细菌基因组注释 | 第二站：高精度注释工具Bakta

在之前的文章中，我们介绍了原核基因组自动注释工具 Prokka的使用方法。本节我们将继续介绍另一款注释工具——Bakta。

Bakta（Bacterial Genome Annotation Toolkit）是一款高效的细菌基因组注释工具，能够自动完成基因预测、功能注释以及其他相关生物信息学分析任务（如抗生素抗性基因注释），广泛应用于微生物基因组学、比较基因组学和病原体分析等领域。与同类工具相比，Bakta在注释准确性和运行效率方面表现优异，尤其适用于大规模细菌基因组的快速注释需求。

一、如何使用Bakta？

Bakta的使用要求：

1、准备基因组序列文件（FASTA格式）；

2、安装 Bakta及其依赖工具或环境（如 Python、Conda）。

3、下载数据库并更新AMRfinder数据库

Bakta的运行命令：

bakta --verbose --db [数据库绝对路径] --output [输出文件路径] --threads [线程数] [输入文件]

Bakta的输出结果：

Bakta会在指定输出目录中生成多种格式的注释文件，包括 GFF3、GBFF、EMBL以及CDS和蛋白序列文件，方便后续分析或可视化。

本地安装和使用的具体操作方法可以参见之前发布的文章《细菌基因组注释软件Bakta安装、使用和结果解读》

Bakta的运行环境需要Python和Conda，这对于许多没有相关操作经验的用户来说，设置和使用门槛较高，可能成为科研工作中的一道“技术壁垒”。

二、密码子生信云带您零基础做生信

为了解决这一难题，我们推出了密码子·生信云平台 “Bakta细菌基因组注释” 免费小工具！

• 零门槛体验：无需本地安装Python和Conda环境，无需复杂配置，打开网页即可一键上传数据，轻松运行Bakta进行基因组注释分析。
• 高效安全：云端计算资源强大，数据处理速度快，保障数据安全与隐私。
• 友好界面：操作界面简洁直观，适合各类用户，无需编程基础。
• 专业支持：提供详细的操作指南和技术支持，助力您的科研工作顺利进行。

小工具链接：

https://cloud.mimazi.net/tool/article-201.html

输入文件：

待注释的细菌基因组文件（FASTA格式）

小工具结果：

密码子生信云还提供云流程和其它各色小工具分析服务：

为细菌基因组研究量身定制的智能云流程从基因组测序原始数据（fastq）或组装序列（fasta）出发，一键化完成细菌基因组全套分析流程，包括基因预测、多功能注释和多数据库分析。多种多样的实用小工具，可以为您精准解决碎片化需求，包括序列处理、统计绘图、基因组注释等等，助力您轻松完成数据分析。

参考文献

Schwengers O., Jelonek L., Dieckmann M. A., Beyvers S., Blom J., Goesmann A. (2021). Bakta: rapid and standardized annotation of bacterial genomes via alignment-free sequence identification. Microbial Genomics, 7(11). https://doi.org/10.1099/mgen.0.000685