VRprofile2-可移动遗传元件预测实用工具

VRprofile2（https://tool2-mml.sjtu.edu.cn/VRprofile/home.php）是一个可在线预测病原菌耐药移动元件的一键式分析平台。其主要功能包括耐药基因和毒力基因预测，质粒的复制子、移动性预测，以及多种可移动遗传元件（MGE）——整合性接合元件、基因组岛、前噬菌体、整合子、转座子、插入序列的预测。同时VRprofile2还可以通过图示化的方式展示各MGEs在基因组中的位置及其内部的基因携带情况，有助于我们更好地分析菌株耐药相关区域的结构变异。

这里我们主要推荐将VRprofile2用于耐药基因与可移动元件关联结果的初步分析。包括快速获得基因组上耐药基因、MGEs的预测情况，并确定预研究的耐药基因与哪一类MGE直接相关。这意味着我们不再需要对每一种MGEs分别进行预测，从而避免了大量时间上的浪费。而在获得该结果后，如果我们要对耐药基因指向的特定MGE进行更加细致的研究，也可以再选择特定MGE分析的专业软件比如前噬菌体预测的PHASTER网站等进行后续分析。

VRprofile2支持fasta和genbank格式的文件，其使用方法较为简单，在序列提交后便可直接获得MGE预测结果（如第二张图所示），大家可以自行学习。

https://doi.org/10.1093/nar/gkac321

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