碳青霉烯耐药基因blaAFM与blaNDM的关系

bla_AFM（AFM代表Alcaligenes faecalis metallo），首先在Alcaligenes faecalis strain AN70中被发现，由于该基因类似于bla_NDM等B类碳青霉烯酶，即metallo-β-lactamases（MBLs），因此得名。这一类的抗性基因几乎可以水解所有需要Zn²⁺的β-内酰胺类抗生素，且它们的活性可以被EDTA抑制，但不能被克拉维酸等β-内酰胺酶抑制剂抑制。目前关于bla_AFM的报道主要来源于Pseudomonas aeruginosa，说明P. aeruginosa是bla_AFM基因的主要携带者。

在核苷酸组成上，bla_AFM与bla_NDM基因具有高度的相似性。与bla_NDM基因相比，bla_AFM-1具有大约93%的覆盖率和86%的相似性，同时bla_NDM也是碳青霉烯耐药基因中与bla_AFM系统发育关系最近的一个类别。目前bla_AFM分为4种亚型，与bla_AFM-1相比，bla_AFM-2、bla_AFM-3、bla_AFM-4都仅表现出单个碱基（C → T）的差异（分别位于第44、37、40位）。

需要注意的是，CARD可以准确预测bla_AFM基因，但Resfinder在默认阈值下无法识别bla_AFM基因，且将相似性阈值调低后，Resfinder（旧版）会将bla_AFM基因预测为bla_NDM，并显示两者的相似性在85%左右。如下图所示，以P. aeruginosa plasmid pHS18-89为例，Resfinder（旧版）预测结果中的bla_NDM-14和bla_NDM-24指的正是bla_AFM基因，由于Resfinder中没有bla_AFM基因的参考序列，因此只能将其识别为最相似的bla_NDM基因。

参考文献：doi: 10.1186/s12941-023-00592-0

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