CARD和resfinder注释差异分析

看不见的线
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2023-11-23 11:50:07
原创

大家在进行基因预测和注释的时候是不是会产生这样的疑问：为什么不同网站或工具注释出来的结果不一样，我应该相信哪一个。对于这样的问题，我们首先要清楚一点，没有哪一种预测注释工具能够说是百分百完全准确的，不同网站的基因预测和注释结果不同是很正常的现象，因为它们比对的数据库可能不同，采用的算法也可能不同，那得到的结果当然就可能会出现差异。所以我们不用纠结哪一个数据库的结果更加准确，而是应该着眼于在当前的预测结果中这些存在注释差异的基因应该是什么。

当然，这并不是说我们可以随意的选择预测和注释工具，原则上我们仍应该尽量优先选择那些公认较为准确的分析工具，因为这同样也是在减少我们之后进行基因验证时的工作量。比如在进行耐药基因预测时，CARD和Resfinder的结果一般都是要比移动元件分析平台这种仅把耐药基因预测作为附带项目的工具更加专业的。

那为了让大家更加直观的理解数据库注释存在的差异，我们给大家举一个例子。在最近的分析项目中我们发现对于同一个质粒的耐药基因预测结果，CARD-RGI和Resfinder给出了不一样的回答。（下方表格左侧是CARD的预测结果，右侧是Resfinder，部分信息已隐去）。

可以看到TOprJ3、tmexD2、tmexC3这三个RND外排泵基因和氨基糖苷类耐药的amrA基因并没有被CARD-RGI预测到，而整合子相关的消毒剂抗性基因qacEdelta1和博来霉素抗性基因 BRP(MBL)没有出现在Resfinder的预测结果中。此外，某些基因的亚型也存在一定的歧义，比如aadA22和aadA24、cmlA5和cmlA1、AFM-2和blaNDM-24/ blaNDM-14、cmlA8和cmlA1，经过验证后我们发现其中aadA24和cmlA1的结果Resfinder较为准确，AFM-2和cmlA8是CARD更为准确。所以说啊，很多时候预测和注释的结果我们不能偏听偏信一家之言，注释本来就不是一定完全准确，即便是专业的预测数据库也有可能存在问题，就像AFM基因没有收录在Resfinder的数据库中，因此该数据库仅能给出一个最相似的结果，而真实的情况就需要我们自己去确认了。其它基因的预测和注释也是同理，我们无法要求所有的预测结果都是完全准确的，所以对于一些我们无法确定，把握不准又比较关注的基因就应该重新进行人工校正。

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