BLAST 比对结果的输出和结果解读

BLAST比对结果通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，值分别是0-18，以下是具体的介绍。

第 1种：outfmt 0

软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息，示例如下：

第 2种：outfmt 1

这种格式只保留了序列比对信息，给出输入序列，库中一致的用.表示，不一致的会显示不一致的碱基，可读性更强。

第 3种：outfmt 2

与第二种一致，只是序列展示有区别，所有比对的序列都保留碱基序列格式。

第 4-5种：outfmt 3/4

两种输出格式与第二、三种格式完全一致。

第 6种：outfmt 5

这种格式为xml格式的文件，很多种编程语言都可以直接解析。每一个输入序列及比对结果都会以嵌套格式进行整理。

第 7种：outfmt 6

这种格式会输出比较多的统计信息，包括比对位置、得分、evalue等，可读性很强，一般都会选择输出这种格式。

总共对应12列结果，每一列的含义如下：

query id：查询序列ID标识；

refer id：参考序列ID标识；

identity (%)：序列比对的一致性百分比；

alignment length：符合比对的比对区域的长度；

mismatches：比对区域的错配数；

gap openings：比对区域的gap数目；

q.start：比对区域在查询序列上(query id)的起始位点；

q.end：比对区域在查询序列上(query id)的终止位点；

s.start：比对区域在参考序列上(refer id)的起始位点；

s.end：比对区域在参考序列上(refer id)的终止位点；

e-value：比对结果的期望值，将比对序列随机打乱重新组合，与数据库进行比对，如果功能越保守，则该值越低；

bit score：比对结果的bit score值。

第 8种：outfmt 7

这种格式基本与第7种一致，只不过每条序列加了说明信息，便于查看结果，相当于加了一个表头。

第 9-10种：outfmt 8/9

两种格式的编码方式是ASN.1，格式与xml格式类似，都是采用嵌套的方式进行展示。

第 11种：outfmt 10

这种格式的数据与第七、八种基本一致，只不过分隔符由tab键换成了逗号。

第 12种：outfmt 11

这种格式也是一种ASN.1格式的文件，只不过是用blast编码对数据进行了处理，序列信息使用一种叫NCBI2na的方法进行重新编码，具体可参照https://ncbi.github.io/cxx-toolkit/pages/ch_datamod。

其他格式 outfmt 12-18

多数使用json或者xml格式的文件进行编码，具体包括以下几个。

12 = Seqalign (JSON),

13 = Multiple-file BLAST JSON,

14 = Multiple-file BLAST XML2,

15 = Single-file BLAST JSON,

16 = Single-file BLAST XML2,

17 = Sequence Alignment/Map (SAM),

18 = Organism Report

上述格式中，如果输入文件中存在多条序列，标注Multiple的会单独输出每条序列的比对结果。其中17输出sam格式的文件，18一般的比对时不能使用。

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《个人电脑上如何通过BLAST软件做比较基因组学分析》

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