MLST上传需要注意的问题

MLST预测的结果中，有时候会存在预测不出菌株序列型（ST）的情况，如下图所示。在排除序列本身的问题外，一般有2种可能。一是所有管家基因都有等位基因编号但没有对应的ST，代表该等位基因谱还未发现或未提交至数据库；二是由于部分等位基因没有编号而导致的，说明发现了新的等位基因。这两种结果都意味着该菌株为新的ST。

针对第一种情况仅需要在pubMLST网站提交该菌株的新等位基因谱和对应的菌株信息，等待审核结果通过即可。而第二种情况则需要先申请等位基因编号，在获得新编号后再按第一种情况进行后续操作。

要注意的是在数据库中提交文件前首先要在对应的菌属/种条目下注册账号申请新ST的权限，否则无法进入提交界面。此外，每种菌需要提交的结果可能都不一致，因此应按照提交页面的模板，灵活填写数据库要求的内容。

我们往期推出的课程《微生物分子分型-MLST》是系统完整的微生物MLST分析教程，其中就包含MLST上传的教学。该课程旨在帮助大家达到以下目标：

1、掌握MLST分型原理及基本流程；

2、掌握并学会适用微生物MLST分型常用数据库及补充数据库；

3、学会MLST分型操作（线上和线下）；

4、学会分型结果可视化的两种方法；

5、学会最小生成树的原理及绘制方法；

6、学会克隆复合体(CC) 的划分的原理及方法；

7、学会数据上传；

8、学会MLST分析的完整思路及原理；

9、了解基于MLST的拓展分析方法及思路；

10、基础绘图的基础上学会“举一反三”绘制个性化图谱。

本套课程不仅在理论层面介绍了各种常见的分型分析方法和相关数据库，还包含线上和线下两种操作模式的演示，数据库的上传，图像的绘制及多种情境下的案例解析，全方位、一站式为您提供细菌MLST相关研究的解决方案。

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