Easyfig指南-比较基因簇图像的颜色修改

问题：

在基因簇比较分析时，研究人员通常需要为不同功能的基因赋予不同的颜色，以更直观地展示基因功能的多样性。然而，基因簇分析工具Easyfig软件默认仅支持为所有基因统一设置颜色，这在很大程度上限制了可视化效果。为此，本文将详细介绍两种实现基因特异性着色的解决方案。

方法：

• 其一，将分析结果导出为矢量图后，借助AI（Adobe Illustrator）等图形处理软件进行后期编辑。它的特点是能够对照着已生成的图示化结果来添加颜色信息，容易理解和方便修改。这种方法在Easyfig系列课程《Easyfig：基因组结构分析神器》中进行了详细介绍，主要是依靠“直接选择工具”对指定基因的图形进行分别着色。

• 其二，直接在Genbank文件中添加颜色注释信息，并使用该新文件重新生成图示化结果。它的特点是需要在注释前清楚划分每一个基因的功能分类，并给每一种分类指定的颜色。

以下是两种常用的颜色注释格式：RGB colour codes: /colour=255 0 0

Artemis colour codes: /colour=10

它们在Genbank文件中的注释情况分别如下面两幅图所示。

图1

图2

以上两种方法均可实现单个基因颜色的精确调控，从而实现对基因簇注释结果的美化。

图3 AI修改前或进行颜色注释前

图4 AI修改后或进行颜色注释后

注意事项（关于颜色注释）

1、“/colour=”之后的部分根据需要添加的颜色进行替换。

2、对于Genbank中添加颜色注释的基因，最终生成图像的颜色以注释的结果为准，而未做标注的基因仍保持Easyfig参数设置的原色，因此可以选择仅标注感兴趣的部分基因。

3、Annotation中选择的Feature必须与注释的颜色对应。比如展示的是gene，就需要把“/colour=”放在Genbank的gene词条下，展示的是CDS，就需要把“/colour=”放在CDS词条下，否则不改变颜色。

4、RGB格式仅支持“255 0 0”的形式，不支持16进制。

常见颜色的RGB色码

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