 291 0 0
  • 软件使用

    统计FastQ/FastA文件信息

    Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit统计FastQ/F
    看不见的线 2025-07-04 08:32:44 412 0 0
  • 软件使用

    fastq格式文件转换成fasta文件

    Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit将fastq格式
    看不见的线 2025-07-02 10:40:40 378 0 0
  • 软件使用

    统计基因、基因组序列长度、GC含量和GC-skew

    Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit统计基因、
    看不见的线 2025-06-30 08:34:33 405 0 0
  • 软件使用

    RNA/DNA序列相互转换

    Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit实现RNA/DNA
    看不见的线 2025-06-27 09:57:40 381 0 0
  • 软件使用

    将FastA、FastQ文件拆分成多个文件

    Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit实现将FastA
    看不见的线 2025-06-25 13:41:07 445 0 0
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    Seqkit2软件的主要功能和安装方法

    Seqkit2是Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。Seqkit2安装方法Linux操作系
    看不见的线 2025-06-23 08:48:51 466 0 0
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    NCBI蛋白质BLAST检索数据库最新变更

    1、NCBI蛋白数据库变更自2025年8月起，ClusteredNR将取代传统的标准NR数据库，成为蛋白质BLAST搜索的默认数据库。这一变更旨在提升搜索效率和结果质量。当然，传统的NR数据库仍可通过手动选择继续使用。2、ClusteredNR的优势更快的搜索速度：通过聚类减少数据
    看不见的线 2025-06-16 08:46:55 812 0 0
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    BLAST软件自定义输出表格样式

    BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何设置比对结果输出为outfmt6时指定输出特定数据。#指定输出指定内容#-outfmt"6qseqidsseqidpidentevaluebitscore
    看不见的线 2025-06-13 08:55:26 508 0 0
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    BLAST软件输出结果的整理与后加工

    BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在表格中完成，添加表头、过滤identity值、保留唯一匹配等，以outfmt6默认输出结果为例。1.添加表头#创建一个包
    看不见的线 2025-06-11 08:51:13 564 0 0
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    Blast比对结果的输出方式和结果解读

    BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。比对结果通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，值分别是0-18，以下是具体的介绍。outfmt0软件默认的输
    看不见的线 2025-06-09 15:24:59 570 0 0
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    BLAST本地比对操作指南

    BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在本地使用BLAST工具进行核酸或蛋白序列比对。一、常用BLAST子模块简介子模块名称查询序列类型数据库序列类型比
    看不见的线 2025-06-06 08:57:25 904 0 0
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    Linux操作系统blast安装

    BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在Linux系统中安装和使用BLAST的完整步骤。①下载BLAST安装包wgethttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executab
    看不见的线 2025-06-04 15:48:38 684 0 0
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    Windows操作系统BLAST安装

    BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在Windows系统中安装和使用BLAST的完整步骤。①下载BLAST安装包访问NCBI的BLAST页面（https://ftp.ncbi.nlm.nih
    看不见的线 2025-05-30 09:28:12 688 0 0
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    Xftp:本地和服务器间数据传输

    Xftp是由NetSarang开发的一款轻量级的SFTP/FTP文件传输工具。它可以帮助用户在本地计算机和远程服务器之间通过安全的加密协议（如SFTP、FTP等）进行文件上传、下载和管理。可访问官网（https://www.xshell.com/zh/free-for-home-school/）下载xftp安装包，此
    看不见的线 2025-05-26 17:41:46 689 0 0
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    SCP:本地和服务器间数据传输

    SCP（SecureCopyProtocol）是一个基于SSH（SecureShell）的协议，用于在本地计算机和服务器之间安全地传输文件。SCP命令在数据传输过程中会加密数据，确保数据的安全性和完整性。在Linux系统中，SCP是一个常用的命令行工具，用于上传文件到服务器或从服务器下
    看不见的线 2025-05-26 17:40:11 587 0 0
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    细菌基因组注释软件Bakta安装、使用和结果解读

    随着基因组学研究的深入，细菌基因组注释成为了重要的一步。Bakta（BacterialGenomeAnnotationToolkit）是一款高效的细菌基因组注释软件，它能够自动化完成基因预测、功能注释以及其他相关的生物信息学分析。本文将带您了解Bakta的安装、使用及结果解读。一、
    看不见的线 2025-03-18 08:30:01 1786 0 0
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    知识小卡片 | RStudio 比较好用的快捷键

    课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操
    看不见的线 2025-03-10 08:20:55 1191 0 0
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    知识小卡片 | ggview—解决RStudio中图形输出与预览不一致

    课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操
    看不见的线 2025-03-07 08:26:36 1152 0 0
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