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微生物基因组研究文章解读l 1

  • 唯那生物
  • 406
  • 2023-01-09 17:44:11
  • 原创

这是一个关于微生物基因组研究的系列内容,旨在为初步涉入基因组学研究的同学查缺补漏,答疑解惑。本系列内容涉及微生物基因组学的研究方法、研究思路导读以及最新研究进展,希望对大家有用。大家有其他相关的问题,可以在后台留言,我们会尽力在下期为您解答。

耐药基因近点案例1

Phylogeneticallyinformative mutations in genes implicated in antibiotic resistancein Mycobacteriumtuberculosis complex

作者:MatthiasMerker等

期刊:GenomeMed

时间:2020.3.6

影响因子:10.675

DOI:10.1186/ s13073-020-00726-5

主要方法Illumina技术(MiSeq,NextSeq500,HiSeq2500);耐药基因SNP系统发育树分析;MIC耐药性检测

研究思路为了准确地解释基因型药物敏感试验(drugsusceptibility testing,DST)的全基因组测序数据,需要全面了解结核分枝杆菌复合物(Mycobacteriumtuberculosis complex,MTBC)中与抗生素耐药相关的基因的遗传变异的关系。该作者对405个MTBC菌株进行了21种抗结核药物耐药性的92个基因的SNP检测,如下图所示分为了7个进化分支,确定基因型与表型之间的关系。

MTBC phylogeny. ML phylogeny based on 42,760 SNPs from 405 genomes using ageneral time-reversible substitution model and 1000 resamples

耐药基因近点案例2

Convergenceof virulence and MDR in a single plasmid vector in MDR Klebsiellapneumoniae ST15

作者:MargaretM C Lam等

期刊:JAntimicrob Chemother

时间:2019.2.15

影响因子:5.113

DOI:10.1093/ jac / dkz028

高通量测序方法:使用Illumina和Oxford纳米孔测序法解析了两个分离物的完整基因组序列,包括它们的质粒。

研究思路:分别在IlluminaMiSeq和HiSeq平台上针对12个ST15 Kp分离株测序。为了解析菌株的完整质粒序列,在MinION(OxfordNanoporeTechnologies)上进行长读长测序,并与Illumina的短读物结合以产生杂合体。比较基因组分析:2003至2015年从七家医院分离出的10个ST15菌株、报告KpST15基因组序列的论文中鉴定出的公开数据、EuSCAPE欧洲公司调查产生碳青霉烯酶的肠杆菌科收集的Kp基因组数据鉴定ST15分离株,用于比较基因组分析。将所有序列定位到KP_104014的基因组,推断核心基因组最大似然系统发育。从定位数据还得到pKp104014_1序列的覆盖范围,KP_104014的hv-MDR质粒的覆盖范围以及在pKp104014_1中注释的基因。

文章主要结果:

1. hv-MDR质粒图谱,显示了与使用Mauve生成的AMR(pKp_Goe_579-1)和毒力(pK2044)质粒密切相关的同源区域。

2.使用核心基因组SNP进化树分析,挪威镶嵌hv-MDR菌株KP_NORM_BLD_2014_104014和KP_NORM_BLD_2015_112126分别标记为A和B,并在灰色框中与相关的罗马尼亚分离株一起突出显示。显示这两个挪威hv-MDR分离株彼此密切相关(77个SNP,0.001%核苷酸差异),并与2013年从罗马尼亚采集的尿液分离物(110个SNP)密切相关,但相距甚远(差异>0.003%)来自其他挪威和全球隔离株。

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