Prodigal安装及使用教程 ——原核生物基因预测工具
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- 2024-01-24 10:13:11
- 原创
![](/upload_file/2024-01/f159f19995.png)
Prodigal(PROkaryotic DYnamic programming Gene-finding ALgorithm)是一款用于原核生物基因预测的软件,由美国橡树岭国家实验室和田纳西大学的Doug Hyatt团队于2010年正式发表,2012年增发MetaProdigal专用于宏基因组数据,是目前应用最广泛的基因预测软件之一。
重要概念
可读框(open reading frames,ORF)是指从起始密码子起到终止密码子为止的一段连续的密码子区域。它是DNA序列上始于ATG(在DNA编码链上),止于TGA,TAA或TAG的连续的密码子区域。当没有已知的蛋白产物时,该区域被称为可读框,而当确知该可读框编码某一确定蛋白时,它就被称为编码区,即一个可读框是潜在的编码区。
Prodigal的安装
1、conda安装
conda install prodigal
2、源码安装
#将预编译文件克隆到本地
git clone https://github.com/hyattpd/Prodigal.git
![](/upload_file/2024-01/2198272266.png)
#切换到预编译文件所在目录
cd Prodigal/
#运行安装程序
make install
![](/upload_file/2024-01/b21929b2bb.png)
#调用主程序查看帮助
prodigal
![](/upload_file/2024-01/25b1150525.png)
Prodigal的使用
#预测单个基因组的ORFs
prodigal -i test_genome.fasta -o gene.gff -d gene.fasta -a protein.fasta -p single -f gff
# -p默认single模式
# -o输出基因的坐标信息(Gene Coordinates),默认为Genbank-like格式,可通过设置-f gff指定为GFF格式;
# -a输出基因的氨基酸序列;
# -d gene.fasta输出基因的核苷酸序列;
#预测宏基因组数据集的ORFs
prodigal-ifinal.contigs.fa-o gene.gff -d gene.fasta -a protein.fasta-pmeta
# -pmeta调用宏基因组模式
参考资料:
Hyatt D, Chen G L, LoCascio P F, et al. Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification[J]. BMC bioinformatics, 2010, 11: 1-11.10.1093/nar/gkx1321.
Hyatt D, LoCascio P F, Hauser L J, et al. Gene and translation initiation site prediction in metagenomic sequences[J]. Bioinformatics, 2012, 28(17): 2223-2230.
Github链接:https://github.com/hyattpd/Prodigal
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