首页 / 文章汇 / 技能干货 / 软件使用

NCBI在线比对教程

  • 看不见的线
  • 1126
  • 2024-07-22 09:29:52
  • 原创

1、访问NCBI-BLAST在线比对网址

访问NCBI-BLAST网址(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),并根据查询序列的类型(蛋白或核酸)来选择使用的比对方法

程序名查询序列数据库搜索方法
blastn核酸核酸库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
blastp蛋白质蛋白质库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
blastx核酸蛋白质先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
tblastn蛋白质核酸将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
tblastx核酸核酸此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。

2、在线进行序列比对

2.1在线进行两序列比对

选择进行多序列比对,粘贴或者上传需要比对的序列,依次指定查询序列和参考序列,点击BLAST进行比对。

应用场景:查询目标基因是否存在于基因组中

2.2在线进行序列与数据库比对

粘贴或者上传需要比对的序列,选择数据库、填入物种,调整各个参数(一般默认即可),点击BLAST进行比对。需要注意的是,在参数调整时,E值是最重要的参数,可以根据情况进行适当的调整。

3、比对结果查看

在查看比对结果时,E值以及Score值最重要,E值越小、Score值越大,则比对结果越可靠,点击Graphic summary,会出现图形显示界面,每一条线段代表一个比对结果,鼠标点击会有相应的比对信息。

点击Alignments,会出现每一个比对结果的多序列比对结果展示,通过此界面可以查看详细的比对结果,此处需要关注E值(Expect),一致性(Identities),缺失或插入(Gaps)用于评价blast结果。

E值(Expect):表示随机匹配的可能性,E值越大,随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了;一致性(Identities):或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数;缺失或插入(Gaps):插入或缺失。用"—"来表示。

比对结果下载,可选择感兴趣的序列,然后点击 Download下载比对结果。

推荐课程

【课程】微生物比较基因组精品系列课——全套自学必入的系统课程

课程链接:微生物比较基因组精品系列课【全套】

【课程】铜绿假单胞菌基因组研究和分子分型实战

课程链接:铜绿假单胞菌基因组研究和分子分型实战

【课程】微生物比较基因组与群体进化——基因组变异专题研究

课程链接:微生物比较基因组与群体进化

【课程】微生物分子分型-MLST课程——分型全套(含理论、软件、方法)

课程链接:微生物分子分型-MLST课程

【课程】基因组结构分析神器Easyfig实操精品课

课程链接:基因组结构分析神器Easyfig实操精品课

【课程】BRIG绘图——结构比较专题2

课程链接:走进比较基因组,BRIG软件带你轻松玩绘图

【课程】肺炎克雷伯菌基因组学研究综合指南

课程链接:肺炎克雷伯菌基因组学研究综合指南

【课程】微生物基因组生信必学课程

课程链接:微生物基因组生信分析必学课程

【课程】微生物生防菌研究

课程链接:生防菌的系统化研究

专题材料

【资料】耐药专题材料

【资料】生防专题材料

请添加唯那生物技术客服小唯的微信号winnerbio01,备注“耐药专题”或“生防专题”,立马获取。

更多专题推荐

生信技能课专辑

耐药毒力专题

肺炎克雷伯菌专题

密码子偏好性专题

Easyfig相关问答

MLST-cgMLST

软件脚本分享

微生物基因组研究文章

知识干货

分泌系统

软件下载

书籍下载

  • 点赞 (0人)
  • 收藏 (0人)
看不见的线
  • 课程数:
  • 文章数:
  • 学习人数: 0
关注
--- 作者文章 ---
  • 暂无内容
作者课程
  • 暂无内容
相关好课严选

官方微信公众号

客服热线:15618809518

【勤学如春起之苗,不见其增日有所长。假以时日,你定会为你的努力学习而倍感骄傲,加油!】