iTOL的三种进化树注释方式

在进化树美化项目中，无论是添加样本信息或基因组数据，还是更改分支形式或样本名称，都可以通过Datasets来完成，这里我们整理了进化树Datasets注释的3种不同方式。

Method 1：在Datasets面板中创建数据库并填写数据

① 在Datasets中选择“Create a dataset”，根据需要注释的信息选择合适的展示方式“Type”，并创建数据集。

② 创建好数据集后，将打开编辑器Dataset editor。不同的“Type”对应的格式不同。通常情况下我们先设定表格属性“Add a field”（如果有的话），添加的项数根据实际情况而定。然后选择“Add”添加输入框，即可填入注释信息。

③ 第一列填写分支或样本的名称，后面的各列填写内容因“Type”而异。本处由于我们选择的是Binary，代表的是符号注释中的有无，其可填入的数据仅为1、0或-1。如下图所示，这里我们用1表示有基因，0表示无基因。点击“Update”即可完成进化树的基础注释。

Method 2：在Datasets面板中创建数据库并粘贴数据

第①步与Method 1一致。

② 根据Dataset editor中所呈现的格式，在Excel中整理好数据，并点击“Paste”选项将数据粘贴至iTOL，然后点击“Update”即可完成进化树的基础注释。（注意数据与数据之间需以Tab分隔，且excel默认Tab）

* Method 1仅适合少量样本和注释信息的情况，且不能保存填写的数据；Method 2是更为常用的方法，在一定程度上可以代替Method 3-iTOL模板注释，但需要注意的是并不是所有注释都可以直接在iTOL中直接进行，某些“Type”不支持创建。

Method 3：在Datasets面板中上传注释模板

① 在Datasets中选择“Upload annotation files”，上传已根据实际数据修改过的iTOL注释模板，或直接将该模板拖拽至iTOL界面，即可完成进化树的基础注释。模板中的Data部分与Method 1填写的内容，Method 2粘贴的内容是一致的，数据的整理建议在Excel中进行，同时需要注意部分Type的模板必须修改参数设置。

iTOL模板下载方式参见文章“iTOL模板下载及用途说明”。

iTOL模板内容讲解参见文章“iTOL模板组成结构解析”。

* Method 3适用于所有类型的数据注释，包含Method 2中的全部功能，且可以同时完成参数设置，是三种方式中最常用的类型。

多项创建或注释的界面位置

在已创建数据集或上传注释信息后，控制面板的Datasets界面将切换为当前注释结果的参数设置部分，此时原本的“Upload annotation files”和“Create a dataset”选项将会出现在下图的蓝框部分。当然直接将模板拖拽至iTOL界面的方式仍然适用。

虽然注释文件的类型可能有很多种，但万变不离其宗，大家可以根据自己的需要创建或上传合适的数据集。

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