关于质粒移动性研究的一些想法

看不见的线
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2023-11-23 13:36:07
原创

在我们展开对质粒移动性的研究之前首先需要对影响其移动的因素有一些了解。比如基于接合转移模块的完整性以及转移能力的差异，我们可以将质粒分为接合性质粒（conjugative plasmid）、可移动质粒（mobilizable plasmid）和不可移动质粒（non-mobilizable plasmid）。其中接合性质粒可以自主转移，包含oriT、T4CP（IV型伴侣蛋白）、T4SS（IV型分泌系统）和松弛酶基因；可移动质粒由于缺少T4CP、T4SS或松弛酶基因中的某一个或某几个模块不能自主转移，但至少含有oriT，因此能在其它接合性元件的辅助下发生诱动转移；而不可移动质粒不含有oriT，不能发生转移，这也就是说oriT是影响质粒移动性最重要的因素。

然后我们需要一些分析工具来对此进行研究，比如oriTfinder工具常被用于预测质粒的移动性，根据是否含有上述的四种模块，我们可以在理论上判断提交质粒属于哪一种类型。但要注意的是oriTfinder未预测到相关的模块，并不一定代表菌株就不含有相关的基因，也有可能是该基因发生了变异，比如在我们的某个项目中就发现oriTfinder未预测到提交序列中的松弛酶基因，但其同源序列却可以预测到，通过比对分析，我们发现问题出在该松弛酶基因内部丢失了部分碱基，虽然在CDS预测注释的时候，它仍然被认为是一个基因，但对于它是否还能行使原本的功能就有待重新考量了。类似的，接合模块相关基因被插入打断成了两个部分也可能导致该基因无法被正常预测到。

因此，质粒水平转移能力的研究最好将理论分析的结果与接合性实验结合起来综合分析质粒的移动性以及诸如这种基因突变对于水平转移能力的影响。

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