iTOL进化树外周条带个性化调整方法

引言

进化树外周条带注释的样式调整（如边线与色块）可显著提升数据可视化效果。本文通过解析文献案例（示例一至示例四），系统阐述不同注释样式的实现方法，并揭晓其设计逻辑。文中所有示例均可基于iTOL工具，通过调整模板参数或网页界面操作完成。

如何添加外周条带注释参见往期文章《iTOL的三种进化树注释方式》。

一、边线样式解析与调整方法

外周注释的边线分为两类：外周边线（环绕条带外缘）和样本间边线（分隔相邻样本）。以下为具体调整方法：

1. 外周边线样式调整

颜色与粗细控制：

• iTOL网页操作：添加外周注释后，在“Datasets”界面选择“Border style”，可自定义边线颜色（条带1-3的白色、黑色或同色）及粗细。
• 模板调整：修改tol_color_strip模板中的BORDER_COLOR与BORDER_WIDTH参数，上传至iTOL即可生效。

2. 样本间边线添加

• 需在iTOL网页中将“Complete border”选项设为“Yes”（条带4-5）。
• 注意：iTOL模板仅支持外周边线调整，样本间边线需通过网页界面设置。

图示说明：

• 条带1-3展示了不同外周边线效果（白、黑、同色）；条带4-5在1和3基础上添加了样本间边线。

图1 边线样式解析

二、色块样式解析与调整方法

色块用于区分数据类别（如基因型、表型），也可表示“有无”关系（如基因存在与否）。

1. 常规色块设置

• iTOL网页操作：在“Datasets”界面的“Raw data”中直接编辑颜色代码，按分组赋予不同色值。
• 模板调整：通过tol_color_strip模板的“data”字段定义颜色，并上传至iTOL。

2. “有无”关系表示

• 统一底色法：在“Raw data”中将“absence”设为白色或灰色，或在模板中指定相同颜色代码（如#ffffff）（图1）。
• 同色系渐变法：在“Raw data”中使用主色的浅色调表示“absence”，或在模板中单独定义浅色色值（图2）。

图示说明：

• 图2条带1-5是在图1统一底色的基础上调整为同色系渐变的结果。

图2 色块样式解析

三、文献案例解析

以下为示例一至示例四的注释样式实现逻辑，可结合上述方法实现。

1. 示例一（doi:10.3390/ijms242116017）

• 设计：深色/浅色表示基因突变有无，启用样本间边线。
• 方法：使用tol_color_strip模板定义双色，网页端开启“Complete border”。

2. 示例二（doi:10.1016/j.scitotenv.2023.165203）

• 设计：多色区分样本信息、基因分类及cluster，添加样本间边线。
• 方法：通过tol_color_strip模板定义多组色块，网页端设置黑色外周边线。

3. 示例三（doi:10.1016/j.scitotenv.2023.165203）

• 设计：彩色区分样本信息，白色表示基因缺失，采用彩色外周边线。
• 方法：tol_color_strip模板指定“absence”为白色，外周边线颜色与主色一致。

4. 示例四（doi:10.3389/fmicb.2023.1221428）

• 设计：彩色表示耐药基因分类，白色表示基因有无，采用黑色外周边线+样本间边线。
• 方法：tol_color_strip模板指定“absence”为白色，网页端启用黑色边线与样本分隔。

结语

通过灵活组合边线与色块参数，可高效实现进化树注释的多样化展示。建议优先使用iTOL网页界面进行实时调试，复杂需求则通过模板编辑批量处理。实际应用中需注意：外周边线颜色需与整体配色协调，而“有无”关系的表达应避免色彩过杂，以确保可视化结果的科学性与美观性。

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