细菌耐药基因及毒力基因分析实战-ABRicate安装及使用指南

ABRicate是一款用于快速分析微生物基因组数据的软件，可以基于细菌基因组组装结果进行分析，软件自带多个数据库，可以帮助我们更轻松的检测抗生素耐药基因和毒力因子等。

软件自带数据库：

ABRicate的安装

1、conda安装

#创建名为abricate的conda环境（避免依赖关系冲突）

conda create --name abricate -y

#激活创建的环境

conda activate abricate

#安装abricate和依赖

conda install -c bioconda abricate -y

#测试

abricate --check

如果输出结果中没有错误提示，则说明abricate已经成功安装。此时，就可以使用abricate来分析微生物基因组数据了。

1. 从源代码安装

Abricate具有以下包依赖项：

any2fasta：用于序列文件格式转换

BLAST+ >2.7.0：用于序列比对

Perl modules：LWP::Simple Bio::Perl JSON Path::Tiny

git：用于更新数据库unzipgzip

#安装依赖项

sudo apt-get install bioperl ncbi-blast+ gzip unzip git \

libjson-perl libtext-csv-perl libpath-tiny-perl liblwp-protocol-https-perl libwww-perl

#获得abricate源码

git clone https://github.com/tseemann/abricate.git

#检查abricate安装

./abricate/bin/abricate --check

#设置abricate数据库

./abricate/bin/abricate --setupdb

#运行abricate分析

./abricate/bin/abricate ./abricate/test/assembly.fa

ABRicate的使用

#查看支持的数据库

abricate --list

#更新数据库

abricate-get_db --db ncbi --force #强制下载最新版本

abricate-get_db --db ncbi #下载并重新生成数据库

#查看软件参数

abricate --help

--db使用指定的数据库，默认是软件安装环境的db库中的ncbi。--datadir还可以跟换db库的路径。

--minid DNA identity阈值设置，默认是80%

--mincov DNA coverage阈值设置，默认是80%

--summary可以将批量的结果报告整合到一个表格中

#运行abricate（默认使用ncbi数据库）

abricate assembly.fa > out.tab

#选择其他数据库 card

abricate -db card assembly.fa > out_card.tab

输出结果介绍：

表格文件

参考资料：

https://github.com/tseemann/abricate

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