大肠埃希菌亚群Phylogroup分类和鉴定方法

看不见的线
155
2024-01-31 09:41:16
原创

大肠埃希菌的亚群Phylogroup指的是大肠埃希菌的亚特异性群体（亚种分型），它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。

经典的大肠埃希菌phylogroup可以分为A、B1、B2、D四组^[1]。在此基础上通过基因组数据和多位点序列数据对phylogroup进行更深入的了解后，将其划分为了8个类群。其中phylogroup A、B1、B2、C、D、E、F属于严格意义上的大肠埃希菌（E. coli sensu stricto），第八类为埃希菌隐进化支cryptic clade I^[2]。

最初鉴定A、B1、B2、D的方法是基于chuA和yjaA以及DNA片段TspE4.C2的三重PCR系统类群分配方法进行的。根据这三种基因存在与不存在的组合，可以确定具体的phylogroup型^[3]。但新的研究证明一部分phylogroup分型存在错误分配的情况，因此新的PCR方法增加了arpA基因的检测，用于鉴定早期4个类群以外的phylogroup分类^[2]。

之后Clermon等又开发了一种计算机模拟体外四重PCR鉴定的程序ClermonTyping（http://clermontyping.iame-research.center/），此程序允许使用给定菌株的fasta序列，将phylogroup分配给E. albertii、E. fergusonii、Escherichia clades I-V、E. coli sensu stricto以及7个大肠埃希菌的主要phylogroup^[4]。

参考文献

[1] Herzer Pj, Inouye S, Inouye M, et al. Phylogenetic Distribution of Branched RNA-Linked Multicopy Single-Stranded DNA among Natural Isolates of Escherichia coli [J]. J Bacteriol, 1990, 172(11): 6175-81.

[2] Clermont O, Christenson J K, Denamur E, et al. The Clermont Escherichia coli phylo-typing method revisited: improvement of specificity and detection of new phylo-groups [J]. Environ Microbiol Rep, 2013, 5(1): 58-65.

[3] Clermont O, Bonacorsi S, E B. Rapid and Simple Determination of the Escherichia coli Phylogenetic Group [J]. Appl Environ Microbiol, 2000, 66(10): 4555-8.

[4] Beghain J, Bridier-Nahmias A, Le Nagard H, et al. ClermonTyping: an easy-to-use and accurate in silico method for Escherichia genus strain phylotyping [J]. Microb Genom, 2018, 4(7).

推荐课程

【课程】微生物比较基因组精品系列课——全套自学必入的系统课程

课程链接：微生物比较基因组精品系列课【全套】

【课程】铜绿假单胞菌基因组研究和分子分型实战

课程链接：铜绿假单胞菌基因组研究和分子分型实战

【课程】微生物比较基因组与群体进化——基因组变异专题研究

课程链接：微生物比较基因组与群体进化

【课程】微生物分子分型-MLST课程——分型全套（含理论、软件、方法）

课程链接：微生物分子分型-MLST课程

【课程】基因组结构分析神器Easyfig实操精品课

课程链接：基因组结构分析神器Easyfig实操精品课

【课程】BRIG绘图——结构比较专题2