NCBI在线比对教程
- 看不见的线
- 1126
- 2024-07-22 09:29:52
- 原创
1、访问NCBI-BLAST在线比对网址
访问NCBI-BLAST网址(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),并根据查询序列的类型(蛋白或核酸)来选择使用的比对方法
程序名 | 查询序列 | 数据库 | 搜索方法 |
blastn | 核酸 | 核酸 | 库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。 |
blastp | 蛋白质 | 蛋白质 | 库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 |
blastx | 核酸 | 蛋白质 | 先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 |
tblastn | 蛋白质 | 核酸 | 将库中的核酸序列翻译成蛋白序列,再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。 |
tblastx | 核酸 | 核酸 | 此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白(每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列),这样每次比对会产生36种比对阵列。 |
2、在线进行序列比对
2.1在线进行两序列比对
选择进行多序列比对,粘贴或者上传需要比对的序列,依次指定查询序列和参考序列,点击BLAST进行比对。
应用场景:查询目标基因是否存在于基因组中
2.2在线进行序列与数据库比对
粘贴或者上传需要比对的序列,选择数据库、填入物种,调整各个参数(一般默认即可),点击BLAST进行比对。需要注意的是,在参数调整时,E值是最重要的参数,可以根据情况进行适当的调整。
3、比对结果查看
在查看比对结果时,E值以及Score值最重要,E值越小、Score值越大,则比对结果越可靠,点击Graphic summary,会出现图形显示界面,每一条线段代表一个比对结果,鼠标点击会有相应的比对信息。
点击Alignments,会出现每一个比对结果的多序列比对结果展示,通过此界面可以查看详细的比对结果,此处需要关注E值(Expect),一致性(Identities),缺失或插入(Gaps)用于评价blast结果。
E值(Expect):表示随机匹配的可能性,E值越大,随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时,具本上就是完全匹配了;一致性(Identities):或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数;缺失或插入(Gaps):插入或缺失。用"—"来表示。
比对结果下载,可选择感兴趣的序列,然后点击 Download下载比对结果。
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