了解肺炎克雷伯菌物种复合物

全基因组测序显示，在临床和研究实验室通过生化或蛋白质组学分析鉴定为肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）的分离株中，有部分并不是K. pneumoniae，而是属于K. pneumoniae密切相关的物种，它们与K. pneumoniae的平均核苷酸同一性（ANI）约为95-96%。这一类群称之为肺炎克雷伯菌物种复合体（K. pneumoniaespecies complex, KpSC）。群体基因组学研究发现，KpSC包括了七个主要的系统发育类群（phylogroup）：K. pneumoniaesubsp.pneumoniae（Kp1）、K. quasipneumoniaesubsp.quasipneumoniae（KP2）、K. variicolasubsp.variicola（KP3）、K. quasipneumoniaesubsp.similipneumoniae（KP4）、K. variicolasubsp.tropica（KP5）、K. quasivariicola（KP6）、K. africana（KP7），因此也被称为广义的肺炎克雷伯菌（K. pneumoniaesensu lato）。其中phylogroup Kp1特指真正的K. pneumoniae，于是它又被称为严格意义上的肺炎克雷伯菌（K. pneumoniaesensu stricto）。由于KpSC的各组员在毒力、耐药和分型等方面表现出一定的差异，因此我们在分析K. pneumoniae时应尽可能确定菌株物种水平的真实性，避免因菌种鉴定问题对K. pneumoniae表型和基因型特征产生错误的认知，得到错误的结论。

参考文献

Wyres K L, Lam M M C, Holt K E. Population genomics of Klebsiella pneumoniae [J]. Nat Rev Microbiol, 2020, 18(6): 344-59.

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